Foro - Perl en Español

por **ansiau** » 2007-12-07 14:23 @641

Buenas.

Un saludo a todos. Conozco más o menos el lenguaje Perl, pero en estos momentos estoy 'atascado' con un problema. Tengo miles de archivos con el siguiente formato:

ATOMIC CHARGES

Código: Seleccionar todo: ATOM ELEMENTAL PARTIAL PARTIAL PARTIAL NO. SYMBOL MULLIKEN CM1 CM2 CHARGE CHARGE CHARGE 1 N 0.01440 0.03208 -0.31990 2 C -0.16559 -0.17106 -0.02414 3 H 0.13362 0.13398 0.11500 4 H 0.10268 0.10307 0.08371 5 H 0.14249 0.14289 0.12399 6 C -0.15736 -0.16260 -0.01658 7 H 0.12437 0.12476 0.10576 8 H 0.13690 0.13718 0.11840 9 H 0.13398 0.13421 0.11539 10 C -0.17351 -0.17892 -0.03177 11 H 0.13949 0.13979 0.12094 12 H 0.10986 0.11026 0.09106 13 H 0.14366 0.14399 0.12519 14 C -0.13948 -0.14370 -0.02345 15 H 0.13956 0.14010 0.12128 16 H 0.16987 0.17067 0.15210 17 C 0.04240 0.06720 0.12215

De acá tengo que leerlos continuamente y extraer el valor de las cargas atómicas para cada archivo, una de las tres columnas numéricas (que representa una conformación molecular distinta). Mi problema es que estos datos tienen que ser guardados en un solo archivo y grabada en columnas. Así que para cada nuevo archivo, los datos serían agregados al mismo fichero de salida pero en una nueva columna. Algo así:

Código: Seleccionar todo: Data: Archivo1 Archivo2 Archivo3 ........ data1 data2 data3 data1 data2 data3

Y así sucesivamente.

He mirado sin éxito las funciones y opciones de print y printf, al igual de tratar de guardar los valores en arrays y luego intentar imprimir estos en el fichero de salida en formato columna. No he tenido éxito, ya que siempre imprime en líneas...

¡Si alguien tiene alguna sugerencia o truco, bienvenida es!

Muchas Gracias,

Carlos A. Ramirez-Mondragon
Pharmaceutical Sciences
University of Maryland

Pero... falta más información...

¿Se puede grabar el fichero de salida cuando se haya terminado de leer el último fichero de entrada?

¿Siempre es la misma columna -una de las tres- la que hay que extraer, en todos los ficheros?

Si la respuesta a estas dos preguntas es sí, la solución es fácil... y si

¿la longitud de la columna numérica es igual en todos los ficheros?

también es positiva, entonces, más fácil aún.

por **ansiau** » 2007-12-07 14:47 @657

Gracias por la pronta respuesta..

1 - Sí se puede cerrar el fichero de salida cuando se haya terminado de leer el último de entrada.

2 - Siempre se extrae la misma columna en los archivos... (en esto no tengo dificultad).

3 - La longitud de las columnas numéricas es igual en todos los ficheros de entrada.

Gracias,

Carlos A. Ramirez-Mondragon
Pharmaceutical Sciences
University of Maryland

por **explorer** » 2007-12-07 15:31 @688

Esta es una de las muchas soluciones posibles:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

1#!/usr/bin/perl

    2 use strict;

    3 use warnings;
4
5# Aquí guardaremos la información. Será un array de arrays (matriz de dos dimensiones)
6# Cada fila será la columna que extraeremos de los ficheros de entrada.
7# El nombre del fichero lo guardaremos como primer elemento en cada fila.

    9 my@datos;
10
11# Columna a extraer 0,1,2,3,4

   12 my$n_columna=4;
13
14# Número máximo de elementos almacenados, en las nuevas columnas

   15 my$altura=0;
16
17# Lectura de ficheros de entrada

   18 foreachmy$fichero(<datos*.txt>){
19
20# Por cada fichero, lo abrimos o lo intentamos con el siguiente

   21     open FICHERO,"<$fichero"ornext;
22
23# Guardamos el nombre del fichero, en un nuevo subarray

   24     push@datos,[$fichero];
25
26# Lo leemos

   27     while(<FICHERO>){
28
29# Nos quedamos con las filas que nos interesan

   30         nextifnot/^\s+\d/;
31
32# Nos quedamos con la columna que nos interesa

   33         push@{$datos[-1]},(split" ")[$n_columna];
34}
35
36# Actualizamos la altura máxima

   37     $altura=@{$datos[-1]}if$altura<@{$datos[-1]};
38
39# Cerramos

   40     close FICHERO;
41}
42
43# Salida de información
44# Recorremos los datos, "transversalmente", ya que sabemos la altura

   45 formy$i( 0 ..$altura-1){
46
47# En cada línea, pintamos los valores de los elementos i-ésimos
48# de todos los subarrays. Usamos un map para recorrer verticalmente
49# las columnas y al mismo tiempo formatear la salida

   50     printjoin"",map{sprintf"%14s",$datos[$_][$i]} 0 ..$#datos;

   51     print"\n";

   52 }

   53

   54 __END__Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Una vez metida la información en una matriz bidimensional, solo hay que recorrerla de la misma forma en que se va a imprimir.

Código: Seleccionar todo: datos001.txt datos002.txt datos003.txt datos004.txt datos005.txt -0.31991 -0.31992 -0.31993 -0.31994 -0.31995 -0.02414 -0.02414 -0.02414 -0.02414 -0.02414 0.11500 0.11500 0.11500 0.11500 0.11500 0.08371 0.08371 0.08371 0.08371 0.08371 0.12399 0.12399 0.12399 0.12399 0.12399 -0.01658 -0.01658 -0.01658 -0.01658 -0.01658 0.10576 0.10576 0.10576 0.10576 0.10576 0.11840 0.11840 0.11840 0.11840 0.11840 0.11539 0.11539 0.11539 0.11539 0.11539 -0.03177 -0.03177 -0.03177 -0.03177 -0.03177 0.12094 0.12094 0.12094 0.12094 0.12094 0.09106 0.09106 0.09106 0.09106 0.09106 0.12519 0.12519 0.12519 0.12519 0.12519 -0.02345 -0.02345 -0.02345 -0.02345 -0.02345 0.12128 0.12128 0.12128 0.12128 0.12128 0.15210 0.15210 0.15210 0.15210 0.15210 0.12215 0.12215 0.12215 0.12215 0.12215

por **ansiau** » 2007-12-11 11:25 @517

Estimado Explorer:

Muchísimas gracias por su ayuda. ¡El script que has proporcionado ha funcionado a las maravillas y me has ayudado a ahorrar una cantidad de trabajo! Mil gracias. ¡Con gusto donaré a este sitio! Un saludo desde Baltimore, Maryland.

Carlos A. Ramirez-Mondragon
Pharmaceutical Sciences
U. of Maryland

por **explorer** » 2007-12-11 13:37 @609

Sería interesante saber porqué necesita guardar los datos de esta manera...

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Leer varios archivos e imprimir en columnas

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