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Leer archivos phd

Perl aplicado a la bioinformática

Leer archivos phd

Notapor Pepita Perez » 2012-09-09 09:34 @440

Quiero que por favor alguien me ayude diciéndome si Perl es capaz de leer archivos en .phd y si es el caso cómo lo hago.

Mi trabajo consiste en ingresar una secuencia "de calidad" en Perl, que el archivo de salida sea en formato fasta.

gracias.
Última edición por Pepita Perez el 2012-09-10 17:05 @753, editado 1 vez en total
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Re: Leer archivos phd

Notapor explorer » 2012-09-09 12:05 @545

Bienvenida a los foros de Perl en Español, Pepita Perez.

Habría que empezar por el principio: ¿cuál es el formato de los archivos phd?

Una forma de hacerlo es con BioPerl:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1.     use Bio::SeqIO;
  2.  
  3.     $in  = Bio::SeqIO->newFh(-file => "fichero.phd" , '-format' => 'phd');
  4.     $out = Bio::SeqIO->newFh('-format' => 'Fasta');
  5.  
  6.     # Conversor
  7.     print $out $_ while <$in>;
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Re: Leer archivos phd

Notapor Pepita Perez » 2012-09-09 12:10 @548

En mi computador aparecen de texto. Gracias
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Re: Leer archivos phd

Notapor Pepita Perez » 2012-09-09 16:22 @723

Gracias
Última edición por Pepita Perez el 2012-09-10 17:03 @752, editado 1 vez en total
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Re: Leer archivos phd

Notapor explorer » 2012-09-09 18:21 @806

Sin ver los archivos de ejemplo y el código, es muy difícil responder...
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