Foro - Perl en Español

por **Hamtaro** » 2015-12-23 11:41 @528

Hola, gente. Estoy aprendiendo bioinformática con Perl.

Estoy haciendo un programa en Python pero mi profesor me lo pide en Perl y todavía no lo domino mucho. ¿Alguien me podría ayudar?

Aquí tenéis el código: https://gist.github.com/anonymous/5138c61c41fb985c7837

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Using python Syntax Highlighting

sequence = 'TAAAGACTGCCGAGAGGCCAACACGAGTGCTAGAACGAGGGGCGTAAACGCGGGTCCGAT'
 
def skew(sequence):
        c = 0
        g = 0
        min_skew = 0
        skew_list = []
        index = 0
        for i in sequence:
                index += 1
                if i == 'C':
                        c += 1
                if i == 'G':
                        g += 1
                skew = g-c
                if skew < min_skew:
                        skew_list = [index]
                        min_skew = skew
                if skew == min_skew and index not in skew_list:
                        skew_list.append(index) 
        print(skew_list)
        
#with open('data.txt', 'r') as in_file:
        #sequence = in_file.readline()  
        #skew(sequence)
skew(sequence)
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

#!/usr/bin/env perl
use v5.22;
use feature 'signatures';
no warnings "experimental::signatures";
no strict;
 
my $sequence = 'TAAAGACTGCCGAGAGGCCAACACGCCAGCTAGAACGAGGGGCGTAAACGCGGGTCCGAT';
 
sub skew($sequence) {
    $c = 0;
    $g = 0;
    $min_skew = 0;
    %skew_list;
    $index = 0;
    for $i (split //, $sequence) {
        $index++;
        $c++ if $i eq 'C';
        $g++ if $i eq 'G';
        $skew = $g - $c;
        if ($skew < $min_skew) {
            %skew_list = ( $index => 1 );
            $min_skew = $skew;
        }
        if ($skew == $min_skew) {
            $skew_list{$index} = 1;
        }
    }
    say join ', ', sort {$a <=> $b} keys %skew_list;
}
 
skew($sequence);
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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