Se trata de la
Marca de orden de bytes (BOM, Byte Order Mark), que suele aparecer en algunos documentos codificados en UTF-8.
En cuanto a los finales de línea, quizás estés viendo los finales propios de Windows (\r\n) que son distintos de los de Unix/Linux (\n) y a su vez, distinto de los de Mac (\r).
Por eso solían ser útiles las transmisiones ascii con FTP, porque se encargaban de hacer esa transformación de los finales de línea.
Lo que pasa es que hoy en día, los ficheros de "texto" suelen tener caracteres codificados de muchas formas, por lo que pueden confundirse con los caracteres de final de línea. Por eso hoy se transmite todo en binario. Y por eso la mayoría de los editores de textos y programas tienen una opción para elegir los caracteres de final de línea.
Revisa la configuración de tu Optiperl, para que trabaje con la correspondiente a tu servidor, no a la del ordenador donde estás trabajando.