Foro - Perl en Español

por **Anee0131** » 2012-10-05 12:30 @562

Hola. Necesito hacer un programa que sirva como contador de elementos de un archivo FASTA.

Un ejemplo de la primera línea es

>GI:238029083 |[Influenza A virus (A/Shandong/1/2009(H1N1))]|A/Shandong/1/2009(H1N1)|1410|GQ200288|unpubl|

De ahí me interesa que el programa busque las ciudades (Shandong, p.ej.) y luego que haga una lista de cuántas veces aparece la ciudad-país.

Les agradecería la ayuda

#!/usr/bin/perl
 
# El siguiente programa abre un archivo fasta y cuenta el numero de veces que se encuentra un pais declarad
 
 
#$file = "secuencia2.faa";
open (INFILE,"sec_virus_influenza.faa") || die "[x] No se puede abrir archivo\n"; 
 
while (my $file = <INFILE>) {
        if ($file =~ m/\/(\w+)\//){
                print "$1\n";
        }
}
close INFILE ;
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Este es un primer intento para resolver el problema, les agradezco su ayuda

por **explorer** » 2012-10-05 18:17 @804

No probado.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
# El siguiente programa abre un archivo fasta
# y cuenta el número de veces que se encuentra un país declarado
use v5.12;
use autodie;
 
@ARGV == 2 or die "Uso: $0 <archivo FASTA> <ciudad>\n";
 
my($archivo, $ciudad) = @ARGV;
my %ciudades;
 
open my $INFILE, '<', $archivo;
while (my $linea = <INFILE>) {
    if ($linea =~ m{^>.+?A/(.+?)/}) {
        $ciudades{$1}++;
    }
}
close $INFILE;
 
say "La ciudad $ciudad sale $ciudades{$ciudad} veces.";
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

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