Foro - Perl en Español

por **wampaier** » 2008-09-02 11:07 @505

Tengo este archivo de 2 columnas...

Código: Seleccionar todo: contig00003 FBO8G5401CWQ5N contig00003 FBO8G5402F3NCU contig00003 FBO8G5402GCMD8 contig00003 FBO8G5402FFLIP contig00003 ALB_18F12_F_ab1 contig00003 ALBSCV_03C08_F_ab1 contig00003 FA8IC4H02DS8JW contig00003 FBO8G5402HGKUR contig00003 FBO8G5402FI9DB contig00002 ALSINT_04P11_R_ab1 contig00002 ALSINT_04E24_R1_ab1 contig00002 ALSINT_04I22_R_ab1 contig00002 ALSINT_04I22_R1_ab1 contig00002 ALSINT_05H03_R_ab1 contig00002 ALSINT_01O23_R_ab1

Lo que quiero es que me imprima la columna 1 (contig00003) y que me vaya contando de la columna 2 cuántas veces aparece F.* y me lo imprima y cuántas veces aparece ALB.* y también me lo imprima... y así sucesivamente con el contig00002 si alguien me puede ayudar...

Gracias

wampaier escribiste:
Código: Seleccionar todo
contig00003 FBO8G5401CWQ5N contig00003 FBO8G5402F3NCU contig00003 FBO8G5402GCMD8 contig00003 FBO8G5402FFLIP contig00003 ALB_18F12_F_ab1 contig00003 ALBSCV_03C08_F_ab1 contig00003 FA8IC4H02DS8JW contig00003 FBO8G5402HGKUR contig00003 FBO8G5402FI9DB contig00002 ALSINT_04P11_R_ab1 contig00002 ALSINT_04E24_R1_ab1 contig00002 ALSINT_04I22_R_ab1 contig00002 ALSINT_04I22_R1_ab1 contig00002 ALSINT_05H03_R_ab1 contig00002 ALSINT_01O23_R_ab1

Lo que quiero es que me imprima la columna 1 (contig00003) y que me vaya contando de la columna 2 cuántas veces aparece F.* y me lo imprima y cuántas veces aparece ALB.* y también me lo imprima... y así sucesivamente con el contig00002 si alguien me puede ayudar...

Pero... ¿qué regla tenemos que adoptar para seleccionar las primeras letras de la segunda columna?

En cuanto a la forma de contar las repeticiones, lo más cómodo es usar hash.

por **wampaier** » 2008-09-02 16:07 @713

Mira, por ejemplo, quiero que me de el nombre de la columna 1.

Ejemplo de salida:

Código: Seleccionar todo: contig00003 total de F.* = X total de AL.* = X contig00002 total de F.* = X total de AL.* = X

y así sucesivamente.... ya me da el número total de cada uno pero la instrucción que me falta es cómo poder comparar el contig. Mira, este es el código que tengo:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl 

open(my$fh,$ARGV[0])||die"Error al abrir el archivo\n";



my@lines=<$fh>;
close(FILE);

$count_of_F=0;
$count_of_AL=0;


foreachmy$line(@lines){

$col1=
my($col1,$col2)=split(" ",$line);
if($col1eq XXXXXX){## Aquí me falta poner la comparación

if($col2=~/(^FB|FA)/){
++$count_of_F;
}
if($col2=~/(^ALB|ALS)/){
++$count_of_AL;
}
}
print"Total de F.* = $count_of_F\n";
print"Total de AL.* = $count_of_AL\n";

}Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2008-09-02 17:18 @763

Esta es mi solución... con los hash se ahorra mucho código...

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

##  Estadísticas
my%estadisticas;

while(<DATA>){
my($clave1,$clave2)=split;

$estadisticas{$clave1}{substr$clave2, 0, 1}++;## Solo contamos con la primera letra de la $clave2
}

## Salida de los resultados
formy$clave1(sortkeys%estadisticas){
my$clave=$clave1;

formy$clave2(sortkeys%{$estadisticas{$clave1}}){
printf"%-11s Total de %s = %d\n",$clave,$clave2,$estadisticas{$clave1}{$clave2};

$clave='';## Truco para pintar
}
}

__DATA__

contig00003   FBO8G5401CWQ5N

contig00003   FBO8G5402F3NCU

contig00003   FBO8G5402GCMD8

contig00003   FBO8G5402FFLIP

contig00003   ALB_18F12_F_ab1

contig00003   ALBSCV_03C08_F_ab1

contig00003   FA8IC4H02DS8JW

contig00003   FBO8G5402HGKUR

contig00003   FBO8G5402FI9DB

contig00002   ALSINT_04P11_R_ab1

contig00002   ALSINT_04E24_R1_ab1

contig00002   ALSINT_04I22_R_ab1

contig00002   ALSINT_04I22_R1_ab1

contig00002   ALSINT_05H03_R_ab1

contig00002   ALSINT_01O23_R_ab1Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Sale:

Código: Seleccionar todo: contig00002 Total de A = 6 contig00003 Total de A = 2 Total de F = 7

por **wampaier** » 2008-09-03 08:38 @401

ok ok... sí... la verdad es que funciona mejor... tenías razón... mucho más sencillo con los hash...

Saludos

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