Foro - Perl en Español

por **principiante** » 2009-08-18 03:41 @195

Necesito hacer un programa que a partir de una secuencia de letras, la separe en tripletes (grupo de 3 letras) e indique el número de veces que aparece cada triplete a lo largo de la secuencia.

He escrito el siguiente código:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

$sec = 'CGACGATCTTCGTACGGGACTAGCTCGTGTCGGTCGC'; 
 
   for($i=0; $i < (length($sec) - 2) ; $i += 3) {
      $tres = substr($sec,$i,3);
    
      # Contamos los tripletes                 
      $contador = 0;
      $contador++ while $sec =~ /$tres/g;
       
   
      # Declaramos un hash en el cual las claves son los tripletes y el 
      # valor asociado las veces que aparecen
      %hash = (
      $tres => $contador,
      );
      print "$tres => $hash{$tres}";
     
    }
Coloreado en 0.006 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Con este programa obtengo lo siguiente:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

CGA => 2 

CGA => 2 

TCT => 1 

TCG => 4 

TAC => 1 

GGG => 1 

ACT => 1 

AGC => 1 

TCG => 4 

TGT => 1 

CGG => 2 

TCG => 4 Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

El problema es que obtengo los tripletes repetidos ¿Cómo podría solucionarlo para que la salida fuera:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

CGA => 2

TCT => 1

TCG => 4

TAC => 1

GGG => 1

ACT => 1

AGC => 1

TGT => 1

CGG => 2Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Tienes todas las cosas, pero desordenadas.

Te salen repetidos los tripletes porque no estás usando la facilidad de memoria del diccionario (hash): simplemente, estás imprimiendo todos los que encuentras, porque el print() está dentro del bucle de localización.

Debes primero hacer la estadística y luego sacar los resultados:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
my $sec = 'CGACGATCTTCGTACGGGACTAGCTCGTGTCGGTCGC';
 
# Declaramos un hash en el cual las claves son los tripletes y el
# valor asociado las veces que aparecen
my %hash;
my $contador = 0;
 
for (my $i=0; $i < length($sec); $i += 3) {
    my $triplete = substr($sec, $i, 3);
 
    last if 3 != length $triplete;  # si estamos al final, no obtendremos un triplete completo,
                                    # así que terminamos el bucle
 
    # Contamos los tripletes
    $hash{$triplete}++;
}
 
# salida de los datos
for my $triplete (sort keys %hash) {
    print "$triplete => $hash{$triplete}\n";
}
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

sale:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

ACT => 1

AGC => 1

CGA => 2

CGG => 1

GGG => 1

TAC => 1

TCG => 3

TCT => 1

TGT => 1Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2009-08-18 04:51 @243

Ahora me surge una duda...

En mi programa yo recorro los tripletes y cuento las veces que aparecen. Pero en el tuyo, lo que haces es, por cada triplete, ver cuántas veces aparece a lo largo de la secuencia sin tener en cuanta si el triplete encontrado está dentro de las posiciones múltiplo de 3.

Es decir... que recorres la secuencia sacando tripletes, y por cada uno, busca ese triplete a lo largo de la misma secuencia pero sin tener en cuenta la posición.

Esta forma de proceder es distinta de la presentada por mí. Deberás decidir cuál es la correcta: si considerar la secuencia como una ristra continua de nucleótidos o como una ristra de tripletes.

El ejemplo lo tienes con el triplete TCG: en mi solución salen 3 veces, pero en tu pregunta solicitas que salgan 4 veces (el triplete aparece una vez más en posición no múltiplo de 3).

por **principiante** » 2009-08-18 05:13 @259

No me había percatado de eso. Pero la solución a lo que busco es la obtenida por tu programa. Muchas gracias.

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