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Fecha actual 2024-11-25 02:50 @159

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Rendimiento y código claro en módulo con funciones

Hola.

Estoy creando el típico módulo con una serie de funciones que luego se usarán en otro script. Y tras leer documentación, entiendo que lo mejor es exportar esas funciones, y aquí es donde me aparecen las dudas:

Cuando se usan en el script esas funciones del módulo, se las llama simplemente con el nombre:
use strict;
use warnings;
...
use Mimodulo.pm; # donde está definida la función f_leerTabla(), y que se exporta
... ...
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GenOO: Un entorno para análisis de secuencias

GenOO: A Modern Perl Framework for High Throughput Sequencing analysis
(GenOO: un entorno de trabajo en Perl moderno para el análisis de alto rendimiento de secuencias)

«Background: High throughput sequencing (HTS) has become one of the primary experimental tools used to extract genomic information from biological samples. Bioinformatics tools are continuously being developed for the analysis of HTS data. Beyond some well-defined core analyses, such as quality control or genomic alignment, the consistent development of ...
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Coger campos separados por tabulación desde un TXT

Amigos, tengo un archivo TXT desde el cual debo tomar los campos para luego armar otro archivo txt separados igualmente por tabulación.

Si bien he realizado la captura de otros archivos separados por ';' o '"' o '|' o lo que sea... pero por tabulación no sé cómo hacerlo. Favor, su ayuda.

El archivo es de esta forma:
Campo1 Campo2 Campo3 Campo4 Campo5 etc…
Campo1 Campo2 Campo3 Campo4 Campo5 etc…
Campo1 Campo2 Campo3 Campo4 Campo5 ...
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Base de datos ODBC para Access en Ubuntu

Hola, compañeros. Estoy creando este script para crear una base datos con Perl usando Linux pero cuando lo corro me sale este error:

DBI connect('driver=Microsoft Access Driver (*.mdb);dbq=new.mdb','root',...) failed: Data source name not found, and no default driver specified (SQL-IM002) at createdb.pl line 18.

Este es el script:

#u!/usr/bin/perl
#use strict;
use warnings;
use v5.10; # Para el uso de la función sy()
use DBI;


say "Script para crear base de datos Acces";

# ...
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Script Kickstart perl

Hola, compañeros, me gustaría saber cómo hago este script menos iterativo. El profesor me pide que solo reciba root y el usuario. Lo demás se debe de ejecutar en el script. Ver adjunto.

#! /usr/bin/perl

use strict;
my $usrinput;
my $routeftp;
my $routearchivo;

print("\n***********************************************\n\n");
print("\n***********************************************\n\n");
print("\n**************** Kickstart*********************\n\n");
print("\n***********************************************\n\n");
print("\n***********************************************\n\n");

print ksconf "#*********************Kickstart creado con un script******************\n\n";

print "Ingrese la ruta y nombre del archivo kickstart a establecer: \n";
$routearchivo=<>;
chomp($routearchivo);
open(ksconf,">>","$routearchivo")
or die("Archivo no creado"); ...
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Cómo hacer log en Perl

Hola, mis amigos de Perl internacional, quiero saber cómo puedo crear un log para cuando se ejecute este script guarde la fecha, hora y usuario que corrió este script. Debe ser almacenado en una ruta específica.

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Filesys::DiskSpace;

# file system /home or /dev/sda5
my $dir = "/home";

# get data for /home fs
my ($fs_type, $fs_desc, $used, $avail, $fused, $favail) = df $dir;

# calculate free space in % ...
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bioinfo: Anotando datos del NCBI automática con Perl

«Esta semana me di cuenta que un antiguo script de Perl que leía datos bibliográficos de Pubmed automáticamente había dejado de funcionar.

La explicación es que el NCBI ha dejado de dar soporte a su servicio web con el protocolo SOAP desde el 1 de julio de 2015. No soy un experto informático, pero hace unos años ese protocolo estaba de moda y ahora parece que ya no (imagino que por razones de seguridad)».

Artículo
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bioinfo: unir archivos TSV como hojas Excel

«Buenas,

hoy me he vuelto a encontrar con una tarea reincidente, la de juntar varios ficheros con datos separados por tabuladores (formato TSV) en un sólo fichero Excel para compartirlo más fácilmente con otros colegas. Como decía esto me pasa con cierta frecuencia, y por eso hoy dediqué 5 minutos a escribir unas líneas de Perl que permiten automatizar esta tarea, previa instalación del módulo Spreadsheet::WriteExcel»

Artículo
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bioinfo: RPerl: de Perl a C++

«Hola.

El proyecto RPerl acaba de liberar la primera versión en CPAN tras más de dos años de desarrollo en https://github.com/wbraswell/rperl Su mascota es un correcaminos y a su autor principal (Will Braswell), a tenor de lo que escribe en la página del proyecto, parece que le gusta la literatura fantástica o las películas de semana santa.

Volviendo a lo importante, la filosofía del proyecto es hacer un compilador ...
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Aplicar split en array con ciertas condiciones

Hola.

Tengo una entrada con el siguiente formato:

texto
texto
...
(ID 3467)

texto
texto
...
(ID 3467)

texto
texto
...
(ID 5993)

Es decir: Tengo un conjunto variable de líneas de texto cuya última línea es un código entre paréntesis, y después otro conjunto variable de líneas de texto cuya última línea es un código -y aquí viene mi complicación- que puede ser o no el mismo código que el anterior, y así sucesivamente... ...
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