Sí que es posible. Todo depende del intérprete de perl que elijas ejecutar.
No lo he probado, pero quizás sea tan fácil como que antes de ejecutar el script, cambies el valor de la variable de entorno PERL5LIB a la dirección de la carpeta donde guardas el perl y sus librerías.
O dicho de otra forma. Conseguir que cada versión de Perl instalada "sepa" donde estan "sus" librerías en el momento de la ejecución. Quizás se pueda hacer, en vez de llamar al script Perl diréctamente, llamar a un .bat que dentro de él cambie el valor del PATH del ejecutable (o ponga el camino completo al ejecutable) y el valor de PERL5LIB.
Vete a
perlrun y busca por ENVIRONMENT.
Actualización: También se puede usar -I para indicar más directorios donde Perl puede encontrar sus librerías, que serán mirados antes que el resto de directorios. Sacado también de perlrun.