• Publicidad

bioinfo: Script para conocer el formato de un archivo

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: Script para conocer el formato de un archivo

Notapor explorer » 2010-08-06 08:25 @393

«En el campo de la bioinformática se trabaja con numerosos formatos de archivos de datos biológicos (FASTA, GenBank, PDB...). Habitualmente tenemos que conocer el formato de los datos de un archivo que usamos como entrada en un script. Sin embargo, esto no es tarea fácil puesto que diferentes formatos pueden contener el mismo tipo de datos de forma poco estandarizada. En estos casos tenemos que usar nuestros conocimientos previos sobre el formato para establecer el tipo de archivo. El siguiente código de perl permite introducir información sobre los formatos más habituales en forma de expresiones regulares para posteriormente leer un fichero y asignar una puntuación a cada uno de los formatos definidos. De acuerdo a la puntuación final conoceremos el formato de fichero más probable.»

Artículo
Avatar de Usuario
explorer
Administrador
Administrador
 
Mensajes: 14475
Registrado: 2005-07-24 18:12 @800
Ubicación: Valladolid, España

Publicidad

Volver a Bioinformática

¿Quién está conectado?

Usuarios navegando por este Foro: No hay usuarios registrados visitando el Foro y 0 invitados

cron