Foro - Perl en Español

por **alexander2714** » 2011-08-11 10:40 @486

¡Hola!
Mira tengo un problema: necesito extraer palabras de 8 nucleótidos de la siguiente forma:

Tengo mi secuencia:
CTGTGAAGGAACTT...

La primera palabra sería:
CTGTGAAG

Para la segunda palabra tiene que correr un espacio y empezar a correr los 8 nucleótidos desde el segundo nucleótido de la primera palabra, es decir, ambas palabras quedarían así:

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Using text Syntax Highlighting

CTGTGAAG               primera palabra

 TGTGAAGG              segunda

  GTGAAGGA             tercera

   TGAAGGAC            cuarta

    GAAGGAGT           quinta

     AAGGAGTT          sexta Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Luego tengo que hacer un conteo de esas palabras para saber cuántas veces se repiten cada una de ellas en toda la secuencia.

Se me ocurre hacer un hash donde la llave sea la palabra y el valor sea el número de veces que está, es decir, si la vio por primera vez el valor es 1, y si la vio por segunda vez el valor es 2, y así sucesivamente pero no tengo idea de cómo hacer esto. ¿Podrían ayudarme?

¡Gracias!

use strict ;
use warnings ;
use diagnostics;
 
my (%nucleotido);
 
while ( <DATA> ) {
        chomp;
        my $offset = 0;
        while ( length( my $str = substr $_, $offset, 8 ) == 8 ) {
                ++$nucleotido{ $str };
                ++$offset;
        }
}
 
for ( keys %nucleotido ) {
        printf "%s %d\n", $_, $nucleotido{ $_ };
}
 
__DATA__
CTGTGAAGGAACTT
 
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Saludos,
Birei

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Extraer palabras de una secuencia

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