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Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Perl aplicado a la bioinformática

Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Notapor Anee0131 » 2012-10-05 12:30 @562

Hola. Necesito hacer un programa que sirva como contador de elementos de un archivo FASTA.

Un ejemplo de la primera línea es

>GI:238029083 |[Influenza A virus (A/Shandong/1/2009(H1N1))]|A/Shandong/1/2009(H1N1)|1410|GQ200288|unpubl|

De ahí me interesa que el programa busque las ciudades (Shandong, p.ej.) y luego que haga una lista de cuántas veces aparece la ciudad-país.

Les agradecería la ayuda :D
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Re: Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Notapor explorer » 2012-10-05 13:02 @585

Bienvenido a los foros de Perl en Español, Anee0131.

¿Y estamos seguros que las ciudades siguen siempre a la primera aparición de 'A/'?

Si es así, podríamos hacer un bucle con una expresión regular, para contar las apariciones de las ciudades mediante un hash.
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Re: Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Notapor Anee0131 » 2012-10-05 13:40 @611

Sí, todos comienzan con esa "A" y justo uno de los problemas es que no sé cómo definir en el programa los parámetros para hacer el hash.

Te adjunto el archivo FASTA, ¡¡¡muchas gracias!!!
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Re: Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Notapor Anee0131 » 2012-10-05 16:08 @713

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #!/usr/bin/perl
  2.  
  3. # El siguiente programa abre un archivo fasta y cuenta el numero de veces que se encuentra un pais declarad
  4.  
  5.  
  6. #$file = "secuencia2.faa";
  7. open (INFILE,"sec_virus_influenza.faa") || die "[x] No se puede abrir archivo\n";
  8.  
  9. while (my $file = <INFILE>) {
  10.         if ($file =~ m/\/(\w+)\//){
  11.                 print "$1\n";
  12.         }
  13. }
  14. close INFILE ;
Coloreado en 0.002 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Este es un primer intento para resolver el problema, les agradezco su ayuda :D
Última edición por explorer el 2012-10-05 17:46 @781, editado 1 vez en total
Razón: Poner bien las marcas Perl
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Re: Hacer un contador a partir de un archivo FASTA

Notapor explorer » 2012-10-05 18:17 @804

No probado.
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #!/usr/bin/perl
  2. # El siguiente programa abre un archivo fasta
  3. # y cuenta el número de veces que se encuentra un país declarado
  4. use v5.12;
  5. use autodie;
  6.  
  7. @ARGV == 2 or die "Uso: $0 <archivo FASTA> <ciudad>\n";
  8.  
  9. my($archivo, $ciudad) = @ARGV;
  10. my %ciudades;
  11.  
  12. open my $INFILE, '<', $archivo;
  13. while (my $linea = <INFILE>) {
  14.     if ($linea =~ m{^>.+?A/(.+?)/}) {
  15.         $ciudades{$1}++;
  16.     }
  17. }
  18. close $INFILE;
  19.  
  20. say "La ciudad $ciudad sale $ciudades{$ciudad} veces.";
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
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