Foro - Perl en Español

por **alexander2714** » 2011-08-10 11:21 @515

¡Hola!

Tengo un problema. Quisiera extraer la posición del primer gen que está sobre la cadena complementaria, es decir, si es el gen 1 o 2 o 15, etc...

Aquí voy a poner una parte de mi archivo genbank.

La pregunta es: ¿cómo podría extraer la posición del primer gen que tenga como característica la palabra complement?

Algo así vienen los genes que menciono :

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Using text Syntax Highlighting

     gene            10887..10963

                     /locus_tag="MTt01"

                     /db_xref="GeneID:922440"

     tRNA            10887..10963

                     /locus_tag="MTt01"

                     /product="tRNA-Ile"

                     /db_xref="GeneID:922440"

     gene            11112..11187

                     /locus_tag="MTt02"

                     /db_xref="GeneID:922443"

     tRNA            11112..11187

                     /locus_tag="MTt02"

                     /product="tRNA-Ala"

                     /db_xref="GeneID:922443"

     gene            complement(11555..11692)

                     /locus_tag="MT0009"

                     /db_xref="GeneID:922445"

     CDS             complement(11555..11692)

                     /locus_tag="MT0009"

                     /codon_start=1

                     /transl_table=11

                     /product="hypothetical protein"

                     /protein_id="NP_334417.1"

                     /db_xref="GI:15839380"

                     /db_xref="GeneID:922445"

                     /translation="MLVAYIDESGNTGDPANGGSMTFALGCVLVDADNRPTAFDGLLS

                     F"Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Los tres primeros genes no son complementos. Necesito extraer la posición en la que está mi primer gen complement.

#!/usr/bin/perl
use autodie;
 
my $contador_genes = 0; 
 
open GENBANK, q[<], 'NC_000962.gb';
 
while (my $linea = <GENBANK>) {
    if ($linea =~ /^\s+gene\s+(.+)$/) {
        my $linea_gen = $1;
        $contador_genes++;
 
        if ($linea_gen =~ /complement\((\d+)/) {
            print "gen número $contador_genes, con posición de complement en $1\n";
            last;
        }    
    }    
}
 
close GENBANK;
 
__END__
gen número 10, con posición de complement en 11874
 
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **alexander2714** » 2011-08-10 15:24 @683

Muchísimas gracias, es justo lo que quería, gracias.

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Extraer la posición del primer gen en la cadena complement

Extraer la posición del primer gen en la cadena complement

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Re: Extraer la posición del primer gen en la cadena complement

Re: Extraer la posición del primer gen en la cadena complement

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