Mi intención es predecir motivos de sumolización de varias proteínas de forma automatizada.
Para ello estoy intentando hacer un script en Perl que mande un conjunto de secuencias en formato FASTA al servidor seeSUMO utilizando el módulo de WWW::Mechanize.
Pretendo conseguir el código HTML de la página de salida para poder recuperar la información de las predicciones.
Ahora mismo estoy un poco perdido, si alguien me puede ayudar.
¡Muchas gracias!
http://bioinfo.ggc.org/seesumo
Using perl Syntax Highlighting
- use WWW::Mechanize;
- use strict;
- my $name = 'seq';
- my $value => '>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [Elephas maximus maximus]\n
- LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV\n
- EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG\n
- LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL\n
- GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX\n
- IENY\n';
- my $mech = WWW::Mechanize->new();
- my $url = 'http://bioinfo.ggc.org/seesumo/main.html';
- $mech->get($url);
- die "Can't even get the home page: ", $mech->response->status_line
- unless $mech->success;
- $mech->form_name("");
- $mech->field( $name, $value );
- $mech->click_button( name => 'submit' );
- print $mech->content();
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