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Imágenes FITS

¿Ya sabes lo que es una referencia? Has progresado, el nível básico es cosa del pasado y ahora estás listo para el siguiente nivel.

Imágenes FITS

Notapor gazuniga » 2007-12-04 12:51 @577

Yo de nuevo, muchas gracias por la ayuda.

Pero tengo el mismo problema de nuevo. Tengo otro programa que tampoco entiendo, de forma muy general lo que hace es asociar a cada pixel de la imagen una coordenada celeste, que consta de una posición en grados minutos y segundos, más una declinación.

Tiene muchos comentarios que no sé si sacar o no.

El programa funciona, pero no sé qué es lo que hace.

¿Por favor si alguien me puede explicar :D ?

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
        1 #!/usr/bin/perl
        2
        3 use PDL;
        4 use PDL::Transform;
        5 use PDL::NiceSlice;
        6 use PDL::Image2D;
        7 use PDL::Transform;
        8 use PDL::IO::Dumper;
        9 use PDL::Minuit;
       10 use PDL::GSLSF::LEGENDRE;
       11 use Astro::Coord;
       12 use Astro::Time;
       13 use TrIm;
       14 use Vtools;
       15 use strict;
       16 use warnings;
       17
       18 my $pi = 2*acos(0);
       19 #globals;
       20
       21 #my $data_pass;
       22 #my $im_pass;
       23
       24 my $h_pass;
       25
       26 #my $dumpit = 0;
       27 #my $debug = 0;
       28 #
       29 #my $offset;
       30 #my $scl;
       31 #
       32 #my $nord_x_pass;
       33 #my $nord_y_pass;
       34 #
       35 my $min_x;
       36 my $max_x;
       37 my $min_y;
       38 my $max_y;
       39 #
       40 {
       41
       42 # INPUT IMAGE
       43     my $im = rfits('/canopus/goto/110907/NGC6302_G_5s_dark.fit');
       44     my $h = $im -> gethdr;
       45 # GOTO field of view
       46     my $field_0 = 9./60.; #field in deg
       47 # GOTO pixel scale
       48     my $pixscale = $field_0 / $im->getdim(0);
       49
       50
       51 # GIVE NAMES, REF RA DEC and guess pixel location
       52     my @data = (
       53                 {Name => 'e1', RA  => '17:13:53.950', DEC => '-37:08:37.87', i_init => 1112, j_init => 44},
       54                 {Name => 'e2', RA  => '17:13:55.939', DEC => '-37:08:05.55', i_init => 1204, j_init => 141},
       55                 {Name => 'e3', RA  => '17:13:52.242', DEC => '-37:07:34.97', i_init => 1071, j_init => 233},
       56                 {Name => 'e4', RA  => '17:13:53.947', DEC => '-37:07:17.97', i_init => 1137, j_init => 279},
       57                 {Name => 'e5', RA  => '17:13:57.928', DEC => '-37:07:23.04', i_init => 1270, j_init => 258},
       58                 {Name => 'e6', RA  => '17:14:00.485', DEC => '-37:07:09.42', i_init =>1362 , j_init => 289},
       59                 {Name => 'e7', RA  => '17:14:01.483', DEC => '-37:07:48.51', i_init => 1388, j_init => 166},
       60                 {Name => 'e8', RA  => '17:13:52.236', DEC => '-37:04:09.27', i_init => 1122, j_init => 831},
       61                 {Name => 'e9', RA  => '17:13:31.925', DEC => '-37:04:00.75', i_init => 416, j_init => 908},
       62
       63                 {Name => 'e10', RA  => '17:13:33.059', DEC => '-37:05:10.46', i_init => 432, j_init => 703},
       64                 {Name => 'e11', RA  => '17:13:26.098', DEC => '-37:05:05.30', i_init => 196, j_init => 734},
       65                 {Name => 'e13', RA  => '17:13:24.252', DEC => '-37:04:43.19', i_init => 135, j_init => 800},
       66                 {Name => 'e14', RA  => '17:13:25.382', DEC => '-37:06:16.70', i_init => 155, j_init => 519},
       67                 );
       68
       69
       70
       71 # Define a center for the resampled image
       72
       73     my $RA_0 = '17:13:44.282'; my $DEC_0 = '-37:06:15.09'; #NGC 4755
       74
       75 # Define  dimensions for the resamepld image
       76     my $Nx = 1800;
       77     my $Ny = 1300;
       78
       79     my $nord_x = 2;
       80     my $nord_y = 1;
       81 # get resampled image:
       82     my $out = &astrogoto($im,{
       83         Nx => $Nx,
       84         Ny => $Ny,
       85         PixScale => $pixscale,
       86         RA_0 => $RA_0,
       87         DEC_0=>  $DEC_0,
       88         Nord_x => $nord_x,
       89         Nord_y => $nord_y,
       90         Data => \@data
       91     });
       92
       93     wfits $out,'testG.fits'; # choose an ouput filename
       94
       95 }
       96
       97
       98
       99
      100 sub get_centroid {
      101     my ($im, $x0, $y0, $opts) = @_;
      102
      103     my %args = ( Do_Gaussfit => 0, Delta => 6, %$opts);
      104
      105 #    if (ref($opts) =~ /HASH/) {
      106 #       foreach (keys(%$opts)) {
      107 #           $args{$_} = $$opts{$_};
      108 #       }
      109 #    }
      110
      111     my $delta=$args{Delta};
      112
      113     my $subim = $im($x0-$delta:$x0+$delta,$y0-$delta:$y0+$delta);
      114     my ($max,$xcent,$ycent) = max2d_ind($subim);
      115     $xcent += $x0-$delta;
      116     $ycent += $y0-$delta;
      117
      118     if ($args{Do_Gaussfit}) {
      119         my $civs = pdl [ 0.4481183, 0.62394083, 0.014348385];
      120         my $params = { Cinv => $civs ,
      121                        Flux=> $max->sclr,
      122                        Centroid=>pdl [ $xcent->sclr, $ycent->sclr]} ;
      123
      124         # ....
      125     }
      126     return ($xcent,$ycent);
      127 }
      128
      129
      130
      131
      132
      133
      134
      135 sub astrogoto {
      136     my ($im,$pass) = @_;
      137     my $h = $im-> gethdr;
      138     my %args = (
      139         Nord_x=> 1,
      140         Nord_y => 1,
      141         Nx => 0,
      142         Ny => 0 ,
      143         Data => 0,
      144         RA_0 => ,
      145         DEC_0 => ,
      146         PixScale => 0
      147     );
      148
      149     if (defined($pass)) {
      150         %args = (%args,  %$pass);
      151     }
      152     my $pixscale = $args{PixScale};
      153
      154
      155 # GIVE NAMES, REF RA DEC and guess pixel location
      156     my $datal = $args{Data};
      157     my @data = @$datal;
      158     my $RA_0 = $args{RA_0}; my $DEC_0 = $args{DEC_0};
      159
      160 # Define  dimensions for the resamepld image
      161     my $Nx = $args{Nx};
      162     my $Ny = $args{Ny};
      163
      164
      165
      166
      167     $$h{'CRVAL1'} = str2deg($RA_0,'H');
      168     $$h{'CRVAL2'} = str2deg($DEC_0,'D');
      169     $$h{'CRPIX1'} = $Nx/2;
      170     $$h{'CRPIX2'} = $Ny/2;
      171
      172     $$h{'CDELT1'} = -1 * $pixscale;
      173     $$h{'CDELT2'} = $pixscale;
      174     $$h{'CTYPE1'} = 'RA---TAN';
      175     $$h{'CTYPE2'} = 'DEC--TAN';
      176
      177 #    my $out = zeroes($im->dims);
      178     my $out = zeroes($Nx,$Ny);
      179     $$h{NAXIS1} = $Nx;
      180     $$h{NAXIS2} = $Ny;
      181     my ($Nx_in,$Ny_in) = $im->dims;
      182     $out(:$Nx_in-1,:$Ny_in-1) .= $im(:,:);
      183     $out ->sethdr($h);
      184     $h_pass = $h;
      185
      186 #    my $t_out = t_fits($out);
      187
      188     my @i_in;
      189     my @i_out;
      190
      191     my @j_in;
      192     my @j_out;
      193
      194     foreach (@data) {
      195         my ($i,$j)
      196             = &get_centroid($im,$_->{i_init},$_->{j_init}, {Delta => 20});
      197         $_->{i} = $i;
      198         $_->{j} = $j;
      199
      200 #    my $in = pdl (str2deg($_->{RA},'H'), str2deg($_->{DEC},'D'));
      201 #    my ($i_out, $j_out) = list ($in -> invert($t_out));
      202
      203         my $RA_OFF
      204             = str2deg($RA_0,'H')
      205             + (
      206                 str2deg($_->{RA},'H')
      207               -
      208                 str2deg($RA_0,'H')
      209               )
      210               * cos($pi*str2deg($DEC_0,'D') / 180.)
      211             ;
      212
      213         my ($i_out, $j_out)
      214             = &Ftools::adij_linear($out,$RA_OFF, str2deg($_->{DEC},'D'));
      215
      216         $_->{i_out} = $i_out;
      217         $_->{j_out} = $j_out;
      218
      219
      220 #    print "$i $j ---> $i_out $j_out \n";
      221         push @i_in,$i;
      222         push @i_out,$i_out;
      223
      224         push @j_in,$j;
      225         push @j_out,$j_out;
      226
      227
      228     }
      229
      230     my @dum = @i_out;
      231
      232     push @dum, (0, $$h{NAXIS1});
      233     $min_x = minimum(pdl(@dum));
      234     $max_x = maximum(pdl(@dum));
      235
      236     @dum = @j_out;
      237     push @dum, (0, $$h{NAXIS2});
      238     $min_y = minimum(pdl(@dum));
      239     $max_y = maximum(pdl(@dum));
      240
      241
      242
      243     my $i_in = pdl (@i_in);
      244     my $i_out = pdl (@i_out);
      245     wcols $i_in, $i_out;
      246
      247     print "i_out $i_out \n";
      248
      249 #    &Vtools::spec($i_in, $i_out);
      250 #    &Vtools::spec(pdl(@j_in), pdl(@j_out));
      251
      252
      253 # need to specify total range of pixel coordinates to pass argumens
      254 # as cos(theta) in Pl(cos(theta)) - may not be present in the
      255 # fits header of a single position vector
      256     my $opts
      257         = {
      258             Min_pixcoord_x => $min_x,
      259             Max_pixcoord_x => $max_x,
      260             Min_pixcoord_y => $min_y,
      261             Max_pixcoord_y => $max_y
      262         };
      263     $opts->{Nord_x} = $pass->{Nord_x};
      264     $opts->{Nord_y} = $pass->{Nord_y};
      265
      266     my $bestfit = &TrIm::opt_2DTransform(\@data, $opts);
      267
      268     foreach (@data) {
      269         my $in = pdl ( $_->{i}, $_->{j});
      270         my $out = pdl ( $_->{i_out}, $_->{j_out});
      271         my $model
      272             = &TrIm::Do_Transform(
      273                 $out,
      274                 $bestfit,
      275                 {
      276                     Min_pixcoord_x => $min_x,
      277                     Max_pixcoord_x => $max_x,
      278                     Min_pixcoord_y => $min_y,
      279                     Max_pixcoord_y => $max_y,
      280                     Dir => -1
      281                 }
      282             );
      283         print "$_->{Name} in $in  -> out $out -> model $model CRPIX1 $$h{CRPIX1} CRPIX2 $$h{CRPIX2} \n";
      284
      285 #       my $inversemodel = &Do_Transform($model,$bestfit,{Dir => -1});
      286 #       print "-> inversemodel $inversemodel    \n";
      287     }
      288
      289 #    my $testin = $data[-1];
      290 #    my $t_in_0 = pdl ( $testin->{i}, $testin->{j});
      291 #
      292 #    my $testout = &Do_Transform($t_in_0,$bestfit,{Dir => 1, Debug => 1});
      293 #
      294 #    print "testin $testin->{Name} $t_in_0  ---> testout $testout   \n";
      295 #
      296 #    my $t_in = pdl ( $testin->{i_out}, $testin->{j_out});
      297 #
      298 #    $testout = &Do_Transform($t_in,$bestfit,{Dir => -1, Debug => 1});
      299 #
      300 #    print "testin $testin->{Name} $t_in  ---> testout $testout   \n";
      301 #
      302 #    my $testout2 = &Do_Transform($t_in,$bestfit,{Dir =>  1, Debug => 1});
      303 #
      304 #   print "testin $testin->{Name} $t_in  ---> testout2 $testout2   \n";
      305
      306 #    $out = &Do_Transform($im,$bestfit, {Dir => -1, Debug => 1});
      307 #    $out ->sethdr($h);
      308 #    wfits $out,'test1.fits';
      309 #
      310
      311
      312 #    my $test_in = pdl (10,500);
      313     my $test_in = pdl (910, 430);
      314     my $testout
      315         = &TrIm::Do_Transform(
      316             $test_in,
      317             $bestfit,
      318             {
      319                 Min_pixcoord_x => $min_x,
      320                 Max_pixcoord_x => $max_x,
      321                 Min_pixcoord_y => $min_y,
      322                 Max_pixcoord_y => $max_y,
      323                 Dir =>  -1, Debug => 1
      324             }
      325         );
      326     print "testin $test_in  ---> testout $testout   \n";
      327
      328     $out
      329         = &TrIm::Do_Transform(
      330             $out,
      331             $bestfit,
      332             {
      333                 Min_pixcoord_x => $min_x,
      334                 Max_pixcoord_x => $max_x,
      335                 Min_pixcoord_y => $min_y,
      336                 Max_pixcoord_y => $max_y,
      337                 Dir => +1, Debug => 1
      338             }
      339         );
      340     $out = float($out);
      341     $out ->sethdr($h);
      342
      343     return $out;
      344 }
Coloreado en 0.008 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
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Notapor explorer » 2007-12-04 20:57 @914

He formateado las líneas largas y le he puesto números.

¿Qué parte o línea es la que no entiendes?
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Notapor gazuniga » 2007-12-04 21:12 @925

¡Muchísimas gracias por responder!

La foto con que se trabaja es de una nebulosa. Yo lo que entiendo es entrego las coordenadas del pixel correspondientes a una estrella, junto con la coordenada celeste (usadas en astronomía) que corresponde a dicha estrella según tablas.

Luego defino el grado de un polinomio
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
    my $nord_x = 2;
    my $nord_y = 1;
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

y el tamaño de la imagen que obtendré
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
    my $Nx = 1800;
    my $Ny = 1300;
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

junto con el centro de la imagen
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
    my $RA_0 = '17:13:44.282'; my $DEC_0 = '-37:06:15.09';
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


El programa me devuelve una nueva imagen, en la cual a cada pixel le corresponde una coordenada celeste.

Me gustaría saber cómo se vincula el polinomio con todo esto. Y que es el 'chi' que aparece en la pantalla cuando ejecuto el programa.

De nuevo muchísimas gracias, me sirvieron mucho las indicaciones en el otro programa.

¡Saludos!
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Notapor explorer » 2007-12-05 13:14 @593

Pues lo siento, pero sin más comentarios en el programa, es difícil saber responder a tu pregunta.

Hay módulos que no se sabe qué es lo que hacen, como el Vtools o el TrIm.

Las funciones PDL del programa son fáciles de entender, pues realizan operaciones básicas a nivel de píxel, como por ejemplo hallar máximos.

Y lo del 'chi', creo que se refiere a esto: http://es.wikipedia.org/wiki/Distribuci ... i-cuadrado
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Notapor radioboy » 2007-12-05 15:32 @688

Sinceramente no sé hacer siquiera un hello world en Perl, pero creo que puedo ayudarte.

Para asignar coordenadas a una imagen FITS efectivamente se necesitan referencias. Como lo único que uno tiene normalmente es una imagen de algún objeto, obtenida con algún instrumento con campo de visión propio e incluso algunas distorsiones propias de la óptica, no es llegar y asignar coordenadas. La misma orientación del chip respecto a las coordenadas astronómicas definidas puede ser cualquiera.

Por esto, lo que entiendo que hace el programa es asignar a ciertos puntos que corresponden a objetos conocidos (estrellas) de coordenadas determinadas con suficiente precisión.

Para manejar el asunto de la orientación, distorsiones, etcétera, lo que debe estar haciendo el programa es fitear (hacer un ajuste de mínimos cuadrados) una superficie polinomial a las estrellas de referencia, lo que define una función (en notación no Perl):

(x_RA,y_DEC)=F(x_pix,y_pix;pars),

donde X_RA es, como ejemplo, la coordenada en Ascensión Recta y Y_DEC es la declinación. Aquí, "pars" son los parámetros de la función, y son los que se deben ajustar buscando una correcta representación.

Es decir, cada pixel recibe una coordenada de acuerdo a la función estimada.

El chi que te debe salir corresponde a el valor de Chi cuadrado, un indicador de la calidad del fiteo, que debe aproximarse al número de grados de libertad (número de estrellas siendo ajustadas) menos el número de parámetros usados para definir el polinomio, y toma una forma más o menos como ésta:

Chi^2=Sumatoria[ (Pos(pix)-Pos(estimada;pars)) / error_estimado^2 ].

El ajuste no podrá ser perfecto debido a la pixelización y al orden real de las deformaciones de la imagen, de modo que se busca minimizar esta función Chi^2. Usualmente se utilizan métodos como el de Levenberg-Marquardt. No sé cuál es el que utilizan acá, no he mirado todo el código, pero me imagino que corresponde a las funciones o subfunciones desconocidas.
En el fondo lo que debe estar haciendo el programa es interpolar y extrapolar.

Ve por ejemplo esta página:
http://mathworld.wolfram.com/LeastSquaresFitting.html
No te intimides por las ecuaciones en el caso que no las comprendas todas, usualmente la parte matricial está implementada en módulos para hacer estos fiteos. De todas maneras es bueno que lo entiendas porque los algoritmos no siempre funcionan tan directamente.

Espero que te sirva esta información.
Saludos!
radioboy
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