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Taller de Perl/BioPerl

Perl aplicado a la bioinformática

Taller de Perl/BioPerl

Notapor explorer » 2010-01-21 14:24 @641

«Bruno Contreras-Moreira:

Este taller recorre a lo largo de 5 sesiones algunas aplicaciones del lenguaje de programación Perl en tareas habituales de la bioinformática, apoyándose en CPAN, BioPerl y en herramientas esenciales (como UniProt), además de en recursos propios como la base de datos 3D-footprint.

Es un recorrido eminentemente práctico para estudiantes e investigadores que ya sepan programar y, aunque no sea imprescindible, interaccionar con sistemas operativos Linux. Este material se apoya en el curso de perl en bioinformática, que puede ayudar a resolver dudas de este taller.

Este material se preparó inicialmente para un curso coordinado por Miguel Pérez-Enciso en la facultad de Veterinaria de la Universitat Autònoma de Barcelona en Enero de 2010.

Puedes descargar los ejemplos del taller en un sólo archivo en este enlace.

Podéis enviarme comentarios o indicar errores en bcontreras arroba eead.csic.es»

* Página del CSIC de la referencia al documento
* Documento en formato PDF (552Kb)
* Versión HTML de este taller

Comentarios: está curioso este taller y me lo estoy leyendo. De momento, solo veo cosas que no me gustan, pero bueno, es por deformación profesional, supongo. En concreto:
* Casi todos los ejemplos están tomados de fuentes en inglés. Lo ideal es que se hubieran traducido las variables y que tuvieran nombres más expresivos
* Hay faltas de ortografía, sintaxis y a veces, párrafos enteros sin tildes. Muy feo
* Algunos conceptos se explican... humm... un poco de forma atropellada. Se nota que el código viene de años antes. Hoy en día sería más fácil enseñar Perl más moderno
* El sangrado es de... ¡8 caracteres! La consecuencia es que algunas líneas quedan cortadas, y si el lector no se da cuenta, puede copiar mal el código.

Por lo demás, me parece muy correcto el contenido, y muy bueno para la gente que está estudiando Bioinformática.
JF^D Perl programming & Raku programming. Grupo en Telegram: https://t.me/Perl_ES
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