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Bioinformática: comparación de aminoácidos, por codones

Ejercicio a presentar en la convocatoria de Enero de 2010.
Informática - Biotecnología. Universidad de Salamanca.


Construir el programa pep2dna.pl que se ejecutará con la siguiente sintaxis:

perl pep2dna.pl fichin1 fichin2 fichout linesize

Funcionamiento
El programa pep2dna.pl recibirá como primer argumento un nombre de fichero (fichin1) que contendrá un número variable de secuencias de DNA, seguidas de su traducción a secuencia de aminoácidos, siguiendo el formato que puede verse en los ficheros de ejemplo en ...
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Pasar número de mes de '1' a '01'

Hola gente, es una tontería pero tengo un script que dejó de funcionar ya que trabaja con fecha y en este caso el mes es enero el cual figura como ' 1' sacándolo con
my $mes_actual = $fechabucle->month();

¿Cómo puedo hacer para que figure automáticamente como '01'?

Las fechas antes del mes 10 figuran con un solo dígito.
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Separar componentes de una fecha

Hola, soy nuevo en Perl, y me surgió una duda: tengo un archivo de texto con varias fechas de la siguiente manera:

29/11/2009
02/12/2009
06/12/2009

Mi pregunta es, cómo puedo hacer que Perl cree 8 variables, una por cada número, es decir, si tengo 29/11/2009, cómo puedo hacer que Perl asigne algo así por cada fecha:

$a = 2
$b = 9

$c = 1
$d = 1

$e = 2
$f = 0
$g ...
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Ejecución de comandos shell en Perl

Buenas a todos,
Tengo una duda sobre la ejecución de comandos shell en Perl.
¿Podría alguien completar el siguiente código?

foreach (`COMANDO`)
{
if (RETORNO DEL COMANDO CONTIENE /Asterisk/)
{
$output=RETORNO DEL COMANDO;
}
}
Read more : Ejecución de comandos shell en Perl | Vistas : 2749 | Respuestas : 24 | Foro : Básico


Modification of a read-only value attempted

Buenas:

Quiero convertir un archivo csv a otro formato y al intentar cambiar un valor me da el error del título:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
use Text::CSV_XS;

my $csvobj = Text::CSV_XS->new();

my $csvfile = "/tmp/test.csv";

open CSV, "<", $csvfile or die "cannot open $csvfile: $!\n";

# let's parse the file
while (<CSV>) {
next if !/\S/ ; # skip blank lines

$csvobj->parse($_) or die "can't parse: ". $csvobj->error_input();
my @fields = ...
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Curso de Perl en Sun Venezuela

Programación Perl (DTP-250)

Objetivo
Las personas que realicen el curso aprenderán a:

* Escribir secuencias de comandos que creen y cambien variables escalares.
* Usar estructuras de control de bifurcación o bucle.
* Crear y cambiar matrices de variables.
* Crear y cambiar variables de hash.
* Leer los archivos especificados en la línea de comandos y buscar determinadas cadenas de texto en esos archivos.
* Ejecutar pruebas de expresiones regulares y reconocer referencias a ...
Read more : Curso de Perl en Sun Venezuela | Vistas : 1730 | Respuestas : 3 | Foro : Formación


Barcode

Estoy tratando de generar un código de barras que tiene que ser con el font c39hrp24dhtt.ttf y no encuentro una librería que la contenga.

Gracias.

PD: Adjunto font
Read more : Barcode | Vistas : 4281 | Respuestas : 2 | Foro : Avanzado


¿Elemento impar/par?

¿Cómo puedo distinguir si una variable almacena un valor par o impar?
¡Gracias!
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Error Instalación PDF::ReportWriter

Agradecería si me pudiesen orientar en lo siguiente:

Estoy intentando instalar el módulo PDF::ReportWriter y me tira error. Lo estoy haciendo ejecutando el comando: cpan PDF::ReportWriter

Parte de lo que me desplaya en pantalla es lo siguiente:
CPAN.pm: Going to build D/DK/DKASAK/PDF-ReportWriter-1.5.tar.gz

Checking if your kit is complete...
Looks good
Writing Makefile for PDF::ReportWriter
cp lib/PDF/ReportWriter/Datasource/DBI.pm blib/lib/PDF/ReportWriter/Datasource/DBI.pm
cp lib/PDF/ReportWriter/Report.pm blib/lib/PDF/ReportWriter/Report.pm
cp lib/PDF/ReportWriter/Datasource.pm blib/lib/PDF/ReportWriter/Datasource.pm
cp lib/PDF/ReportWriter.pm blib/lib/PDF/ReportWriter.pm
Manifying blib/man3/PDF::ReportWriter::Datasource::DBI.3pm
Manifying blib/man3/PDF::ReportWriter::Report.3pm
Manifying blib/man3/PDF::ReportWriter::Datasource.3pm
Manifying blib/man3/PDF::ReportWriter.3pm
/usr/bin/make ...
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Leer registros de forma alterna

Buenos días, llevo varios días con un problema y no sé cómo solucionarlo:

Tengo un archivo en formato FASTA de la siguiente manera:
>NUMEROS
12345
67891

>LETRAS
ABCDE
FGHIJ

>NUMEROS
12345
67891

>LETRAS
ABCDE
FGHIJ
...

Quiero quedarme solo con los números, pero no debo basarme en el hecho de que sean números o letras, sino que el primer formato fasta tiene números y el segundo letras, y esto se repite.

Gracias.
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