Foro - Perl en Español

por **eduardoemen** » 2017-05-18 11:36 @525

Hola, un cordial saludo a todos.

Agradecería mucho si por favor alguien puede darme una ayuda:

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Using perl Syntax Highlighting

$seq = "AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG";
 
for $r ( 0, 1, 2 ) {
    for ( my $i = $r; $i <= length($seq) - 3; $i += 3 ) {
 
        if ( substr( $seq, $i, 3 ) eq "ATG" ) {
            my $j = $i + 3;
 
            while ($j <= length($seq) - 3
                && substr( $seq, $j, 3 ) ne "TAA"
                && substr( $seq, $j, 3 ) ne "TAG"
                && substr( $seq, $j, 3 ) ne "TGA" ) {
                $j += 3;
            }
 
            if ( $j <= length($seq) - 3 ) {
 
                my $len = $j + 2 - $i + 1;
                if ( $len >= 30 ) {
                    print substr( $seq, $i, $j + 2 - $i + 1 ) . "\n";
                }
            }
        }
    }
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Este primer ejemplo funciona bien, pero al hacerlo con el reverso de la cadena:

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Using perl Syntax Highlighting

$seq = "AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG";
$rev = reverse $seq;
 
for $r ( 0, 1, 2 ) {
    for ( my $i = $r; $i <= length($rev) - 3; $i += 3 ) {
 
        if ( substr( $rev, $i, 3 ) eq "ATG" ) {
 
            my $j = $i + 3;
 
            while (
                $j <= length($rev) - 3
 
                && substr( $rev, $j, 3 ) ne "TAA"
                && substr( $rev, $j, 3 ) ne "TAG"
                && substr( $rev, $j, 3 ) ne "TGA"
                ) {
                $j += 3;
            }
 
            if ( $j <= length($rev) - 3 ) {
 
                my $len = $j + 2 - $i + 1;
 
                if ( $len >= 30 ) {
                    print substr( $rev, $i, $j + 2 - $i + 1 ) . "\n";
                }
            }
        }
    }
}
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

No comprendo qué pasa con $j+=3 ya que luego if ($j <= length ($rev)-3) no evalúa nada, no hay salida.

Si cambio a if ($j > length ($rev)-3) en cambio sí evalúa y continúa las instrucciones, pero si $j lleva el valor de 12 o 90 que es menor de length ($rev)-3 no entiendo por qué no hay salida. Digo lo de $j+=3 porque hice una prueba con un solo bucle for() (el interior), sin while() y sin asignar $j+=3; y sí continúa evaluando if ($j <= length ($rev)-3) cambiando J por i.

Espero me haya explicado con claridad. De antemano, gracias por si alguien me ayuda, un saludo a todos.

Pues como siempre tienes toda la razón, gracias por tu tiempo y disculpa la tontería pero es que esa misma secuencia según un ejemplo de Rosalind (http://rosalind.info/problems/orf/) da 4 proteínas, yo obtengo las 2 últimas con la secuencia normal y supuse que las 2 primeras provienen de la cadena reversa, seguro hay algo que se me escapa porque no creo que ellos estén equivocados. Un saludo.

por **eduardoemen** » 2017-05-19 09:12 @425

Que lo he comprobado con el ORFfinder del NCBI y la secuencia del dataset de Rosalind sólo tiene 2 marcos de lectura de 30 o más nucleótidos por lo que sólo produce 2 proteínas, sólo por comentarlo. Un saludo.

por **explorer** » 2017-05-22 19:23 @849

Esta es otra versión, usando expresiones regulares.

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/env perl
use v5.14;
 
my $seq = "AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG";
 
say "Analizando al derecho\n$seq";
analizar($seq);
 
$seq = reverse $seq;
say "Analizando al revés\n$seq";
analizar($seq);
 
sub analizar {
    my $seq = shift;
 
    while ( $seq =~ m/(ATG(?:.{3})*?(?:TAA|TAG|TGA))/g) {
 
        my $posicion = pos($seq) - length($1);
 
        if ( length $1 >= 30) {
            say "[$posicion;", pos($seq) - 1 - 2, "] ", $1;
        }
        pos($seq) = $posicion + 1;              # reposicionamos la búsqueda un carácter más allá del inicio de lo encontrado
    }
}
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