Foro - Perl en Español

Hola.

Busco ayuda para resolver un problema relacionado con ADN y tal (aunque no hay que saber biología para lo que estoy preguntando aquí). Primero expondré la situación:

De un fichero en formato GenBank, tras haberlo parseado, extraje de él la siguiente información, almacenada en una variable como una sola cadena:
$seq_cds = "join(12345..12389,13400..13567,1500..1523)join(45085..46000,49
001..50678)complement(join(67548..67908,78960..79765))"etc, la cadena es más larga y con más cosas.

El anterior es un ejemplo que me he inventado, pero lo ...

Hola, pido ayuda ya que ando todavía un poco pez en este asunto, aunque éste no me parece un problema de alguien principiante.

He estado haciendo programillas en Perl y aprendiendo algo pero resulta que ahora cualquier archivo nuevo que creo no me lo ejecuta. Solo me ejecuta los antiguos. De hecho he llegado a copiar el código de uno que me funciona perfectamente en uno nuevo, solo que con otro nombre y no me ...

A ver, os pongo en situación un momento. Trabajo en un laboratorio de proteómica y yo estudié Biotecnología. Sé programar en Perl, básicamente pequeños scripts que ayudan a mi y a otros investigadores a cambiar de formatos archivos, a calcular estadísticas de archivos muy grandes de DNA (llenos de letras) etc... etc... son scripts sencillos del estilo:

Tenemos una carpeta llena de archivos y hace falta hacer un "index" con todos esos archivos ordenados separando ...

¡Hola!

Me gustaría poder capturar los errores que obtengo al intentar ejecutar un sql en una base de datos.

Algo así como la sentencia:
my $sth =$dbh_sre->prepare($sql) or &error("ERROR preparing query to run in database: couldn't prepare $DBI::errstr");

La subrutina "&error" a su vez inserta el error en la base de datos...

¿Alguien tiene alguna idea?, he leído algo de raiserror pero no lo entiendo muy bien.., no sé si van por ahí los tiros... ...

Hola a todos.

Deseo saber si alguien de uds. ha usado algún script en Perl para ejecutar Clustalw y realizar algunas tareas como: cambiar formato de archivos (.pir a msf), realizar alineamientos, etc.

¿Saben dónde puedo encontrar algunos ejemplos?

Les agradeceré mucho cualquier información relacionada.

Gracias.


P.

Tengo un par de valores introducidos por teclado:

print "\ninicio : ";
my $inicio = <STDIN>;
chop ($inicio);

print "\nfinal : ";
my $final = <STDIN>;
chop ($final);

$inicio siempre es menor que $final. Pongamos que meto $inicio=9 y $final=11. Lo que quiero es crear los siguientes ficheros:

for (my $i=$inicio; $i<=$final; $i++)
{
open (OUT, ">", "read_".$i.".xml") or die "No\n";
#ETC ...
}

Pero en lugar de:

Code: Seleccionar todo

read_0009.xml
read_0010.xml
read_0011.xml

Me sale: ...

Hola.

Estoy aprendiendo Perl, pero estaba tratando de manejar POP3 en C, y alguien me dijo que para eso es mejor Perl, y me enseñó un código. El problema es que me muestra un mensaje de error y no sé cómo arreglarlo.

Les muestro el error y les dejo el código, espero me puedan ayudar.

salu2 :D
Can't locate object method "new" via package "Term::ReadLine::Gnu" at ...

¡¡Hola gente!!

Soy ultra nuevo, en el foro y la programación.
¿Alguien podría darme una orientación sobre cómo hacer una interfaz web para poder administrar un proxy Linux que se configura mediante textos por consola?

O sea, tengo el archivo de configuración
activo="yes" #poner en yes para que funcione
httpport="69"
tipo_isp="alternative" #ak poner default o alternative
dnstest="yes"
site1="www.google.com"
site2="www.yahoo.com"
site3="www.arnet.com.ar"
tcshow="yes" #Activa las estadisticas de tc
log="/partition/link.log" #donde se guardan los logs de caidas.
resetmodem="yes" ...

Esto es una pequeña actualización del comentario que puse hace cuatro años (madre mía, ¡como pasa el tiempo!)
Introducción
En un foro de programación, uno de los elementos más importantes es la presentación del código. Ha de ser claro y fácil de leer. Y lo mismo a la hora de introducirlo, cuando escribimos un nuevo mensaje.

Bueno, pues como ya sabéis, en este foro se permiten poner una serie de marcas alrededor de la sección ...

Hola amigos del foro. Mi pregunta es muy básica y es la siguiente: tengo un archivo que contiene esto

Code: Seleccionar todo

925 20.57468830674024 0.07101155419041266 -1.437466807894820

Y tengo un segundo archivo que tiene esto:

Code: Seleccionar todo

1000 24.50888061523438 0.8609685897827148 2.454782009124756
 850 18.37466430664062 0.06101134419441223 -1.037439107894897
 700 11.974609375 -1.701856851577759 1.649602055549622
 600 4.501434326171875 -2.099121809005737 3.796727657318115
 500 -5.23321533203125 -0.7169337272644043 3.405479431152344
 400 -16.0601806640625 3.223285675048828 -1.233854413032532
 300 -31.17556762695312 14.97671508789062 -4.939971446990967
 250 -41.01242065429688 15.30762481689453 -8.200047492980957
 200 -52.07179260253906 15.63027954101562 -11.43390274047852
 150 -66.32958984375 15.91667556762695 -6.861349105834961
 100 -76.96820068359375 -2.331923961639404 2.536499500274658

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