Pues efectivamente... faltaba por quitar los caracteres de final de línea...
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
use Digest::MD5 qw(md5_hex);
my $md = "123";
my $re = md5_hex($md);
print "[$md][$re]\n";
open (W,'kk.txt');
my @a = <W>;
close W;
chomp @a;
for my $ar (@a) {
my $re = md5_hex($ar);
print "[$ar][$re]\n";
}
Coloreado en 0.001 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Aparte de algún cambio estético, la clave está en la línea 16, donde les quitamos los caracteres de final de línea a todas las líneas.
Prueba a ejecutar el programa sin esa línea (o comentada), y verás la diferencia.
En muchas ocasiones, el uso de los corchetes '[' y ']' viene muy bien para saber con qué estamos tratando.