Foro - Perl en Español

por **roxana_** » 2010-11-09 12:52 @577

Hice un script para hacer consultas a MySQL, en cada consulta se pregunta en mi caso por una proteína distinta y el identificador de cada proteína lo toma de un archivo que contiene una lista de identificadores. Este es el script:

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
use DBI;
use DBD::mysql;
 
#Mis variables de configuración 
$host = "mi_host";
$port = "3306";
$database = "pfam";
$user = "mi_usuario" ;
$pw = "mi_paswd" ;
 
 
#Perl mysql connect ()
$dsn="DBI:mysql:$database:$host:$port";
$db=DBI->connect($dsn, $user, $pw);
#$connect = mysql -> connect ($host, $database, $user, $pw) or die "Connection Error\n";
 
 
#Select DB
#$connect->selectdb($database);
 
#Abro el file con las lista de pfamseq_acc a consultar
open FILE, "acc_uniq_com" or die ("can't open the file");
@myfile = <FILE> ;
 
#Define MySQL Query
foreach $linea(@myfile)
{chomp ($linea);
 
$myquery ="SELECT distinct pfamseq.pfamseq_acc,pdb_residue_data.pdb_id,pdb_residue_data.chain, pdb_pfamA_reg.pdb_res_start, pdb_pfamA_reg.pdb_res_end, pdb.method, pdb.resolution, pdb_pfamA_reg.seq_start, pdb_pfamA_reg.seq_end, pfamA_acc FROM pdb, pdb_pfamA_reg, pfamA, pfamseq, pdb_residue_data WHERE pdb_residue_data.pdb_id=pdb.pdb_id and pdb_residue_data.pfamseq_acc=pfamseq.pfamseq_acc and pdb.pdb_id=pdb_pfamA_reg.pdb_id and pfamA.auto_pfamA=pdb_pfamA_reg.auto_pfamA and pfamseq.auto_pfamseq=pdb_pfamA_reg.auto_pfamseq and pfamseq.pfamseq_acc = $linea"  ;
#Preparar la consulta
$consulta = $db -> prepare ("$myquery");
#Execute the Query Function
$consulta -> execute();
my @results;
while (@result = $consulta -> fetchrow_array ()) {
        foreach (@result)
                                {print "$_" ; }
                                                                }
}
$consulta -> finish();
$db->disconnect;
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Mi problema es el formato de salida, estoy imprimiendo todas las columnas sin separador y todas las lineas juntas.
Ej:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

P007201l60A24148x-ray1.7024148PF00959P00720250lA24148x-ray1.8024148PF00959P00720110lA24148x-ray1.7024148PF00959Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Salida deseada:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

P00720 1l60 A 24 148 x-ray 1.702 41 48 PF00959 

P00720 250l A 24 148 x-ray 1.802 41 48 PF00959

P00720 110l A 24 148 x-ray 1.702 41 48 PF00959Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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