Foro - Perl en Español

por **perl biología** » 2015-06-12 18:34 @815

Buenas. Dada una secuencia he buscado si posee el codón ATG de inicio con los códigos:

#!/usr/bin/perl

$ secuencia = AAAATGCGGTTATGCCCATGGGGTG;
$ s = 'ATG';

$posicon = 0;
$n = 0;
$n++ while $posicion = 1 + index($secuencia, $s, $posicion);

print "SE HAN ENCONTRADO $n VECES ESTE STRING ($s) EN LA SECUENCIA.\n";

exit;

Y me muestra el número de veces que tengo la secuencia ATG.

A continuación quisiera que me mostrase en el lugar que está esa secuencia. ¿Cómo podría realizarlo?

Muchas gracias.

#!/usr/bin/perl
 
$secuencia = 'AAAATGCGGTTATGCCCATGGGGTG';
$s         = 'ATG';
 
$posicion = 0;
$n = 0;
 
while ($posicion = 1 + index($secuencia, $s, $posicion)) {
    $n++;
    print "Se ha encontrado en la posición $posición\n";      # informa de la posición, basada en '1'
}
print "SE HAN ENCONTRADO $n VECES LA SECUENCIA ($s) EN LA SECUENCIA.\n";
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