Foro - Perl en Español

por **Alfumao** » 2009-12-12 08:20 @389

Hola de nuevo Explorer,

Hice los cambios que me dijiste y lo probé de nuevo (perdona por las tildes, no las suelo poner y no sabía que era necesario en el foro), pero sigo sin conseguir que funcione (el archivo de salida sigue estando vacío, ¿será problema de donde está colocada la orden " print SALIDA ">$nombre\n$secuencia" " .

Al hilo de esto tengo una pregunta:
No puedo ver los mensajes de error del programa porque la ventana de ejecución solamente es un "destello", es decir, que no se queda abierta más que unos instantes o mientras corre un programa (no puedo leer los mensajes de error).
Mi Perl está instalado en la carpeta: "C:/perl/bin/perl.exe" (uso windows), ¿será problema de encabezamiento de los programas o es que el Windows XP/VISTA no corren bien Perl?

Un cordial saludo.

A ver...

Las tildes no son importantes para este foro, sino para Google. Así, más perleros se pasarán por aquí.

Acabo de bajarme los dos ficheros, el seq.txt y el FASTA.txt, y los he dejado en el mismo directorio donde está el programa. Luego, el programa, he modificado la línea 24 según la última indicación, a

if ($linea =~ /^>(\d+)/) { # Comienzo de una secuencia nueva

Como, además, yo estoy en Linux, estoy obligado a que los nombres de los ficheros se distingan según estén en mayúsculas o no, por lo que también he editado la línea 20 y dejarla en

open FASTA, '<FASTA.txt' or die "ERROR: $!\n";

(vamos, poner en mayúscula el nombre del fichero).

He ejecutado el programa y ha generado un fichero salida.txt con este contenido:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>23766

KWRGKLVKRKYAFGEKDVPKGESQWFKVVYGFDEPQLPSNISSPNISRVFGTNTTAFELLVLKRKIMGPC

WLQVKEPKLEHKGVSWCKVEATVSNPKDINPFAETDQQAPRGTPPLTVVSLSLRTIVNHKENNREIVCAT

ARICNAVDLDDPTPPEALPCMVRTFVRPLDRFPSNFEVRAAKNGKGVISPQKNERMLLNNLLVTIHKADP

DAIVGHEVLGVSLDVLLHRMRDLKADHWSRIGRFRRSKWPNIGRQGTNLKFMNGRLLCDLASDSAKGMIS

STTWSLTEMCKTHLKSDRQDIDPDDTASYFDSSVSSPDRLLTFVRHCELDAHYQMALAAKVQILPLTRQL

TNLAGNSWNKTLNGGRAERNEYILLHEFHRLKYICPDKLWGKKAATAEKEAHDDDAEGGKVTKSKKDKYK

GGLVFEPKRGLWDKYILVMDFNSLYPSIIQEYNIDFTTVDRAEDEVRADGEEAIPEPPSPGVGQGVLPRL

IATLVNRRRQVKSLMKDRKATQAQLLQWDIKQMALKLTANSMYGCLGFEYSRFYARPLAALTTFKGREI

>27952

LNTFHYAGVSSKNVTLGVPRLKEIINVATNIKTPSLSVYLEPEIAKDKILANSVQQELAYTSLRTVTAAV

EIWYDPEPTSTIIEEDSIFVESFFAIPDDEVEQKLHLQSPWLLRLELDRAKMIDRKLTMSYVAGRIAESF

KTDLFVIWSEDNSEKLIIRCRVLGGADKDEDGMETVEEDIFLRQLENTMLNSISLRGVPGIQRVFLLEHD

KVVVTEEGSIKAHQEKEWVLETDGVNLKTVMCVEGVNFKRTYSNSCVEIFNV

>96101

MADEGPLAPNQFTFAALFRGLSWRRATSGGPEAQAAMCARNASDVKLLWRQMLKIAEKNPQFEFDSHLIT

PAISALASGSPSDQLFAFDIVRDYLGLTKPGETPQPPRVQLSTHLLGEVLYLCNSSQKYRLGVHFFRQVV

DHPDNRAIITHRHVETVIKLFAGMSMMGSDEASAQALETLEWLLQEEASARNAGDLRPTITTFSLVLNVC

WRNGDWASATRTFELMTGYNPDDFADGSRVKEPEMQKRSPGRNIKLDTPAMAHIAHTALASQELANMRQC

LRIIDHIGAERLLHRPKALVDQSRSSQFMNDLEYYLAKLAKDLMEIVDEVVAKEPEMCSEEERERWKKIK

SQAKECRRYARPTRTPHTEESPLGSQRGLDATASAVDQEFSVRRTLRPSRLCMVHAYLVRRFHVTVKYPS

NLQSSTLGTHATDIGRSCISDTGRSPEMGLENAGDGGTNASSETAIDTGWYAPPGESPLIRPTVDMVFIG

IGATRPGALRARVLPRALRRKKYTAPATTSRISTSALNAMSASTAGIKLLTRSRDVMTSLESATVVEPEP

EVVVLAALGLVGIDQGEEFDVWVAHLARRVVVAKVIDGVNGTQDVVADQPVTIRMFCDHTFCKARSTYNS

PPPTETDWGINVPTQVDESLTKASDNDGIPKLQGDVDFGITGHNPLP*Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Si dices que ves un "destello" es que no estás ejecutando bien el programa. Lo estás ejecutando con un doble clic sobre el icono que representa el código fuente. Eso sólo lo debes hacer cuando sepas que el programa funciona bien.

Mientras tanto, lo que tienes que hacer es abrir una ventana de línea de comandos de MSDOS (Inicio->Ejecutar->cmd.exe, por ejemplo), colocarte en el directorio donde está el código fuente (con el comando cd), y ejecutarlo como si fuera un script bat (de forma directa). Si el Windows dice que no sabe qué es lo que quieres hacer, entonces pones "perl" delante del nombre del programa. Algo así:

C:\Tesis\Perl\prueba1> perl programa.pl

Y no te preocupes por Perl en Windows... hay centenares de miles de personas en todo el mundo que ejecutan programas Perl en Windows XP/Vista todos los días a todas horas y no tienen ningún problema.

por **Alfumao** » 2009-12-12 13:43 @613

Eres grande Explorer,

No solo por ser un programador muy eficiente, sino por tu paciencia y dedicación para con todos los que intentamos aprender este lenguaje tan interesante que es el Perl.

No era fallo de tu código, sino de mi lista, que por alguna razón (mea culpa) tenía mal copiados los números identificadores de las secuencias.

Lo dicho, muchas gracias, espero poder modificar un poco el programa para hacerlo más interactivo y lo postearé en este mismo hilo para que otras personas puedan usarlo también.

Un saludo y mi admiración más profunda para Explorer

Álvaro

por **Alfumao** » 2013-05-13 05:46 @282

Hola explorer,

Me acaba de saltar un error que nunca había aparecido con este código:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

Use of uninitialized value $nombre_secuencia in hash element at explorer_sequences.pl line 40, <FASTA> line1

###el mensaje anterior se repite por cada línea del archivo que lee el programa###

(W uninitialized) An undefined value was used as if it were already

    defined.  It was interpreted as a "" or a 0, but maybe it was a mistake.

    To suppress this warning assign a defined value to your variables.

    To help you figure out what was undefined, perl will try to tell you

    the name of the variable (if any) that was undefined.  In some cases

    it cannot do this, so it also tells you what operation you used the

    undefined value in.  Note, however, that perl optimizes your program

    anid the operation displayed in the warning may not necessarily appear

    literally in your program.  For example, "that $foo" is usually

    optimized into "that " . $foo, and the warning will refer to the

    concatenation (.) operator, even though there is no . in

    your program.Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

El script es este (me lo pasaste hace ya más de 4 años y siempre funcionó correctamente...)

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
# Lectura del fichero de secuencias
my %es_interesante;
print "Enter your list name:\n";
chomp(my $entrada = <STDIN>);
open(SEQ,"$entrada") or die ("ERROR: $!\n");
while (my $linea = <SEQ>) {
    chomp $linea;
    $es_interesante{$linea} = 1; # la almacenamos en la memoria asociativa
}
close SEQ;
 
# Lectura del fichero FASTA
my $nombre_secuencia; # Guarda el nombre de cada secuencia
my $secuencia = ''; # Contenido de la secuencia interesante
 
open  SALIDA,'>secuencias.txt' or die "ERROR: $!\n";
print "Enter your genome fasta name:\n";
my $genome = <STDIN>;
open(FASTA,"<$genome") or die ("ERROR: $!\n");
 
 
while (my $linea = <FASTA>) {
 
    if ($linea =~ /^>(\w+)/) { # Comienzo de una secuencia nueva
 
        if ($secuencia) { # Si tenemos una ya leída...
            procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia);  # la procesamos
        }
 
        $nombre_secuencia = $1;  # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
        $secuencia = ''; # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
 
        next; # pasamos a la siguiente línea
    }
 
    if ($es_interesante{$nombre_secuencia}) { # Si estamos en una secuencia interesante
        $secuencia .= $linea; # la guardamos
    }
}
 
close FASTA;
close SALIDA;
 
if ($secuencia) { # Si aún queda alguna $secuencia por sacar
    procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia); # la procesamos
}
 
sub procesar_secuencia {
    my ($nombre, $secuencia) = @_;
        foreach $nombre (sort keys %es_interesante) {
#print "$nombre => $secuencia\n";
    print SALIDA ">$nombre\n$secuencia";
}
}
_END_
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

A ver si encontramos cuál puede ser el error... Yo ya estoy empezando a ver chiribitas, ¡ja,ja,ja,ja!

:wink:

por **explorer** » 2013-05-13 05:50 @285

Seguramente el archivo FASTA no comienza por una línea de cabecera '>....'.

por **Alfumao** » 2013-05-13 07:11 @341

Este es un trozo del FASTA:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Cryvi1_75

MSSRRSERPRKRPTPIDAHYDSTSVTTASVQPRSTSSAAASSSKLTLGTDGVVKEGDVGTLAAGREKARA

KGKARVRGKRRVEEEEGEVRNAEVMESEADGHLDEEPERGGSADRTKSEEGEEDEEDPVWQEFSQEYYEV

VEQLPLEIHRNFALLHELDDQTQRQTGQLLELIRRYVARRLPSPVPEELGVPLPVIQAPQAVVRSPRPKE

ENGQEGTKTVVPEEGAETVETREEERTALLAGEGVEVEGFGGSPSRNGQAAADEVTMTQPDSGTPGEAQD

TEMQDTATDVVVPTNTLDVNAHSPGAQAPPADAQTPTISGEAHDSSNPSALNHQPPQLSSARSTSAQRIE

TLKARQTDMYAHQLVPAMASRVLLPEIGKLARDMLRSADEKVGIAIGTYNTVDRHIRSLDAALQAQQAAL

NLGIRQDTLPSKAVTGSTTTAEQEPSSLTLQVGAKADARSTMIPPAVDGGKDTAGERRVGKNWRKGLKGV

PGDSRRRAPDALDVGLSTMRGAEPGKVVGEPTPIVLGYMAAHNFDLAIDPNEPRYCFCQNVSYGEMVGCE

NLDCPNGGWFHLGCLGMSSAPQGKWWCDQCKPKDQASGQKRKKRKIKF

>Cryvi1_342149

MSGNYALNHPNNNPPKMLMFSVFKTLTEQVVTVELKNDLCLMGTLKSVDQFLNIRLDNIQVSDPERFPHM

MSVKNCFIRGSVVRYVQIPRTAVDTTLLEDATRREAQEGKK

>Cryvi1_322066

MPLAALKNAYDETLLENTATLVQVESALRNVTWFLPGRFQDAELASEGVYSVLSLVSLYHDSIISRRLKQ

VQRLPASPFARKQPTKETDVPATTTTFPDDPLTTGESDLGQVLPLPSDHARYTEHFSRSSGVYRTASRAL

VVLGYVQLLLEMIVVRGRGKGRHEDREGGRWKRWKVLLWLEAVKTALRLSLLATTKRPVLAFPLPQREID

PSILAQPTDESPVSTEPSTTTIPRLVTAFPSNAPAHAYLTPLLPRLPEAYQPDPESLLPRLQGWREWLGE

TMNASEGLVVVTVYTWLAAQRRKEGSPGSGMMYLARSSRWTSTLPVLWVLLARLLRRKAGSSINPMAQLA

SLGQPAPRNEGKITPLLAETYAARDRALVFHLVRGAIWQRWTRDKVMRLVRGLDRVWGVRLVAGIVRDHV

DLVDEYYYYTAT

>Cryvi1_302215

MSNFNNSSNGLTDLGLGAPIGGGSHTSSLTQGQNFNTLSTSAGAPIGTGLSGGSHDHHHVHDSNCGHSRE

EDRHIHDANCGHSREEDRHIHDANCGHSYDDNRHSSMTGNFGGDTRNTTSGDQGLGRGHGGTTAFEADPS

KVGEGHRSVGERAGERLTGRDASSSTGHHDQSRSGLTSGSGLSSGAGSHSHHGAGVASAGMAATAGAVGL

TGREATQMDADGVIADSVTGQVHFVESSLTGTNIGSGVGHSTSGAGLGAGAAGLGAGTGLASHGQQQGGL

TDKLRGQSTSTGQQGGPLAELKQELKDHQSGHGADHPESKGPHGLVWHNGKYVHERELSGHGSTGVPLR

>Cryvi1_274

MSTPGQESEVVIHHLNNSRSERIFWALEELNIPYEVKVYLRNPIAAPKELKQVHPLGKSPVITDHGKAIA

ESGTIIDYLIHAYNPASSHREFNLADSYWSHYSEGSLMLFLQMALVFIVSGQQAPWFVKPVITGFVNTVK

STYLVKQIQSSVDYMESELGKNPDGWFSGRSEPGAGDFMMCYPINVLVNTDRMPEIQIGPNLRKWMKAVE

ARColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Creo que ese no va a ser el error... también he mirado el final de línea y es el de Linux: "LF".
La lista además también está correcta en cuanto a saltos de línea y todo...

Eso sí, he encontrado un curioso final de línea "\par" en el Archivo FASTA...

PD. He leído algo por Internet y parece que es el salto de línea del LaTeX o algo así... :shock:

¿Cómo narices ha podido pasar algo así si yo no uso ese editor de texto?

por **explorer** » 2013-05-13 08:06 @379

El programa que has puesto tiene algunos errores. Aquí te pongo la versión corregida.

De todas maneras, lo he probado con el archivo FASTA que has mandado, y no sale el error que pusiste.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
my %es_interesante;                     # indica qué secuencias son las interesantes
 
# Lectura del fichero de secuencias
print "Enter your list name: ";
my $entrada = <STDIN>;
 
open(SEQ,"$entrada") or die ("ERROR: $!\n");
while (my $linea = <SEQ>) {
    chomp $linea;
    $es_interesante{$linea} = 1;
}
close SEQ;
 
# Lectura del fichero FASTA
my $nombre_secuencia;                   # Guarda el nombre de cada secuencia
my $secuencia = '';                     # Contenido de la secuencia
 
print "Enter your genome fasta name: ";
my $genome = <STDIN>;
 
open(FASTA,"<$genome") or die ("ERROR: $!\n");
 
print "La salida se guarda en secuencias.txt\n";
open  SALIDA,'>secuencias.txt' or die "ERROR: $!\n";
 
while (my $linea = <FASTA>) {
 
    if ($linea =~ /^>(\w+)/) {          # Comienzo de una secuencia nueva
 
        if ($secuencia) {               # Si tenemos una secuencia leída...
            procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia);          # la procesamos
        }
 
        $nombre_secuencia = $1;         # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
        $secuencia = '';                # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
        next;                           # pasamos a la siguiente línea del archivo FASTA
    }
 
    if ($es_interesante{$nombre_secuencia}) {   # Si estamos en una secuencia interesante...
        $secuencia .= $linea;                   # la guardamos
    }
}
 
if ($secuencia) {                       # Si aún queda alguna $secuencia por sacar...
    procesar_secuencia($nombre_secuencia, $secuencia);                  # la procesamos
}
 
close FASTA;
close SALIDA;
 
sub procesar_secuencia {
    my ($nombre, $secuencia) = @_;
 
    #print "$nombre => $secuencia\n";
    print SALIDA ">$nombre\n$secuencia";
}
 
__END__
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Los errores que había:

la última marca es '__END__', y no '_END_'
en procesar_secuencia() estabas imprimiendo todas las secuencias, de forma repetida, cada vez que se terminaba de leer una de ellas, por efecto del foreach()

por **Alfumao** » 2013-05-13 08:27 @394

En realidad el código me da problemas al utilizarlo como subrutina. Parece que coge bien los archivos y los abre, pero no me da resultados, mientras que si uso esa lista y el FASTA tanto con tu código de la respuesta anterior como con un CGI donde tengo implementado ese script, me funcionan... pero no veo la diferencia con la subrutina (que tampoco me da error al utilizarla...).

Aquí te la mando por si tú ves lo que yo no.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

sub SEQRET {
 
    my ( $lista, $file, $count ) = @_;
 
    my %es_interesante;
    $count++;
 
    print "lista $lista and FASTA $file and count $count\n";
 
    open( SEQ, "$lista" ) or die("ERROR: Unable to open list for SEQRET $!\n");
 
    while ( my $linea = <SEQ> ) {
        chomp $linea;
        $es_interesante{$linea} = 1;   # la almacenamos en la memoria asociativa
    }
    close SEQ;
 
    # Lectura del fichero FASTA
    my $nombre_secuencia;              # Guarda el nombre de cada secuencia
    my $secuencia = '';                # Contenido de la secuencia interesante
 
    open FASTA, '<' . "$file" or die "ERROR: Unable to open FASTA for SEQRET $!\n";
    open SALIDA, '>>' . "$file.Sequences.$count.txt" or die "ERROR: Unable to open OUTFILE $!\n";
 
    while ( my $linea = <FASTA> ) {
 
        if ( $linea =~ /^>(\w+)/ ) {   # Comienzo de una secuencia nueva
 
            if ($secuencia) {          # Si tenemos una ya leída...
                procesar_secuencia( $nombre_secuencia, $secuencia );    # la procesamos
            }
 
            $nombre_secuencia = $1;    # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
            $secuencia        = '';    # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
 
            next;                      # pasamos a la siguiente línea
        }
 
        if ( $es_interesante{$nombre_secuencia} ) {    # Si estamos en una secuencia interesante
            $secuencia .= $linea;      # la capturamos
        }
    }
 
    close FASTA;
    close SALIDA;
 
    if ($secuencia) {                  # Si aún queda alguna $secuencia por sacar
        procesar_secuencia( $nombre_secuencia, $secuencia );    # la procesamos
    }
 
    sub procesar_secuencia {
 
        my ( $nombre, $secuencia ) = @_;
        print SALIDA ">$nombre\n$secuencia";
        print ">$nombre\n$secuencia";
    }
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

El error con el que comenzó todo esto se acabó al arreglar los finales de línea, pero ahora no funciona la subrutina y no sé por qué será (seguramente al modificar cosas probando para quitar errores he hecho algo mal...)

por **explorer** » 2013-05-13 10:16 @469

Yo no veo fallos, salvo que los close() deben realizarse después de la línea 48, ya que procesar_secuencia necesita que SALIDA siga abierto.

Bueno... quizás si hay un problema: procesar_secuencia necesita de la existencia de SALIDA, pero quizás, al trabajar dentro de una subrutina, no sabe de dónde viene.

Esta es una solución más compacta y que me funciona:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
my ( $lista, $archivo, $count ) = ( 'seq.txt', 'code_34614.fasta', 0 );
 
SEQRET( $lista, $archivo, $count );
 
sub SEQRET {
    my ( $lista, $archivo, $count ) = @_;
 
    $count++;
 
    ## Variables
    my $SEQ;                           # Gestor del archivo con la lista
    my $FASTA;                         # Gestor del archivo FASTA
    my $SALIDA;                        # Gestor del archivo de salida
 
    ## Lectura de la lista de secuencias
    if ( not open $SEQ, $lista ) {                     # Si no hay listado
        warn "ERROR al leer $lista: $!\n";             # salimos con aviso de error
        return;
    }
 
    # Recordamos qué secuencias nos interesan
    my %es_interesante = map { chomp; $_ => '' } readline $SEQ;
 
    close $SEQ;
 
    ## Lectura del archivo FASTA
    if ( not open $FASTA, $archivo ) {                 # Si no podemos leer el archivo
        warn "ERROR al leer $archivo: $!\n";           # salimos con aviso de error
        return;
    }
 
    my $nombre_secuencia;              # Guarda el nombre de cada secuencia
    my $secuencia;                     # Contenido de la secuencia que vamos leyendo
 
    while ( my $linea = readline $FASTA ) {
 
        if ( $linea =~ /^>(\w+)/ or eof $FASTA ) {     # Comienzo de una secuencia nueva o fin de archivo
 
            if ($secuencia) {                          # Si teníamos una secuencia leída...
                $secuencia .= $linea if eof $FASTA;    # Agregamos la última línea en caso de fin de archivo
                $es_interesante{$nombre_secuencia}     # La guardamos
                    = $secuencia;
            }
 
            if ($1) {                                  # Si es inicio de secuencia...
                $nombre_secuencia = $1;                # Nombre de la secuencia extraída desde la exp. reg.
                $secuencia        = '';                # Reiniciamos nuestra secuencia a capturar
                next;                                  # pasamos a la siguiente línea del archivo FASTA
            }
        }
        else {
            if ( exists $es_interesante{$nombre_secuencia} ) {    # Si es de en una secuencia interesante...
                $secuencia .= $linea;                             # la guardamos
            }
        }
    }
 
    close $FASTA;
 
    ## Salida de las secuencias
    if ( not open $SALIDA, '>>' . "$archivo.Sequences.$count.txt" ) {
        warn "ERROR: No puedo escribir en [$archivo.Sequences.$count.txt]: $!\n";
        return;
    }
 
    foreach my $seq ( sort keys %es_interesante ) {    # Sacamos todas las secuencias, ordenadas alfabéticamente
        print $SALIDA '>', $seq, "\n", $es_interesante{$seq};
    }
 
    close $SALIDA;
}
 
__END__
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **Alfumao** » 2013-05-14 03:49 @200

He conseguido hacer funcionar la subrutina, el problema no estaba en ella (la saqué del programa en que estaba incluida e hice un script individual con ella, comprobando que funcionaba). El problema es que los programas anteriores no son capaces de escribir sus salidas lo bastante rápido como para que la subrutina los pueda usar como entrada, por lo que lee una lista de genes vacía y por lo tanto devuelve un FASTA vacío.

Ahora viene la siguiente pregunta, ¿hay alguna fórmula para hacer esperar un poco la ejecución de partes del código y que así a los programas anteriores les dé tiempo a escribir sus resultados...?

Creo que usaré la función sleep, a ver si consigo mi objetivo. :wink:

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