Foro - Perl en Español

por **ZEROWARRIOR** » 2009-06-26 10:57 @498

Saludos a todos,

Esta es mi primera participación en un foro. Soy nuevo en el manejo de Perl, y tengo esta situación:
tengo un archivo CGI en el cual recibo por POST un texto correspondiente a un archivo .mol (donde se encuentran datos de moléculas) como este:

Código: Seleccionar todo: MOLECULE=353;CONFORMATION=0; 21 23 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000 -0.3756 0.2209 0.0342 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.3188 -1.2033 0.0172 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.9787 0.6665 0.0040 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.8320 -0.4359 -0.0305 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.0045 -1.6117 -0.0219 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.1134 -3.4204 0.0139 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -1.3746 -2.1217 0.0349 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.2594 -2.9866 -0.0436 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.2219 -0.2450 -0.0645 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.4506 1.9857 0.0065 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.1723 -3.8486 -0.0245 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.7055 1.0571 -0.0625 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.8264 2.1643 -0.0272 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.2285 3.1442 -0.0266 H 0 0 0 0 0 0 4.7503 1.2281 -0.0877 H 0 0 0 0 0 0 0.3310 -4.8956 -0.0401 H 0 0 0 0 0 0 0.7822 2.8067 0.0330 H 0 0 0 0 0 0 3.8818 -1.0729 -0.0909 H 0 0 0 0 0 0 2.2519 -3.3549 -0.0737 H 0 0 0 0 0 0 -2.3807 -1.7920 0.0649 H 0 0 0 0 0 0 -1.2234 0.8096 0.0630 H 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 0 0 0 3 1 1 0 0 0 0 4 3 2 0 0 0 0 5 2 2 0 0 0 0 6 7 2 0 0 0 0 7 2 1 0 0 0 0 8 5 1 0 0 0 0 9 4 1 0 0 0 0 10 3 1 0 0 0 0 11 8 2 0 0 0 0 12 13 1 0 0 0 0 13 10 2 0 0 0 0 5 4 1 0 0 0 0 9 12 2 0 0 0 0 6 11 1 0 0 0 0 13 14 1 0 0 0 12 15 1 0 0 0 11 16 1 0 0 0 10 17 1 0 0 0 9 18 1 0 0 0 8 19 1 0 0 0 7 20 1 0 0 0 1 21 1 0 0 0 M END > <rn> 244-63-3 > <MAB_ENERGIES> 33.57 0.75 29.77 1.54 1.51 2.12 -2.12 0.00

y necesito extraer de allí las columnas correspondientes a las coordenadas X, Y y Z de los átomos que conforman la molécula, junto con el símbolo, o sea, algo así:

Código: Seleccionar todo: -0.3756 0.2209 0.0342 N -0.3188 -1.2033 0.0172 C 0.9787 0.6665 0.0040 C 1.8320 -0.4359 -0.0305 C 1.0045 -1.6117 -0.0219 C -1.1134 -3.4204 0.0139 N -1.3746 -2.1217 0.0349 C 1.2594 -2.9866 -0.0436 C 3.2219 -0.2450 -0.0645 C 1.4506 1.9857 0.0065 C 0.1723 -3.8486 -0.0245 C 3.7055 1.0571 -0.0625 C 2.8264 2.1643 -0.0272 C 3.2285 3.1442 -0.0266 H 4.7503 1.2281 -0.0877 H 0.3310 -4.8956 -0.0401 H 0.7822 2.8067 0.0330 H 3.8818 -1.0729 -0.0909 H 2.2519 -3.3549 -0.0737 H -2.3807 -1.7920 0.0649 H -1.2234 0.8096 0.0630 H

No tengo ni la menor idea de cómo hacerlo. Sin embargo he leído acerca de la potencia de Perl en el manejo de textos y de que se pueden usar expresiones regulares para esto.

Agradezco cualquier ayuda que me puedan brindar.

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

my$mol='MOLECULE=353;CONFORMATION=0;

 21 23  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000

   -0.3756    0.2209    0.0342 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -0.3188   -1.2033    0.0172 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    0.9787    0.6665    0.0040 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.8320   -0.4359   -0.0305 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.0045   -1.6117   -0.0219 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -1.1134   -3.4204    0.0139 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

   -1.3746   -2.1217    0.0349 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.2594   -2.9866   -0.0436 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.2219   -0.2450   -0.0645 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    1.4506    1.9857    0.0065 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    0.1723   -3.8486   -0.0245 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.7055    1.0571   -0.0625 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    2.8264    2.1643   -0.0272 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0

    3.2285    3.1442   -0.0266 H   0  0  0  0  0  0

    4.7503    1.2281   -0.0877 H   0  0  0  0  0  0

    0.3310   -4.8956   -0.0401 H   0  0  0  0  0  0

    0.7822    2.8067    0.0330 H   0  0  0  0  0  0

    3.8818   -1.0729   -0.0909 H   0  0  0  0  0  0

    2.2519   -3.3549   -0.0737 H   0  0  0  0  0  0

   -2.3807   -1.7920    0.0649 H   0  0  0  0  0  0

   -1.2234    0.8096    0.0630 H   0  0  0  0  0  0

  2  1  1  0  0  0  0

  3  1  1  0  0  0  0

  4  3  2  0  0  0  0

  5  2  2  0  0  0  0

  6  7  2  0  0  0  0

  7  2  1  0  0  0  0

  8  5  1  0  0  0  0

  9  4  1  0  0  0  0

 10  3  1  0  0  0  0

 11  8  2  0  0  0  0

 12 13  1  0  0  0  0

 13 10  2  0  0  0  0

  5  4  1  0  0  0  0

  9 12  2  0  0  0  0

  6 11  1  0  0  0  0

 13 14  1  0  0  0

 12 15  1  0  0  0

 11 16  1  0  0  0

 10 17  1  0  0  0

  9 18  1  0  0  0

  8 19  1  0  0  0

  7 20  1  0  0  0

  1 21  1  0  0  0

M  END

>  <rn>

244-63-3

>  <MAB_ENERGIES>

 33.57 0.75 29.77 1.54 1.51 2.12 -2.12 0.00';

formy$linea(split"\n",$mol){
my@columnas=split" ",$linea;

if($columnas[3]and$columnas[3]=~/^[NCH]$/){
printjoin("\t",@columnas[0..3]),"\n";
}
}

__END__Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Lo que hacemos es:

Si hemos recibido todo el fichero en una variable escalar, con el primer split() conseguimos hacer un bucle por cada $línea
Por cada $linea, sacamos sus posibles @columnas, que están separadas por caracteres en blanco
Si la cuarta columna ($columnas[3]) existe Y, además, es una sola letra de las conocidas ([NHC]), entonces:
Sacamos por pantalla las 4 primeras columnas, separadas por un carácter tabulador (por ejemplo).

Sale:

Código: Seleccionar todo: -0.3756 0.2209 0.0342 N -0.3188 -1.2033 0.0172 C 0.9787 0.6665 0.0040 C 1.8320 -0.4359 -0.0305 C 1.0045 -1.6117 -0.0219 C -1.1134 -3.4204 0.0139 N -1.3746 -2.1217 0.0349 C 1.2594 -2.9866 -0.0436 C 3.2219 -0.2450 -0.0645 C 1.4506 1.9857 0.0065 C 0.1723 -3.8486 -0.0245 C 3.7055 1.0571 -0.0625 C 2.8264 2.1643 -0.0272 C 3.2285 3.1442 -0.0266 H 4.7503 1.2281 -0.0877 H 0.3310 -4.8956 -0.0401 H 0.7822 2.8067 0.0330 H 3.8818 -1.0729 -0.0909 H 2.2519 -3.3549 -0.0737 H -2.3807 -1.7920 0.0649 H -1.2234 0.8096 0.0630 H

por **netsoul** » 2009-06-26 13:20 @597

A mí también me funcionó este

:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;

open A,"<molecula.mol";

while(<A>){
if(/^(\s.+\d.[NCH])/){
print"$1\n";
};
}
close A;Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Salida:

Código: Seleccionar todo: -0.3756 0.2209 0.0342 N -0.3188 -1.2033 0.0172 C 0.9787 0.6665 0.0040 C 1.8320 -0.4359 -0.0305 C 1.0045 -1.6117 -0.0219 C -1.1134 -3.4204 0.0139 N -1.3746 -2.1217 0.0349 C 1.2594 -2.9866 -0.0436 C 3.2219 -0.2450 -0.0645 C 1.4506 1.9857 0.0065 C 0.1723 -3.8486 -0.0245 C 3.7055 1.0571 -0.0625 C 2.8264 2.1643 -0.0272 C 3.2285 3.1442 -0.0266 H 4.7503 1.2281 -0.0877 H 0.3310 -4.8956 -0.0401 H 0.7822 2.8067 0.0330 H 3.8818 -1.0729 -0.0909 H 2.2519 -3.3549 -0.0737 H -2.3807 -1.7920 0.0649 H -1.2234 0.8096 0.0630 H

Pero aún creo que falta mejorarlo. :lol:

por **ZEROWARRIOR** » 2009-07-07 09:38 @443

Muchas gracias por su ayuda, parece ser exactamente lo que necesito.

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Extracción de datos de una variable

Extracción de datos de una variable

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Re: Extracción de datos de una variable

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