Foro - Perl en Español

Tengo dos carpetas con archivos. La carpeta 1 contiene archivos con extensión TXT; La segunda contiene archivos con extensión XML. Necesitaba saber qué nombres de ficheros, obviando la extensión, están en la carpeta 1 y no están en la carpeta 2. He logrado hacer un script para conseguir esto, que es el que copio a continuación:

opendir IN, 'carpeta1';
my @array1 = grep { /^/ } readdir IN;
closedir IN;

opendir IN, 'carpeta2';
my ...

Yo solía hacer matrices en C pero ahora en Perl veo que es algo diferente.

¿Cómo se puede hacer una matriz en la que el usuario ingrese el valor en cada posición?

He estado preparando un juego de palabras en Perl, el juego se llama Izukirudo, juego francés, pero bueno, eso no importa.

El punto es que necesito dibujar cuadros debajo del tablero en donde se van a poner las letras seleccionadas por el jugador. Creo que eso de dibujar los cuadros se hace con un for, pero el 'problema' es que no solo son palabras, también frases. Ya tengo el selector de la palabra y/o frase, ...

Buenos días. Espero no haber creado un tema que ya hayan solucionado con anterioridad.

Llevo ya un par de años trabajando con Perl y creado diferentes aplicativos que siempre corro en símbolos del sistema o a través de un ejecutable que hago por medio del módulo PAR::Packer.

Lo que ahora quiero es crear interfaz para todos mis programas, pero nunca lo he hecho antes. He buscado por Internet y me dan muchas opciones: pasar el ...

Hola.

Nuevamente solicitando su muy valiosa ayuda a algún experto.

Cuento con dos tablas de las cuales quisiera combinar una parte de su información para obtener una tercera tabla con la información de interés. Por ejemplo:
Tabla1ID Ratio pValue
1 0.1 0.05
2 0.5 0.005
3 0.8 0.004
4 0.05 0.0003
5 0.2 0.02
6 0.43 0.02
7 0.12 0.05
8 0.45 0.05
9 0.23 0.06
10 0.12 0.03
Tabla2
ID Score Ref
1 0.9 ...

Hola, he creado este script para extraer múltiples secuencias contenidas en una carpeta en formato fastq y pasarlas a formato fasta y que mantenga el mismo nombre de cada archivo fastq:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

my ($dir, $files, $file_name, $file_format, $extension);

GetOptions (
'dr=s' =>\$dir
);

foreach $files (glob("$dir/*.fastq")) {
open LINE, "<", $files or die "can't read open $files";
while(
defined(my $head = <LINE>) &&
defined(my $seq = <LINE>) && ...

Estoy aprendiendo a usar SDL en Perl. El problema que tengo es que al poner los archivos .pm en la carpeta con el código fuente siempre me dice que hace falta un módulo, el cual es Alien::SDL. Lo descargué y aún así no funciona. Lo intenté con Perl Command Line Interpreter y Strawberry, y ambos me dan el mismo resultado, lo compilo en Windows 8.1.

El SDL lo descargué de: http://search.cpan.org/dist/SDL/ , en la versión ...

Hola, estoy intentado abrir un archivo para escribir en él y me gustaría hacer el código para que no pare de preguntar al usuario hasta que el archivo esté abierto y creado correctamente.

En otras ocasiones esta estructura me ha funcionado pero no sé por qué no lo está haciendo en esta ocasión. ¿Cómo podría arreglarlo?

my $dest, my $fh, my $w=0;
while ($w == 0) {
print "Please, enter the destination path to ...

Hola.

Soy nuevo en el foro, y quería pedir una ayuda. Soy biólogo y no me manejo mucho en programación.

Tengo un archivo fasta con cerca de 2 millones de registros, que apenas lo puedo abrir en un procesador de texto. Los registros se encuentran de la siguiente forma.
>SRR1517819.1.1
TNTCATCGAGACAGACTGTGAGGTGGATTTTGCACCTCCTCTGGATTACAAGGAACCTGAAAGGCCTGTTGCAACTGTTCCTTCAGGCAAGGCACCATCACAAGTTGAAGAGATTCCAGCTGAGACCGAACCAAAATTCAAC
>SRR1517819.1.2
GTTGAATTTTGGTTCGGTCTCAGCTGGAATCTCTTCAACTTGTGATGGTGCCTTGCCTGAAGGAACAGTTGCAACAGGCCTTTCAGGTTCCTTGTAATCCAGAGGAGGTGCAAAATCCACCTCACAGTCTGTCTCGATGATA
>SRR1517819.2.1
CNTATACATTTCAATTTACAATTTCAACATAAAACAGAAATAAAATGATAATATAATGTTTACATCTGGAATATACAATTATTGATTAACAAGCCCGTATCGGTTAGTATTTTTTTTTTTTGGGTAACGAGGATCCCACCCGTATTTAAGT
>SRR1517819.2.2
ATAAGTTCCATCCTTCTGGGGGTTGTGTGCAACAAATGGATTTTACAACTTAAGTGTCAATTCCTTGAAGATCTGTCACTACTTAAATACGGGTGGGATCCTCGTTACCCAAAAAAAAAAAATACTAACCGATACGGGCTTGTTAATCAAT
>SRR1517819.3.1
CNGTAATGAAACAAGACATAAGACCAGCTCTCAAGGACATTGTTTGGACCTGGCAAGGGGAGCCGCAGCAGCAGCAGCATCAGCATCAAGAACAACTACAACTAGAGGAACAAGAGCTACAGCCTTCTCAAGCACTCCCAATG
>SRR1517819.3.2
CATTGGGAGTGCTTGAGAAGGCTGTAGCTCTTGTTCCTCTAGTTGTAGTTGTTCTTGATGCTGATGCTGCTGCTGCTGCGGCTCCCCTTGCCAGGTCCAAACAATGTCCTTGAGAGCTGGTCTTATGTCTTGTTTCATTACCG
>SRR1517819.4.1
CNCTGGTACTATTGCAACATAAGCACTCTCAAAAAAAGAAACAAGTAGCATTGACACAAAACAGATTTTGACTAGATAGCAACTGAGATAATGCTCTAATCGAAGAGTGAGAATCCCATATCTTCATCTTCGC
>SRR1517819.4.2
GCGAAGATGAAGATATGGGATTCTCACTCTTCGATTAGAGCATTATCTCAGTTGCTATCTAGTCAAAATCTGTTTTGTGTCAATGCTACTTGTTTCTTTTTTTGAGAGTGCTTATGTTGCAATAGTACCAGAG

Como se observa, todos los id terminan en '.1' ...

Hola chicos:

Espero alguien me pudiera ayudar para editar la información de una tabla mediante línea de comandos ya que soy nuevo en esto.

La tabla que tengo presenta la siguiente información en el .txt adjunto.
En la columna de logFC se expresa el nombre del gen pero es demasiado largo y quisiera solo trabajar con el GeneID.

Por ejemplo, de

Dbxref=GeneID:105370384;Name=LOC105370384
Dbxref=GeneID:128869,HGNC:HGNC:15791,HPRD:12250,MIM:608528;Name=PIGU

quisiera mantener en esa columna solo 105370384 y 128869
manteniendo los valores ...