Foro - Perl en Español

Hi, Carlos Cantalapiedra and me recently put together teaching material about scripting in the linux terminal.

The material can be found at repository https://github.com/eead-csic-compbio/sc ... inux_shell

There are five sessions and the goal is for you to learn the basics of the Linux shell and scripting for data sciences such as genomics and plant breeding:

session title required time URL
0 Setup prior to course session 0
1 Linux ...

Buenas,

a finales de Junio participé en la más reciente conferencia sobre Perl, https://perlconference.us/tpc-2020-cloud . La principal novedad, sobre la que ya tuiteé en aquellas fechas, fue el anuncio de una nueva versión de Perl, en concreto Perl7. Han pasado ya dos meses y no hay mucho más que contar, pero parece que podemos ir haciéndonos a la idea de qué significa esto.

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Hola,
tras escuchar un par de charlas en la London Perl Conference 2019 (vídeos aquí) tenía pendiente agregar una validación por integración continua a uno de nuestros repositorios en GitHub. Opté por Travis, aunque otra buena opción si empiezas de cero es https://about.gitlab.com

Para qué sirve esto? Pues para no romper nada en bases de código que ya tienen un cierto tamaño cuando haces cambios a lo largo del ...

Hola de nuevo,
el 31 de diciembre conseguí finalmente enviar a GenBank unas secuencias parciales de genes de cebada utilizadas por mi colega Ana Casas en un estudio. Éste es un paso necesario para publicar en casi cualquier revista seria, pero además es la manera de asegurar que tus secuencias van a ser útiles para otras personas en el futuro.

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Hola,
hoy quiero compartir cómo instalar el conversor latex2html, una herramienta basada en Perl ya veterana, que ha pasado por varias manos, pero que para mi ha sido muy útil. El problema es que ha pasado ya por las manos de diferentes autores y con el paso del tiempo la versión que puedes instalar en Ubuntu 19.04 ya no me funcionaba bien. Por suerte, el código está en https://github.com/latex2html/latex2html ...

Hola,
hoy solamente quiero compartir un oneliner, o perlito como los llama mi colega Pablo Vinuesa, que imprime un fichero con codificación UTF8, no ASCII, tal como la requiere pandoc al compilar la lista de bibliografía BIBTEX un documento markdown.

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Hola de nuevo,
sirva esta entrada para compartir una receta eficiente para calcular el conjunto diferencia entre dos listas o arrays en lenguaje Perl5.

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Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier ...

Hola,
tras el anuncio reciente de que la versión 5.28 de Perl5 eliminaría el operador smartmatch ~~ (ver aquí) me he encontrado un programa viejito dónde se usaba, a pesar de que ha sido experimental desde hace mucho tiempo. Con ayuda de

$ perldoc perlop


cuelgo aquí un ejemplo de cómo sustituir este operador por código estándar:

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Hi,
I just updated our good old server TFmodeller, available at http://www.ccg.unam.mx/tfmodeller,
so that it uses the current collection of 95% non-redundant protein-DNA complexes extracted from the Protein Data Bank. As of Feb 7, 2018, there are 977 such complexes, which can be downloaded.
In addition, I just wrote a Perl client so that predictions can be ordered from the terminal via a SOAP interface, producing XML output which ...