Me explico:
Tengo instalado clustalw en el sistema, el cual puedo invocar desde la linea de comandos con un solo
$ clustalw y que he utilizado para cambiar el tipo formato de un archivo, de fichero.pir crear fichero.msf.
Deseo tener un
script en Perl para automatizar este mismo cambio de formato de una carpeta con miles de archivos .pir. El problema es que no sé como abordarlo: dentro de clustalw, para generar un fichero .msf tengo que ir seleccionando de manera interactiva con clustalw las opciones que realizan la tarea de cambio de formato.
Por ejemplo, clustalw me pide:
- Código: Seleccionar todo
your choice:
y tecleo el número 1 y un
enter, pues en el menú que se despliega también éste corresponde a la opción que permite acceder a cambio de formato. En seguida me aparece
- Código: Seleccionar todo
name of file:
y tecleo el nombre del archivo que deseo formatear más un
enter. En otro punto me aparece
- Código: Seleccionar todo
your choice
y tecleo 4 más un
enter, pues éste corresponde dentro del menú desplegado a la opción de formato .msf.
En otro punto
- Código: Seleccionar todo
enter name of new file:
y tecleo el nombre que deseo ponerle al archivo que generará en formatdo .msf, que por cierto será el mismo que el original, es decir, fichero.msf.
En otros puntos del proceso tengo que dar unos
enter o teclear números que representan, nuevamente, opciones.
No sé si me dí a entender, pero esa es la tarea básicamente.
Gracias.
P.