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Perl aplicado a la bioinformática

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Notapor programandoenperl » 2011-01-15 12:08 @547

¡Hola! Tengo un problemilla con un bucle for() y un hash.

Se trata de un programa de getorf. Al final tengo que imprimir las proteínas por orden del codón de paro. He comprobado que los valores (proteínas) y las claves (posición codón de paro) estuviesen en el hash y eso está bien, pero a la hora de dividir la proteína en trozos de 60 aminoácidos me da problemas, solo aparece la primera línea de las proteínas.

Agradecería mucho si alguien me pudiese decir qué estoy haciendo mal, porque no doy con el error...

Dejo abajo el código.

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Using perl Syntax Highlighting
  1. my%posiciones;
  2. my%proteinas;
  3. my@posicionesfinales;
  4.  
  5. sub presentacion{
  6. my($len)=0;
  7. for($re=0;$re<scalar(@$final);$re++){
  8.                 $n=$re+1;
  9.                
  10.                 $lineaprotein=$$proteina{$$final[$re];};
  11.                
  12.         print SALIDA "\n> 1\-$longitudadn\_$n $$posiciones{$cad} $cabecera\n";
  13.         $len=(length($lin)/60);
  14.                 for($q=0;$q<$len;$q+=60){
  15.                        
  16.                         $trozo=substr($lin,$q,60);
  17.                         print SALIDA "$trozo\n";
  18.                        
  19.                 }
  20.         }
  21. }
Coloreado en 0.003 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
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Re: Imprimir en un fichero

Notapor explorer » 2011-01-15 15:10 @674

Bienvenido a los foros de Perl en Español, programandoenperl.

El fallo está en las líneas 13 y 14.

En la línea 13 estás calculando cuántos trozos de 60 caracteres vas a mostrar, pero en la línea 14, en lugar de ir incrementando $q de uno en uno, lo haces de 60 en 60.

Vamos, que el bucle de la línea 14, en lugar de presentar todos los trozos, solo presenta uno de cada 60 trozos.
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Re: Imprimir en un fichero

Notapor programandoenperl » 2011-01-16 05:25 @267

¡Muchas gracias! Ya lo corregí y funciona bien.
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