Foro - Perl en Español

Hola. Soy estudiante de bioinformática. Tengo una duda en cómo busco y cuento una cadena en un secuencia. Está basado sobre el siguiente problema:

Tengo una secuencia...
GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTAATGAGTCGAAAAATTATCTT

y deseo buscar cuántas veces se repite una cadena de dos letras, vale decir, cuántas veces AT, TA, CG, GC, GT, AC.... (en fin, todas las posibilidades en dos letras de espacio), se encuentran en la secuencia.

Ejemplo:
SECUENCIA= GGGTAGGCTAGGATCGGGTACGTCACGGGTATGCA
STRING=GG
RESULTADO: SE HAN ENCONTRADO 8 VECES ...

Hola, tengo un formulario hecho con CGI y hay 2 popup_menu pero quiero que cuando haga clic en uno, tome ese valor para poder mostrar en el otro popup_menu muestre los valores de acuerdo a lo que yo elegí en el primero.

Entonces leyendo por Internet leí que con el onchange() tengo que hacerlo con JavaScript, por lo tanto tengo las siguientes preguntas:

1.- ¿Hay una forma de hacer que funcione el onchange() utilizando Perl? ...

Buenas, llevo toda la mañana y no me sale, me desespero. Me gusta Perl, pero cuando me salen las cosas, ¡ja,ja!

A ver, tengo este hash de hashes y tengo que sacar de un organismo y de la base que me pida el usuario el porcentaje de la base.

Dadme alguna idea. Gracias.

print "¿Que quieres hacer:\n a)Imprimir todos los organismos por pantalla (pulsa a)\n b)Guardar la tabla en un fichero (pulsa b)\n c)Mostrar ...

Hola a todos, mi duda es cómo volcar a un archivo de texto todos los campos de una base de datos en SQL.
La intención es poder imprimir en el archivo de salida (OUT) todo el contenido de la base de datos, pero no sé cómo asignar el resultado de la $query a una variable que pueda imprimir. Será una tontería pero no lo capto... y por más que retoco el script sigo sin dar ...

Buenas, ¿cómo se imprime un hash de hashes? Gracias

%HDH = (
patata => {
$a => 123,
$c => 212,
$g => 234,
$t => 254,
$u => 194,
},
calabacin => {
$a => 123,
$c => 345,
$g => 234,
$t => 543,
$u => 150,
},

Hola de nuevo,

Estoy intentando usar los servicios web de una herramienta. En la página de dicha herramienta se proporcionan unos scripts de Perl para utilizar los servicios web, pero al ponerlos a funcionar me sale el siguiente error:

panic: schemas() removed in v2.00, not needed anymore
at C:/Perl14/site/lib/XML/Compile/WSDL11.pm line 65
XML::Compile::WSDL11::schemas(XML::Compile::WSDL11=HASH(0x30ffbac)) at xml-compile.pl line 46
main::appendSchemas(XML::Compile::WSDL11=HASH(0x30ffbac), "http://www.cbs.dtu.dk/ws/common/ws_common_1_0b.xsd", "http://www.cbs.dtu.dk/ws/TMHMM/ws_tmhmm_2_0_ws0.xsd") at C:\Perlprograms\tmhmm.pl line 18


No tengo ni idea de a lo que se refieren con ...

¿Cómo puedo ver una imagen creada con Perl?

¿Sólo se pueden ver en un HTML o puedo obtener un archivo de imagen independiente para verlo con un editor de imágenes cualquiera?

He leído los tutoriales de Perl en español, y está todo muy bien explicado, pero aun así no consigo ver ninguna imagen de las que se crean (salen una cantidad de simbolitos de código (¿ensamblador?) en pantalla (STDOUT), pero no veo mi imagen...)

Gracias ...

Hola a todos.

Voy empezando con Perl. Tengo que hacer un contador de cisteínas (el número de veces que aparece la letra C en la secuencia de aminoácidos) en un archivo múltiple en formato fasta. Tengo varios días y no puedo. ¿Podría alguien darme una idea de cómo puedo hacer esto?

El input sería algo así:
>217618
MHHPILLSAFISIASSLRLNAPTVNKRGSTIAQPGSIKDVIVTSFNTLNSTHHYRIPKAKPHSWNDTIST
HNLSLKLYNNYNGGPINAYIQGLDSNGAIVFITSNGTLIHPRSNNSSSPIEIKDKLAIPLPPKGQSLTLN
ITTSLTSGRVYFSEGNLKFFTINLGAGDGLVQPSVNNLHDPSASLNWGFIELTFLRNGALYANISYVDFV
GLILSMMLSTKDGGTPQITRGLRANAVYDLCEGLFKQTANDGYLWLAMCVVGKTGDPVRVLSPNYYQRVY
AADFEDYWQDYVDTVWEYYSSHTLAIDTQTPLGQVECQVTNDTLYCAEDNRGYAKPTASDIWGCNSGPFG
LQEGDNPVHVAVIPRLCAAFVRSTLLIRGGDVQPRLNSSYHYSVSPTNHYSRIVHELQVDGRGYAFSYDD
VNPNGHEDVSGLVSSGNPDTLTVYVGGPPN*


>161114
MAPSGTLPLAAAILALAGIVTAQQPGTSTPEVHPKLTTYQCTTSGGCVAQDTSVVLDWNYRWMHDANYNS
CTVNGGVNTTICPDEATCGTNCFIEGVNYTASGVTTSGSSLTMNQYMPATTGGYSSVSPRLYLLGADGNY
VLLQLNGKELSFDVDLSALPCGENGSLYLSQMADNGGANQYNTAGANYGSGYCDAQCPVQTWKNGTLNTN
HSGYCCNEMDILEGNSEANALTPHSCTATACDSSGCGLNPYASGFHSYYGPGLTVDTSKPFTITTQFNTD
NGSPSGNLVSITRKYIQNGVSIPSAQSGGDIISSCPSASAYGGLTTMGKALTSGMVLIFSIWNDSGGYMN
WLDSGSSGPCSSTEGNPSTILANNPGTHVTFSNIKWGDIGSTTSGGSSPPPPPASSTTLRTSTTTSKTST
APPSCTQTHWGQCGGNGYTGCKTCASGTTCQYSNDCEYSMNISKRRFRILIM*


>86295
MVLFRSLVFFSATACAATAPPSQSQGGIMAEQGLPDGIYQAAAVQGPTFEAPSAVPSSHLSLRGWKHPPG
EGDFHEKPGPHTEDEYSVPIHATRHSCHKDRHILLNSTEYRRAIDNLWDYCQNFKVPYHGAHLSIVGDVM ...

¡Saludos!

Tengo una duda con un "Botón de Opción". La sintaxis sería:
<input type="radio" name="radio" id="radio" value="radio">
Pero en mi caso, contiene el evento onclick():
<input id="givingLevel" type="radio" name="givingLevel" value="Other" onclick="rdo_OnClick(this);" />
Estoy trabajando con "WWW::Mechanize". Envío el formulario con:
$mech->submit('');
Sin embargo, la opción de "givingLevel" no se activa :cry:

La respuesta, después del submit, la guardo en ...

Hola, ¿qué tal?

Me puse a revisar su foro y en primer lugar lo felicito por la forma didáctica que tiene de responder. Soy novato en el uso de los scripts en Perl. La verdad, me gustaría aprender, espero que me informe si pretende hacer algún curso; la verdad, estoy muy interesado.

Mi problema es el siguiente: muchas veces realizo alineamiento de secuencias provenientes del NCBI en formato multifasta; pero los headers son muy largos ...