Te falta abrir cada archivo, en lectura, y otro, el destino, en escritura. Y luego hacer un bucle por todas las filas, hacer la operación de sustitución, y cerrar los archivos. Así por cada archivo.
Ahora bien... se puede hacer todo desde la línea de comandos:
Using text Syntax Highlighting
perl -pi'.bak' -e 's/d01/d02/' *.dat *.out
Coloreado en 0.000 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Más información sobre la opción '-i' en
perldoc perlrunConsejo: aunque los archivos originales quedan renombrados como '.bak', te aconsejo que antes hagas una copia de seguridad de los archivos originales, por si tienes que repetir la operación.
Al menos, las primeras veces, hasta que domines esta técnica. Una vez aprendida, es poderosísima.