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Posiciones de inicio y fin de ORF

Perl aplicado a la bioinformática

Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor Perldesesperada » 2010-12-27 10:03 @460

Hola

Soy una programadora principiante y necesito hacer un programa con el cual, dado un fichero FASTA con una secuencia de DNA pueda encontrar las secuencias codificantes, ORF, y traducirlas posteriormente. Te adjunto un ejemplo de dos de las secuencias codificadas del fichero de salida para ver si te puedes hacer una idea:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
>1-300000_1 [6556 - 6885] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome III, complete sequence
MIGRADIEESKSNVAMNAWLPQASYPCGNFSGTSVLKFRGNKGSIGHTFMVCIHTENQNQ
GDFYPFILLEISVLDESPLGHLRYLLTDVPPQPNSPPDNVINADQFAKKL
>1-300000_2 [17426 - 17755] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome III, complete sequence
MIGRADIEESKSNVAMNAWLPQASYPCGNFSGTSVLKFRGNKGSIGHTFMVCIHTENQNQ
GDFYPFILLEISVLDESPLGHLRYLLTDVPPQPNSPPDNVINADQFAKKL
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


donde 1-300000 es la longitud de la cadena de DNA, _1 es el número de ORF traducidos y [6556-6885] son las posiciones de inicio y fin del ORF.

Veréis, trato de hacer una subrutina para conseguir un array que contenga las posiciones de inicio y fin de estos ORF para poder incluirlas luego en las cabeceras del fichero de salida, además de para poder utilizarlas con la función substr() para traducir los ORF. Debo estar haciéndola mal o utilizando una función no adecuada.

Te adjunto la subrutina, ¿me podrías explicar dónde está el error y cómo solucionarlo?

Muchas gracias.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. sub posiciones_inicio_y_final {
  2.  
  3.   my ($dna,$posicion)=@_;
  4.  
  5.   my @posiciones=''; #contendrá posición de inicio, posición de fin, posición, de inicio, de fin,...
  6.   my $elementoarray=0;
  7.   my $posbusq='';
  8.   my $codoni='';
  9.   my $codonf='';
  10.   my $posicioncodoni='';
  11.   my $posicioncodonf='';
  12.  
  13.   do {
  14.     $codoni = substr($dna,$posicion,3);
  15.  
  16.     if ($codoni eq 'ATG') {
  17.         $posicioncodoni=pos $codoni;
  18.         push (@posiciones, $posicioncodoni -2);
  19.      
  20.         $posbusq=$posiciones[$elementoarray]; #para leer a partir de donde ha encontrado el codón de inicio
  21.         $codonf=substr($dna,$posbusq,3);
  22.         do {
  23.           if ($codonf =~ /TAA|TAG|TGA/) {
  24.             $posicioncodonf= pos $codonf;
  25.             push (@posiciones,$posicioncodonf-2);
  26.           }
  27.           $posbusq+=3;
  28.           }until($&);
  29.  
  30.         $elementoarray+=2; #dos porque salta la posición final que sería el siguiente elemento
  31.     }
  32.    
  33.     $posicion += 3;
  34.   }until ($posicion > ((length $dna )-2));
  35.  
  36.   return @posiciones;
  37. }
Coloreado en 0.003 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor explorer » 2010-12-27 14:58 @665

Bienvenida a los foros de Perl en Español, Perldesesperada.

Lo primero que he visto es el uso de pos() sobre una variable ($codoni) a la que no se le ha aplicado ninguna expresión regular, por lo que sospecho que la línea 17 siempre devuelve el valor undef.
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor Perldesesperada » 2010-12-28 04:27 @227

Sí, eso ya lo he solucionado mediante una expresión regular pero usando el depurador me he dado cuenta de que el escalar $posbusq no me recoge la información del primer elemento del array @posiciones :? .
Muchas gracias.
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor explorer » 2010-12-28 10:43 @488

Sería interesante ver el código modificado, una secuencia de ADN de muestra, y qué relación tiene con el fichero FASTA que has puesto antes.

Sospecho que primero lees el fichero FASTA y traduces cada secuencia a una secuencia ATCG, en la que luego quieres buscar los ORF, que, me parece, son las subsecuencias que empiezan por ATG y acaban en (TAA|TAG|TGA).

Pero esas posiciones dices que ya están indicadas en el fichero FASTA...

No sé... yo me he hecho un lío...
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor Perldesesperada » 2010-12-31 04:25 @226

Gracias.
No se si conocerá el programa getorf de EMBOSS. Consiste en hacer un programa idéntico.

El problema que anteriormente le comentaba creo que ya está resuelto, al menos para un marco de lectura he conseguido que me dé bien.

Pero ahora lo que me ocurre es lo siguiente:
He conseguido (por ahora solo para un marco de lectura) tres array: uno con las posiciones de inicio, otro con las de fin y otro con los ORF.

El resultado de mi programa tiene que aparecer en un fichero, pero en el de ejemplo he visto que aparecen los ORF fragmentados en líneas de 60 y además aparecen ordenados por la posición de inicio, sea cual sea el marco de lectura utilizado; esto en la cadena normal y luego también con la inversa complementaria. No sé si me explico.

Yo tengo el primero elemento del array posiciones de inicio, que se corresponde con el primer elemento de posiciones de fin y con el primer elemento del array ORF. Pero claro no puedo pasarlos al archivo directamente (como yo pensaba en un principio), porque en el segundo marco de lectura y en el tercero va a haber posiciones previas que irán delante en el fichero de salida.

¿Se le ocurre cómo puedo hacer?

Gracias de antemano.

Respecto a su pregunta, en el fichero fasta no está indicado nada, es un fichero FASTA normal. Le adjunto un ejemplo del fichero de entrada y del de salida.

Fichero de entrada
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
]>ref|NC_003423.2|:1-300000 Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
GATCTCGCAACTCTTAATAAAGCTAATTCCTGCTAATTCGCTATACACTAAATCTTAATAAACTTGCTTC
ATTATTTTCTCGATAAATATTTTATTTATAACAGTTTGTTAAATTGACAGGGTCCTTGCTAAGTTTCTAT
ATACAACATAAACATACTATACGAAATAACATTTTTCTCAAGGTATGTAGAGTATAAATGCTCCAACGTG
GCACAATTTCATTTCGTTTAGTTTACTAAAAACCCATATTCGCGTCGCACTCACACAGAATCTAGAGTTT
AGTACATTTTACCGGCTCAACAATTAACCATTCAAATTGTATTTCAAGTATGAGTAACAATCGAATAAAA
TATTGTATTCTTGCTTTCCTATAAAAGTATTTTGATAATCGTAAAGCTGGGAATACCATTTGCCTGTACT
TTGGCAGTTATGGTGCTGCCATGTTGCTCCTTTTATAGTTATATCCTGTATGTTAAAAACTTTTATGGAA
CTATCGTACTTCTGTTTAACAGCATCATAAGCCTTAAATGCTAAATTTCGATTATTAACTGGTATTCCTG
AACAATCACGTATACCGTTTTTGAAGTCTTGGACCATGAAATCGTCGCCTGAGCGTCTATCAAACGCACC
TAATTGCATCAGCTGAGTCATGTTCATATTATGTCTTGAACTGTCATCGAATTCAATACTCATAGTAGTC
AACGCAAAGAGAGATACTGAACATATTGGCACATCATCTAAATTGCCATTTCATAATGAAAAGCAACCCT
TCTGACATTCGTTTATTTAAAGAAACACTCGTCAATCAAACGTGTGTAATCACCATCATTAACTTCGACT
GTATTAAATAATACAAGTCTACCCAAACTCAGTTATCGTTCCGTTAGTCACATTACTATATGCATTAAAA
CAATCAACTACTGCCTATCTGAACTCAGACGAATTGGTATTATAAGCATCAATAGTTAGGACACACATTA
TGAGTAATAAAACTAGAGTAATCATTGCTATATCGAAGAGTATAACTTATTTGGGTTGAAAACTATCACT
AGACGTAAAATCTAATATACTAAACGAGTTACGAGGTTCAGTTGTAGTTCTTTATTTATCATCTTTTCTA
ATGATTGCTATCATCGGGTATTCTATGTAAGTAGACAAATTTGTAATACATTTACGTTATTCATTTCCTT
TCCTTGAAGGTGTTGTAATATTCAATAGATCCCTTGAAAATTACATCAGCTCTATAAAGGTTGGCTCATT
GCTAAAACTCAAGTGTTGCTCAAATGGTTTAATAATGTCAGCTACGCAGTTTTGGTATCTGTTTAACGAT
ACGTATAAGTACGATGTGTTTTCCTTCTGACCTAGTATATTACAGTACACAGGTAATATAAGTAGCACCT
TCTATAGATATTTATTAAACTGTTACCTATCACTGTAATAGCTTATTACAGAACTGAGGAACGAGGTTAG
TTCTTCTCAATTTATGGCATTTAGAATTATTTTTATTATTACGTTTGATTAGTTTTGTTCACAACTAGCA
ATATGTCTAAATAACTTATCGTGTAAAGTTGATAGAGCAAATAGAACACGTAGCTCAGAAAACACAATTC
CTCTAATTTAATCCTCCCAAGTCCACGACATACCCACTACAGGTTGGTCTCTCGACTGATGGATAGAGAG
TCTATCAATCTTGTATTCTTAGCGGTGAACCACCACCATCCAAAAAACTAGTGAACTACTTATATCTTAG
TAATGAGTCGAGTAACAAACTTTTTACGATAATGATACTATGAAGAAGCATCTACCAGTTGTGCATATGT
CAAAATAGCGTTATAATTTTATAACATCACACAAATATATTAATCGAATAGTCCTAAGTCACACCGTAGT
TGACAAAGCGGCGTTGCTAGTTCCATAAGTAATATTTGTACGAGCATATACGATTAATTGATTCGTAAAA
TATGATCTTTTTATGCTAATACTATTATTCATTACTGTCTACCATATTTTGTAGTTCATCATTATTTTAT
TTATACAATTACTAGCTTTGATTTTTGAATTGTTATTTGGTTATTGATAGCAATTGATATTAAACGCTTA
TTCTTTAATATTATTGCACATACATCGTATTTACTGAATATGCCGGATAAAAACAACAGACTTGTGTCCC
CGTGATCTAATAAGTTTAGTTATGTGCATCTTAAATACCGGCACAATTATGATGTGGAAAGCAGTAAAAA
ACATTTCCATATCAGTATTCGTACTTATTGCTGAAGAAGACATATAATTCTGATTTATTTCTGCAGATAC
ATGTATTCATGAAACCTAATGTAAAATAACAATCATCTCCGGCGCAATCGTCAATGCACTAAGAAGAATT
CATAATCTATGTCGCTAGTCCCACGCTTGCTTAGTTCAACAGATCGCATCAAGTTCTGCTTGACAAAGTG
ATTGTATGGTATTCCGTTAAGTAAATTGCAAGCAGGTAAAGATGTCAATCCGGAAAAAGATCGAAAACTA
ACATGACCAGTAATATTGTTACGTCGTTCACAATCAATAAGTGCTCTAAATTTTACTTCAATGAGATTCC
TAATTGTCAAAGGCATCAATCAATACGGTAGTATTGCGTACTGTTTTGGAATAATTCATAAGTGACAAAT
GTAGTTCTAATCTCAAAACAATAGAGAAGTATGAAGAAAGGTTGAATTGCAGTATTTGATTCCTAGTATC
GTACTGAGTTGGAAGTTGTTGGTACGAGTAGTACTAGCAATAAATCACAGTGATATAATACGTTGTAGAA
GTAGAGCATTACAATTCTACAGATAATATGAGAGTATAGTATACGAAATAATCAAATTGTAAATATATGT
GATGATAAAATATTGAGTTCTACTGATCTTTTCTAATAGTCGCTTTCAATGGGTATTTTTGAAATAGACA
TGTAGCCTTCCGCAATTATTGGCGAAGAAATCTTGGTATTTTAGGTATGGCATATGGTGATGCACAACGA
GTATATCAAGGTGTAGTGTAGTGTAGTGTAGTAATATTGCTGACGTTTACTATTGTTAGCTGATACTAAT
AAAACAACATTACTGATAATATAGTGTGCGTGTTATTACTTTAGTATTATCGTTTTGAATGTTTGTCAAC
TTTCAATGATGTAGGAACAGAAAAGCGGTAGCTAAAAATAATATCGATAGTGTTCAGTTTCCAATGGAAA
CTTTTAAGCTGTACTTAGATAATGAAATGATATAAGAGCAAACAGATGTATAGCTTTTTTTTTTAGGTTT
TTTGAAATAAATTAATGAAGAAATATTATTGAAATTTAAACATAAATATACTAGCTACTAATAAAAAACC
GACAAAATATATTGTTTCAAAGAGCAATAGTTAAACATGTAATCATTTTCAAGCTTAAAAATGGCGACAT
ATAACCATGTTTATCGAATATGTATGTAATGTATGTAACGGTTTGCTTCTTTCAATTTTTTTTGTTATTT
TTATGACTGAATGTCAAATACTTTATAAAGAAATTGTTAATCATGATAGATTCAGTCCACCAGTAGTACA
CAAAGTCAGCTGCCGCTTCAGTTGGAAGGAATAACAATCAATATGTCGATTCTGTGAATCTTTCCTTAGT
AGGATGACTGAATGCTTTACCGGAATTAAAGGGACTGAACATTTTTTAACTGCTGTATTAAATACTACTT
TTACATATCGCTGTCAATCTTGCAACAGTTACGCTATACTATTAAGACAATGAAGTTAATGCTTCTCTTA
ATCCTTATAAGTTTTCATTTTTCTTCATTTATCGTAGGTATTACCCTCTATGCTACATTTCCAATTTAAA
CTTTACACAATTAACTTGGGTTGTTTTTAATTGTTTTAAAACTTCAAGTGTTGATCTTTATTATGGACAA
TGGGATGCAATATTAACACCCAGATCCTCTATCACTAACACATACTCTACGCATTCCAGCAGAACCAGGT
ATAACGCCTGATACTTCAGGGTGGGTGTTTGCTCTTGATTGAGAACAATCATCGATAATAAGCCAAAACA
TCACATGCTAGATCTCAGTAAGACACGCTTTTACTACCAAAGGTTTGTATAACATTACCCCCCCCAATCA
CCTCTATAGTCGGCTGCTAACGTGGCTCCACCTCGGGCTCCAACAGCATTGGCTCCAGTGTCACAGTCAT
ATGTGCTTGCCATATTTGTACTATGACATTGTGTGGTGTATCGGTCTCGCTTCTTCAGCAGTGGTAATCC
ATTAAGCACATCATCTGTCAAGTTGATTATCCATGTAGCATCATCCGCAGATTGAGTTACCAAAGTTCTG
AGTAGAACTATCCTGGAAATCTCTCCGTCATTATAAAGTTCATGGAGATCAATCAATAACTCGTGAGTAA
CGTTATTAGTTGAATTGCTTATAAGCGGATTATCGATATATATATGGTTCATTAATGCAGTCATCTTGCT
AGCATTATATAATTCATTTACGATATATCTGAATTCATAGTGCTGTGTAGTGTTATCTGGAGGAAATTGG
GCTACCCAGATTACAGCTGGAGCGTCTTCGAGGTCAGTTGGAAAGCAACTGATTAGTGTAACCAACGATA
GATAGCAACGTAACTAATAATAGCAATCTCATCGGTAAAATATTAAAAAGAGGATGAAGATAGTTCCAAA
TTTCTATGATATTGACGTTCTCTTGATCGCTATATATTACTAAGCCTCAGAGCATACAAACACCTACTTA
CTGCGGAACGAAAATAAGGGTTATAGGATAATCCTTTGTATGATCCCCTGGATTAAGCATAATCTCCTAT
ACAATGTATGTAGGTCAACAATACTACTAAATACTACTACGTTGAATAACACCATACGTCAAGTGTTCTA
TATTTGCTCTATTAACTTTCCACTCTGAGTTATAGAGATAGACATATTACTAATTATGCAGGATATTTAG
AAAAATTTTTAAATGCTATAAATTGAGAAAAACTGAAAAATAAAGAACGAGGTTCAGCAATAAGCTACAG
CTACTTTAGTGATTAGGTAACAATTTAATTCATATATAAAAATATCAATAGCAGATGCTACTTGTATTAC
TGTGTACTGTAATATACTAGGTCACAAGGAAAACACATCGTACTTAAACGTATCGTTAAACAGATACCAA
ACTGCGTAGCTGTTAAATTGTGAAAAGAAAAAAGTTGTAAGGATTACGAGATGCCAACATCATAATGCTT
TTCCTAAATAAATGAGACACCTCAGAACGTAAAACATTCACCATTTTGGTTTTTTTTTTTTAATTTTCTC
GTTTATGGCTTAAAATATTTTAGTATATTTTCTTTTTTATTTTCCATAAACCACTCTTTTTAATTTTACT
TTGGGGAAAAATACTAGTGAATCAGAAGTCATCAAATTACAGTGCTGTCGTTCTATTCCAATGTCAAATC
CAGAAAGCTTGAAAAAACAGGTTGAACCTCCTGGTTACAATGAGTTATTTATGGTGGAAGATGTTTGTAA
TGTGGACCTAGAGCAGGGACTTGATTTGTGTAAGCCTGAAAAGGTAAACAAACAATCTCAACGATCTCGA
CAATCCCGACAATCCCTCTTTACCAACACCATTAAGCCTCAAAAAGACAAGATGAATATTAAAACAAATA
AAATAAAAGAGTTTTTAAATGACCTTTTTACTGAATTTTCTAAATTCCACAATAGCTATTATCCTGATGG
AAGGATTTCTACCCGCAGTAATTTTCGTTGGCCCTTGCTTATTATTTGGTCTATTATCATTGTATTCGCA
GTAGACAAAAAGTTCGAAGTCCAAAAGTTTCTTTCAATTTGGATAAATGAAAATCGGTTCTACAGTGAAA
TTTGGGTGCCTATTGCTATTTACGTTTGTTTGCTTGTTTTAATGTTACTTAGTTTAATTTGTATGTTTCC
TTTATAGTGATGCTTTTTTTCTTTTTTTTTGCTAATAATTTAAAATAGTCTTTGCAGAGTTTGCGGTACT
TGCTTTACGGGTGACCGGTGTGATTATAGCAGTCTTGGGTATGATTATAGCAGTCTTGGGAATGATTATA
GCAGCCCTGGGTGCAACTATAACTGGCCTTTTGTATTTTGGTCATTGGGCTCTTTACAAACTTGTAATAT
TGTCTTTAGGCTTTAAAATTGTGACACCAGGAGACGTCTGTGTTTCTAACACTCTTCCTACACATAACGG
AGAAACAGCATTACATTCAGAAACAACAGTTGGTTCTGATATTGAACAAATAGAACTACAAAATATGCCT
ACTCCTGTGAAAAAATAATTTTCTTTATCGTTTTCATGATCATATAGAATATAACTATTCTTAACAATGT
TCGAATTGACTGTCCTGTCCAAATCATGCACATAAGGTGCGTTCGTTATGAATTTCAATTATGGAACCAA
ACCAAATTATGGTTTTAATTAAGATATTATCACTTAATGTAACTAATGTTTTTATCTTTCGTTTCATAAT
TATTCAAATACTAAAAATGACTTTTTTATATATTTTTTTTTTAAAAGCTTAAAATATATTATATTAAATA
AAAAATTTCGAATTGAACCAATTTGGACTCCCACTTGTGTTTCAAAAACTCCATTTCATCTACTTTAACC
CAAAATTCAGCGTCATATTCACTACAGGAAAGGAGTTTTATTCATTATCTGTTAGTAGAAACAATTTGGT
TTCAATTTTTTATGACGAAAATGCTTCGAGTTAATTTAAGGCTTTGTTTGAAATATAATTCGTTTAGTGA
TTATTCGCTTAGTGATTATAGATATCGTTCTAATTTTCAAATTACAAAATACTAAACAGCTTTATTTGAA
TAAACAGTAAAAGATTCTAAATCTTTGGACTACTTTTAAATGGTTGACAGACCAGAAAAATTTGAGAAAG
AAAGTTTTATAACAAATCGTCTTATTATCTATCTTGCCTAAAAGGAGTGATCAACCTTGAATGACAGAAT
TTATTTTAGGTCGATAATGGTTGGACGGTGGTGTGGTGTATGCTTGCTAAGCGAAAATATTGCAGGACAT
AAGTTAGACGAATTGAATTTTCTACGTTATAATCTGTTCTGGCGCTTGCTCGCAATCGTAAAAACAAACT
ATTGAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAGATTGGTAGTGTACATGCTGAATTTCAATCTATGCTTTAAATTAA
TAATTGCTAAATTCAAAAAAAAACGAATGCTATCTCTTTATCCACTGGTCATTACCAGTTTTTTTTTTTT
TTGCTATATTTTTCTTTTAAAAAGCTTCTGTATTCTCGGGATATTACCAACGGCGTTATTAACTCAATCA
TCGAATGAAGTACGAGTACTAACGGAATAGAACTAGTCAACGGTGAATGACTTTATCTTTCACGTTCCAT
ACTTAACAGATTTTTTATTATATTCAGTAACTTGTGCTTGTACAATTTAAATCTTGAAGTAAAGGTATGA
TGCGTGAACAAACCATTTATTTGTGTTCTTTTCCCTCCAATCTTCCCAATGTTTTAACGCTAACGTTATG
CAACGTGGAGCACGGTAACTCCAAAACGAAAGATATAAAAGGCTAATCATTCCTGATCTGCTTTTCCCTT
GAGCAAGCATCATTTACCAACTTTTTTAAAGATGCGTCTTCATAAAACACTAGCATTGCTGTTATGCAAC
CTAGTTCTCCATACTCTAGTTAAAGGTGAAGTAGACGCCAAAGCAGTATCTATTACTACATAAAAGGAAA
ACTCTACCTTGTCAAACCATAATGGACTGCCTAAAGAAGCCAAAAAGCTCACTCTTAAGTGCAGTTGGTT
CATTGTGGAGGAATCTAACGGTGCCAGAATACATGCTAATTTTTTTGCACAAAGCTTCGATAAAAGAGAA
ATTGCTTTGTCTTTTTTTGAAGCAAATGAATGGCAAAATATAATTGGCTGGAATGATCAAGTTGAGGAGA
TGATTGACTTTGTAAAATCAAGAGACACGGTGATCCAAAAATCTTTTTTTGAGGAATTTAATTCCCAAAA
CCGAGAGATGGGATCATTTGCATATTCTGGTAACTCGGAATCGGTATGGACGGGCGAAAATATTACAAGT
ATATGGAAAACTATTTTGATTAATGAAACGGGTTCTTACTGCGTAGCTGCGAGACCAATGACAATGGATG
GAGCTGAATTTAATTTAGACCTTATGGGGTATTCGGTTTCAGAAGATCAAATTAATAATGACGAAATTGG
CATTTGGAACTATATTTCTGTAGCTGAAATGGGAGGAGTACTATTATTTTTGAGCTATTGGATATGGACT
TGTTTACATTTCAGCAAGATTATATTTCCTGCTCAAAAGGTAATCTGCCTTTATATTTTTCTTTTTGCGT
TAAATCAGACTCTACAAGAATGCATTGAGGAGTATGTTTTTTCTTCCGAATGTATAAAATACAGACAATT
TTATTCGGTGTATGAAATAATTGATTTTCTTCGGACAAATTTTTATCGATTATTTGTGATTTACTGTGCA
TTGGGTTTCGGCATAACTAGAACTGTTCCTAAATATCTTATGATAAAAGGAATTAGTATTGTCATTGCTT
TATGTTCTGTATACTGGATTTCTTTATATAAAGACGTATATGTAGTATCAGAGATTTTTGACATGATCCA
GTATGAGGTATCTCCTGCAATTTGGGTGTATTCTATTTGTCATTTATTGAAACAATGCACGTCTGTAACA
ACTTACGAAAATGCTTCAAAAGCCAGATTTTTTAGAAGAATGCTAAATGCATTTATCTTTATATTCTGTG
CATCTCCAATGTTGCATTACCTGTCGAATATTATATTTGGAAACTTTGATTACAGACTGTCGGTGATCAT
TGGTGATCTTTTCACTTTTATGGAGAAAATTGCTTTTCCATGTTACATAATGTTTCCCACCCATAATGAA
GCACTTGCCTACAATCGAAATGTAGCTGAAGAGGCTCAAGAGAAAATGATTTGACAAAAACCATGGTTTA
CTTGATTCACCTTTAAAGGGGTTACCGGGATTATTTTATTTATTATTTGTTTATCAATGGATTAATATCC
AGTTATTTTAATCTCACTTTTTTACACAGAAATTGTGTAGTAAGTTCATTCTTATTTAATATACCACCTA
TTTATTTTTTACAAATGAATATTTTTTTACTGGAACGTTTTAAATACACATAACCTTTGAGTCGATGTGA
AATAATGTTTTGTTCAAACTTAAAAGTTGCGAATCTGACATATAGACAAAAAAAAAATAAAAAGAAAAAA
CTGGTTACCTTCATAAACATATTTTGCTAATTTATTGAATTTAATTATTTTCAACTTGCTTTCCCATTTT
CCCAACAATTTTTTTATCTATAATATATATTTTACAAAATTAATATAGTACATCGCATGGTTTTCTTTAA
AACGACATAAACGTATAATAATAAACGGGGATTCAAAGTAATAAATCGAATCCAAATCAACTTTCAAATA
CATCCATTTCATCTACTTTACCCTTATATTCCCCTTCATATCCCCAACAAAAAACAGGAATTTGCGAAAG
TAGTAAATGGTAAAAGTGAATAAATAGAATCAAGGTTAAAAGCTTACTTGTATGCATAAGAAGATAACTC
CCTCCTCTTTACTTTTGCTTAAAAACAGATTCTGAGATTCGGGACTAGCATCGGTAATATAAGTTTTTCT
TTCATACTGTTGAGTACTAGCATCAGAACCCTTAATGGTAGGAAGATCATCATCATGACTACGCCTTTGT
TCAATCGAGTAAACATTTGCTGGTTCGTGCCAGTCACACTGAGAACAACAAAGTACCTATTATTAAAAAT
GTTAGCAAGCGATCGCTAACAAGTTGAAAAGTAAACACCTCCAACTATTCCATGGAAAGCATGTAACAAT
GAAGATCAATGAATGGCTATTAGCTTAACAAACTTGTAAACTCAAAACAGACTAACAACGTTTGTCAGGC
ACTAAGAGCAATAATGGAACAGACTTCATATCAAACGCTTTCTTGAATGTTCTTACCTTATTCGTATAAA
CCGGAAGAACAGGCACAATGAGAACCGTTACGGTTTTCAACTGACGACATACTCGGACTAAAAACAAAAT
GTTATGTTAACATTAATAAGACAAGTTTAAAAAAAAAAAGAAAGAGCCAATTGCTTTCGAAACTACTCAA
CTTGTTTATTTCTCGTACCAGTCTTCTTTGAACTAAAAAAAAAAAAAAAGCATTAGCAAAATGTGTTGTC
AAACGGATAAAAAGAGAACAGGAAGAAGATTGCTGGAAACAATTTTAAAACAGCGAATAAAAAAAAAAGA
AAAAATAATAATAATAATAAACAAAATACGAGTCGCTAATTTTTGAAACTAATCGCTTCCAACAACTGTT
TCATTATAACTTCACCATTTTAATATTGTCCCCAAACAGCATGATTTAATTCTCTTTCACTAATTTCATA
CCACACAGGACACGTAAGTAAAACATCCTTATAATCGTCAGTGGATATCCACATATCTCGTAAATGTAAT
GGCATTGTTAAAAAAAATAAACACTCAAGTGAATAGAATTATGAAGAATTCGAGTCTAGTTCAAAATATT
TGTTTTGACAGAGTCCCTCTATTTATACCAAGACTAAGCCTCACAGTGAAATATTGTCTAGCAGTAAAAT
TGCTGATTTATTTATTATATTGTTGGTACATTTACTCGGAAGTACCATCGGCTTCATCTAAATTCCGATC
CTTTACATTTGGATGCGTCGTAGTATATCATAACAAATTTTTTCCTCGTTTCATTAGAACTCACTCCATT
AACTCCATTAGAACGTTTTCTAAATTTCAAGTCATTATACTTTTCTCTATTGAGAAAGTCACTAGGTCAG
AAAGCAAGAATCATTCTTACTCGAAAACCGATATTAGTGATCTGCACCAGGGCTATAATAATCCACCATC
AAGATTCATATCACAATAACAATTCCATAGTATCTTGCTATATACGTGTAATGAGTATTCGATACTGGCT
TGATTGCTATTTCTCCTTTGCTTGTAATCGTAAAATTGACTTGAAGATCTAAACCTTCTAATGCAATCAT
TGGAATTCTGCCTAACCTGATCAAATATGGCTTGATCACCGTTAAGTTAAAAGCAGAAGCTATGCCAATC
AGTATGATTGTAACTTACAAAAAAATATAGCACAACGACATACAACATTATGGTACAATAAAGAAGACTT
GATATATCAAGAACGAGGTTCAGTTTGTGCTCCGTTTATATTATTGTATTTCTATATATGACATTACTTG
ATGCAACCGCTTAAATATGTACTTTTGTGTAGTTATACTCGCAAGTACAGTAGCATTTTTAAAGTAGCGG
TGATGTTGACGAATGGTTTGTTTCAAATCCATCCATTTCAATTTCAATTGTAAATTTCTCTTTTTCAATT
ATTAATCAAGTAAGTTGAAGTGTATCAGCACAATAAATTCTGACTATTACTACTCTTAAAATAAAACTCA
AGCGAAACTAATTTTTAATAGCAAGTCATATTCTTAGTTTGATATGCTATCCGCTTTGGTTTTGCATTGT
TATGACTTTGTATAACCTAATAAGGTGACGAAAAATCAGTTCGTTTATATTTTTGATGAGAAGAATTCAC
TATTATTACACAGAAAAACATTTACTTCTTATTAGATACCTTCAATATAATATATTTTTTAAATGTAATA
GCGACGACACTACCCATAATTTACAATACATTGTATGGTAAACAACTGAGTAGTTGATACACCCGATTTT
CATTGAGTCATACACTTTGCGCTTACTATCACTTTATTTGATTAAATGCATAATTTACAAGCCATTCCAA
TATTTCGCGCACTTTTCGGACATAGTAATAAAAGCCGAGGTAGTTTCGGCGACTTGCAACATGTTTTTTT
ATCGTCAGCTCGGAAATAGATTTCCTGACAGAGAAAGAAGGATATAAAAATAAACATGATGGGGCAATAA
ATAAATATTTCACCATTTTTTATATATCATTAAGAACAATGAAGAAATATATCTCTGAAGTAAAAAATAG
TTTGGGAAAATATGTATGAAGATCCCGCAACACCATTTGATAATGAGAAACCAGACGAATAGATCATGAA
TCTTGTACAACTGGGGAAATTACATGAGAATGTATTAGATGCCGGTTGTGAACCAAATAGAAATGCTAGA
TATTTAGCCAGTCTTGGATATAAAGTCGTGGGTATTGATATTTCCGAAAGGGCTATTTCTAAAGCAATCG
ATAAAACATCTAGTGAAAAAAGTAATGTCAACTTTAATCAACGCGATTTTTCAAGATTAAATGAATTCAA
GGGGCATTTCGACACTGTGATTGACATTGGTTGTTTTCATTCAATTCTAAATAGTGATCATGAGCCATAC
ACAGCTTCGTTAAGTCATATATGTCACTCTGATAGCTCCGTTTTCCTAAGAGCGTTTAGCGAAACAAACA
AATCACGTTATAGACGGTGGCAGGGCCATAAAAGGTATTCCCTCGCTTTAAAAAGAAACAATGTCAAAAA
GCTTTCTTTATAAACTATTGGAAGATTGAAGACATTAAAGAAGAAAAGTCCTGCTTCATCTTCCCCTAAC
TAGAAAAATAAATGTTTACACATGGTTTGCCAAAATGCGTTGTAAATAGTTCATGTACATAAAATATATA
AAGATGAATGGACATATACATCAATTTTAAGAACCCATTAACAAAAAAAAATTCAGACACTCAATTAGCT
AGCTAACAACTGTTCTTTACGAAGAGTTGAAAGAAACTTACAACCAATGGAAACCTTAGAAATATCAAGG
CTATGATGCACTAGCGAAAATCCATTAAACTGACCAGAGCTTTTAACTTTGATAGATTGGCTATTCTTAT
TAGAAATCGATTGTTAACATTCATGAATTCAGCATTATATTAATGGTTAGAAAGTTATGGATCGAATATA
AATGCCAAAGAAAGCAGGTGTGAGGTGGTCATTTGCTGAATCAGCAGGATGGATCCATGATGGATGGGAT
CGTGCAAGTCTAAAGAATTCTTCTGTAGTGAGTGTTCGTTGAGGCGATCTATAGGACAAAATAGCAGAAT
TGTATAAAAGAACTTGGAAAAAAGTCTATTAAAATAAATTGAGTATACTTTCCATGCCTGTAATTTATAA
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CCGGAAGAAAGAATTCCGAACTTTAAAAGCCCCAAAATTTGTCGCGTTATCTCAAGATCTGTCTACAAAA
GTGATCTTAAATACGAAACAATGCTTGCTGCAAAATTCGCAAACGTTAGGCGGATACAATTTAGTACGGC
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AATAGTAGTTTTAATTGCTCGAACGTACATTTGTACTTTTTGTCACACCTGCTTAAGTTGTACATCGCGG
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GTATCTTTCCGAAACAGTACATAAGGTTGTAACTTTTCCACACTAATTTCCTAATCATCGTTATGCACAA
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TGGATATGCTCATTGTACCTAAAGGAAAAGTCATAGCCCACCAGGCAACAGTAAACTTGTGCCTGAATCC
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ATTAACGATTGAACTAACACGCAATTTGAATAAAATTCAATCATCGGAATTTGCTGATAATATGAAAGCG
CAAAGGTTTTCGCGTTAATTGCTTGCATAATAATACCAAATGCTCCTTGTCCTAACACTCCAATTGGAAC
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TCTTGTTTAAACGGGTAGAAAAGGTTTCAATAACAACAGAACCTGTAGATGCTGCAACAGTTAACGGTAC
AATGGGTAGCAAAATGGTCGGCAAAAACGTAGAAAATTCAATTTTCGCCCTTTTTGTTAAAATTGTAGAG
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AACCTTGTGGTGATGACTGGCTACTCAAAAAGCACAGCATATTAATACAACTTTGGAATCCCATGGTATA
GCAACCTAAAAATAGTGTATTTGGGACATCAATAAATTCTTCTTTTTGAATCAGAGTACCTCTATAGATA
GTGTGTTTAAAAAAAAAGACAATCGTGTTCGTGAATAAGCAAACCAGCGCGAATCCAAACATAATATAGG
AGCATATACGTAGCCACCGTGCAGCAAAGGGAAAGTTATGCAAAACATTAGCAGATAAACCAGTTCCCAT
AATTGAAACCATCCAACAATTCTGATAATCGCGAATGAAAAATCTGTAAAACCAAGACATAATTTGTTTG
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GATGGTTATTGAAATTTTCAGCAGTCCTTTTCACATAAGAAATTCTATTAATCAATAAAGTCTTAGAATT
TTCATTATGTACCCAGATTTTTTTATAATTTTTTTTTAAATATTGCCTAAAATTAGATGCCCACGTTGAT
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CGACATTTTTTTACTTAAAAATATGATACACAGTGGCACTCTATTGATTATTTTTCTTCATTTTTTTGTA
TTTGCAATGTAGTTTTATAGTCTTCAGTAGTATAGTAATTCAGGTGGTCTTACCTTTGGGTTCTTTGACA
TGATTATAGTGTTCAGTATATTTCCTTAGGTTGGTACAAGGAGCGCGTAGGCTGGTTGATGCCCAACCAA
GTAATCATGGTTGAAAACAGTTTTTAGACAGTTAAGCAAATATCCTGCCTTTTTGATCAATTTGCTTCCA
ATATGTACATTTCTTATTAATTAATATTATATTTTAGTTCACTTTACATATAAAATATTTAAAATAGTAG
ATGTATTCAGTATTGTCAGCTTCGCCGTGTGGTATCTGTTTTAATGGTACAATAAAACTGCGGTGAGTTT
TCCTTGTAATTTATTATTATATTGCAATATACAGGTCGTATAAGTAGCAATTAATTATAGGTATCCTATT
ATTAGATTTCCTTGCCTATCACTAATATAGCTTGTAACCGTACTGAAGAATGAGGTTCAGCTACAGCGCC
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CTGGATCGGACACATTAGTATTCTTATAAACATATGAAGGATTGATTGAATCACCCACGAGTCTCAAGTG
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TTGGAAGTTGGATATATCGTTGTGGTTCCAGGGACTGGGCCATTAGTATAAATTGTAATATATTGAGGGC
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GCTTTTGGGAAAAACACATATTAAGGGATGGGAAAGGAGATGGCTCCCCAAAGCATATTCCAGACAAGTT
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CTCCCGCATCTGTTTATTGGATGAGTACAAATGTGCATCTGAAAAGATTTGTTAACAGCACGATGATAAT
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ATTTTCATGATTTGGCATCATTTTTAGAAGTTTACTACGAGGGTGTAGAATTGTTACTACATGAGCAAGA
TTTTTATGATCTTTGTTATCAGTATCTAAGAAAAGCAGCATCACAGAATGTAGTATACGCGGAAATGTTT
TTTGATCCACAACTTCATACAAGAAGAGGGATTTCCTTTGAAACAGTAATTAAAGGGCTTATTCGTGCTC
GCGATGATGCAATGCGAGATTTTCATATATACTCGCAGCTGATCATGTGTTTTATCAGGGAAATGAGCTT
TGAAAATGCAGAAGAGACATTAAACGCTTCTTTGCCTTACAAATCCGAAATCATTGGTATTGGACTTGAT
TCTAACGAGGAAAATAACCCACCCATTAAATTTCTCAAAGTGTTCCAAAGGGCAAGGCAGTTAGGATATC
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TTATATTACGGAAAATTTCAACTTGGCACAAAAGGGGGCATCCCTTACGAAAAAAGAGCTAGTACAGATC
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TTGCTTTTCCTCAACTTCATCAGCTTCTATGTGTGGTATAGCAAAGTAACCAATAATCGCAAATACTATA
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GTCCCAATGATCTCTGTGATAGTTCTGCTCCATCAATGAATTAAGAGTATATTTAATCATATCCTCCATA
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GTCGACTAGTATGACTTTGTTCTGCTCTAAATGCTGGCGATATAGTATACACTCTGGACAGTCCTAATGC
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GTTGGAATTTATTCATACGGAATTAGCAAACAATTCAATTTTAATTATTAATTTACAAAAAATCCTCTAT
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AAGGCGACTTTACATATCCTCAGTATGAAGGTGTTGCGTTAAGAATTAAGTCATTTTAATAAGGACTTGT
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GTCGTAACTTGGTATCATTTTTTTCAAATTTATAAATTGAAACAACATCTGATCGCGTGTCCATCGTCCA
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TATTTCAATTAATTCCTTTTAATCGAATGTGTCCTATATTAGATTTCAGCCATTTTAGATGTTTACTAAA
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AGCGACTTTTTTACACCAGATGGAAGGCGTGTCAGTAATATTCGTGATTCTCTAATCTCAGAAAAACGAT
TAGAAAATAATATTGACCAAGTTCAAGAAAGCGCGTTAAGTACCGCTTCTAGTAATCGACTCATAGATTT
AAAAAATGACGAAGTTCCTATTTTTCGCATTCCTTTAAGTGATTATGAAACAGATGACATGGATGACGGT
ACACCTCTCCAACGCCATGTTGCGACCCTGAACCAATATCAAAGTCCCATTTTTAATTTAGGCCCGGACA
TTTTAGAAGATGAACCATCTTACTCTTCAAGAGCTTCCAGATCCCGTCAATCATCTCTCTCTTCTCGATT
ATCTGAGTTACCTTCTAAACGCGCCAGCCTTGAGATTTTAAGGCGCGAAAATACTTTCCCAGCCGATCCA
ATTCAGGAATTTGGTGAAAAAGCATACAATGAAAGAGAATTGATGGAAGAAATCTCAAATTTTGAACCCT
TACTAGATGATAACTTGCTTGAAAATGCCAACGAAGCTGTCAATTCCCCAGTAGTAGACGCACCAATGGA
TGCTGATTCTGCTTTAGAAATACCCAATGATGAAGATAATGGGGAAATTCTAAATAAACTAAAAGATTCT
CCGTTTAAAAAACCTAAAAGAAGATATTCCAAATCTTCAACACTTGTGCTACCGGAAACAAATATTAGGA
AGTTGGCTAATTCCTATTCACAGAAAAAAATTGCTGGATCAGTGATTGAAGAACTAACTACAGCTTCTGA
ACTCTTTTTCAAACAGATCGCGAATGACCTTTCGGCTTTTGCAGACCATGCTCATCGGAAAACAATTGAC
ACGCAGGACGTGGTTTTACTTATGAAAAGACAAAGGAAAATAAGTGAGAAAAAATCCCTATCCTCTCTAA
TGCAGCAATATTTATCGCGTGAAATTGCACCTCCGGCAATTAAGAGAACCTAATGCGTACTTCTCCTTTA
CATTCATCCCTGTATATTAGAATTTTTTTCATCGTTTTACCTCTTTGGATGTTAAGATTTTTTATTAATA
GTTAATTTAATGATTATTTATATTTATTGCTATTTTTATATTATTAATTAATTGTAAGGCACGTCTAGAA
AATTTGTTTTCTTAGGAAATAGAATTATTTTCAAAATTTGCAACCTATGCAAGAACGCTTGATTCGATAC
ACTTACAAGTTTGTTTAACAGCTTTTGATTATTTGTAATTTAGCCAACATTTATTTTCGTCCATTAGTTA
AAATTACATGATCAAGTAAATAAATTTCATTATCTGCTAACTGCAAGAAACATTTATTTTTATAATTTTT
TTTAGTATTTGAAAGATGAGTTTGCAGGGAACATCCGTAGTAGTGCTAATTACTCTCAGGTGTGTTATGT
TGAATCTCTCATAAGCCATCAACGACTTTCATTCACGAGTGTCCTAAAGGTTTTTATATACCCGGGATTT
TGTCGAAATAAAGCATTTATGAAATCCAACCTATCATTAAAACGGCAAGATGAAAAACGTGCCGACAAAG
AGCCCAATTTGTACACATTGCAAGGTGTAATTCAATATTTACAGTACGAGGCTTTCAAGAATGAAAGGGA
CCATAATTTATGGGAAATTGAAAGAGCTGAGTTGAAGGTATTAATCTTATATTACTGTATTAGCTAATCA
TTAGATTCGGGTTGCTCAACTGGAAAGAGAAAGGGCCAAGTTAGAACAGTCTCTTAGTTTTCAGCAAAGA
CGTGCCGAAATGCTTGAAAAATCACTTAGAGAATTAAGGAAAGACAAAAATATATCTGTTAAAGATCTAG
ACGAATTCCATCTACTTGATAAACCAGCCGCAAACAATACAAAGGCCGATGCAGAAGCCTGCTTACTGAA
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TACAGGAGATCGTCTATCTTACTAACATGCAACCAAACGTGAGTTGGAATGTTTTACAGGAGCCTACTCG
TGGAATTAAGGTACCTAAAGAAAGTAATAATACTCAGCAAAATAATCAATTCGTTATGGAACCCTCTCAA
AATAAAGGGAACGTTAATGATGCCAACTTTTTTGAGGTGGAGTATGCAAGAAATGAAAATATGAACAAGC
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GATGAAGACTCCAATGATAATTCTATGGGAATTATAAAACCCCACTTGACCTTCTATGGACATGAGGGCC
CGGTGTTGTGCGTTTGTGTACCTAAAGCTACTCATCACATATTTAGTGGAGGTCATGACGGTACTATCAG
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CAGGGACATGAAGATTGTGTTTGGGAGCTATTTTGTCATGAAGTTAAAGACAACAACCCAATCTTACTCT
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>1-300000_5 [13572 - 15026] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MKEESILKKCDSSSIKHVPSTPLETNCPDKYNPKTWPIRLKVRNVIVISSMTFLNQYGDS
VFAPSISNIAEQFHASRTLVTLGATLYTLGILFGNLIFAPLSEQFGRRPIYLIGYSVFAL
LQIPIALSVNLAMFLVFRFFSGLFGSVGLSNGSGSLADLFEKKDRGKYMVIYFTVLSIGP
GIAPIISGFISQSSIGWQWEFWILLILSGFNLFWAFLLLKETYPPVLNRKKFEKYGEIGE
NEPVALRLTGKQLLIKLLILLSMKKPISILLSQPILICVACTIGSIYGMINLVLIAFSEV
WKSSYDFSPGISGLMYISITLGLFSAVFIAMPINQKFYSYLVKRNGGEGEPEFRLPMGFI
GITLFEIGILLFGWTARYKIFWFVPTIGSAIMGGGYIMTSNPLNMYVVDSYGIYSASASA
GVKIFQLLFGAIFPLFAESLFRRLNYGWGCTLLAFILLACGCSLPILFKYGKQIRNLRPF
DPSKY
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MVRDTRNVDLERGLELCKPEKVNKQNLFTNIVKPQKDKINIKTDKIKFFLNNLFTEFSKF
HDSCYPDGRISTRSKLRWPLLIIWCILIVFAIDKNFEVKDFLSIWINESFINENRFYSEI
WGPIAIYICLFILLLLGLICMFPLQ
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MREPKNAKVLSRLENVLVTQLDVNNFSSIKKSVEKAISHFGRIDVLLNNAGYSVYSPLES
TTEEQIHNIFNTNVFGALEVIKAITPIFRSQHNGMIINVSSIGGKMTFPLGCLYYGTKYA
IEGISEALTWEMQSIGVKVKIIEPGFTATEFRVEEGAGKHYAEYDNLKQKLYEDLLPKLK
TATPPQKIAEVILQAATDESDELRYPTGDYVVEWMALRSKVDDATFLATHRKQMGL
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MDLIALATGRKSNHHYANLDRKSSKEKVYPSFSLNENNRKITEKLSTDNKSDFSHDSKVD
TRIQVPYLVTWGGLNDPLNPRNWSYTRKWWVVIQVSTITIVVTFASSVYSTGTVEISEDL
DLLF
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MIWAATILVVVFLAFPVPHEDTILDYKAKHLRKTTGNSAWYTVHKRERDPKNAIVQAATQ
AVSLIFTEPIVVCFTLYLTVIYVISYINFEGYPIVYAKYDFNQ
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SVSGGITLVARPMYLNLGDHWATNVLGFISIAMIPIPFIFFSFW
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LYRNLFLARIKPFCVIVSILFSVIDRALESCKQLVSQRKAW
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MTQEALLTACGLCEGMRNKKLKEINILETEYLSDVKVLRDNEFEDHNYINFSFNDIFLDM
FDFGIVRKIKDKNAILFIIANSKGIERVITLINNKFRTTSKYNQIINNIFAQPRFKEFSK
TINLSLNTFQLSVLNNHWLAGFSDADASFQIKILNRD
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MDTPTWEVVAALKRNQVLNSIPKEWRKPNIRKEMISSGYVNTYEYLNLILPPEENAITNL
SMLELATNIAKGNYTSYNVTKAFCHRAALAHQILNCCIEIFFDEALKKAKELDDVFQKTS
KVVGPFHGIPISLKDQVDLPGKDSSIGYVSLVGKPKTEIALLAKILQDKGAIFYVKTTVP
MAMMAPQTVSNLHGYTYNALNINLSSGGSSGGEGALLGSGASCCGIGTDIGGSIRIPSCF
QGLYALKPSTGRISYLNVTNSYSGQELIPSVIGPMARSLKDIEFFTETVIASEAWKIDSK
LLPIPWKNQSHLKSKKLIFGVLKTDGIVKPHPPIIRALNEVVAVLEKSGYEVIEISIPFQ
KDMLDTVVKVFSADARFEINNESQKTGEPVVSVVKRFVSDKIFKKPITVNEWWDLGNQVY
KIRQMFLELWNNTAIQTLSGNSIDAIIAPIWASTSFLPESKADHLYTSLFNICDCPCVVF
PFTKVDANIDLSDVSYKPLNEEDKENNDMYDPVLFDNMPVCLQVVTKKLEEEKCLAAASS
IMDCLTN
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MVKKFQSKLINLQFNIILTFFVYEWNHDITCLNFKVKKRRGDFYVINERFFIKYIIKKNK
NPQNLTKSICNSKTSINSMRQYLATINKKLRAFVQTFLAIGGYYSITTQIVKIILITHPV
LLCQCSS
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MTEHSFKQIDVFSNKGFRGNPVAVFFDADNLSQKEMQQIAKWTNLSETTFVQKPTIDKAD
YRLRIFTPECELSFAGHPTIGSCFAVVESGYCTPKNCKIIQECLAGLVELTIDGEKDEDT
WISFKLPYYKILQTSETAISEVENALGIPLNYSSQVSPPVLIDDGPKWLVIQLPNATDVL
NLVPKFQSLSQVCKNNDWIGVTVFGELGKDSFESRSFAPLIHVNEDPACGSGAGAVGVYI
GSSQKTPTSLSFTISQGTKLSRQAISKVSVDVSSNKSIAVFVGGQAKTCISGKSFI
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MKSALRLSFSRAVLRFHKVCNQMLERGFTTVRDCGGAAAFVRDAIEDDVIHGPRLLLAGR
ALSQTGGHGDLRDPVSEDHMEVSCGCQSNVSLEYVMELMNV
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MAGGGVASPTDKLSSLQFTPEEIRAIVKAANSSGSYVTAHAYTTHSIRQCVENGVRGIEH
GNLINESTAACMADHDAYLTPTLITYKIMASEPFSKFLPEASRTKNAEVLASGLKFLAIA
KNAGVKFCYGSDLFGPLIAA
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MWSSIISFLFFSVALCQPLLFQKRSSNVSDFISFNASLPNVTIFAMGGTIAGYASSSTET
VDYAAGSVGIATLVDAVPAIKNFSNIRGVQVTNVGSEELTPANVLNLTQLILAEVAKPDV
HGIVVTHGTDSLEETAIFLDMTVNTTKPIVVVGAMRPSTAISADGPMNLLNAVVVAASNR
SIGRGTMILLNDRIGSAFYTTKTNGNMLDTFKSYEAGFLGMILDQRPHFFYSPATPTGKV
HFDVSNTTELPAVEILYGYQGLNPNLAKAAVDLGAKGLVLAGMGAASWTDPGNEVIDGLI
SNQSIPVVYSHRTMDGFSDYYYNGIPAYFQNPQKARYMLMLSINAGYSIQNITDIFSLEY
>1-300000_19 [81295 - 82950] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MPQPSYADQINVEDSSDYEKDPKEYVDKEKGYFPHVITSHISKSSSQSHPDVSNAVLDET
FSFMQEAKDLEPLTPKQDKRLRWKLYFTVLVMLMILDMMLYIDKATLSYSSILGLFEDTH
INSNQYNDINTLFYVGFVIGQIPGHMLLQRFPVSKFVAASTALWTIIIFLHCAAYNFSGL
MALRFFLGLVESSLLPTMEATIGMFFPHSEQALLQPFFYISCYGCNIPAGFIAYGVQYAK
NTISPWKLFMIIVGGITFFLTIGLFFYYPDNTSTARFLTKKERLYTVDRVRRSNHSGIES
KTFKKYQVIEALKDPVTWLFTFHVFCNQLSNNLAYQQNLLFTSLNVSDLNSTLVGVASAG
YNCVSAIIATYMMSVIKNQSAFHGAIWYIPSIAGGIACVAMSWDHKIGELAAIIIASNFG
IPFIISLGWTTASCAGYTKKLTRGVMFMIGYAIANIIGPQMWQSRDAPRYYPAWIVQIVI
AWSVSPFVLLIIRWILVRRNKKRLALLEQNKEQYEKTWIETIDSSGNHVSGFYENSMLDL
TDQENLSFIYPL
>1-300000_20 [87727 - 88050] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MDMGQEQKVVRKIDMLIISWAFIMFFALELDRANIQQALSDNMLDDLGMNTNDYNKGMTI
FYCSFLAAKLPSQLISKKIGPNRWIPTQMVLWSIVYICQYSLSGTALF
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MRGLHGKPGWAYLFLTKGFITLLEDYLFITTKSNANGFMFRGRKGWFSEREEKIIVNKVL
RDDFAKAEMHNREAITPKTLFQAIKSWKMYPLYIIGLLFEIPKTPPTTYLTLTLRILWFS
TVKTN
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VENSIFALFVKIVEKITHAVKKDMATLNIQRIYKKLIQPCGDDWLLKKHSILIQLWNPMV
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MQAIIQKPKAIAFDQQINDVTIVFKIIFLFKRVEKVSITTEPVDAATVNGTMGSKMVGKN
VENSIFALFVKIVEKITHAVKKDMATLNIQRIYKKLIQPCGDDWLLKKHSILIQLWNPMV
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MQAIIQKPKAIAFDQQINDVTIVFKIIFLFKRVEKVSITTEPVDAATVNGTMGSKMVGKN
VENSIFALFVKIVEKITHAVKKDMATLNIQRIYKKLIQPCGDDWLLKKHSILIQLWNPMV
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MQAIIQKPKAIAFDQQINDVTIVFKIIFLFKRVEKVSITTEPVDAATVNGTMGSKMVGKN
VENSIFALFVKIVEKITHAVKKDMATLNIQRIYKKLIQPCGDDWLLKKHSILIQLWNPMV
>1-300000_26 [105128 - 106870] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSHSDYNFDIEQNAFEKEAPKVSIERKGDVVEEEVIATGEVENYAEPKSRNFLQRFFDDF
KPALTTRGDGVALKRKLTSRHMQMISVGGAIGSGLYVGSGSAFADGGPASVIINYILIGI
MMIFVIYALGELAIAYPVAGSFNTYATRFIDPAWGFAVSWNYFLNYFVTCPLELTTCAIT
FKFWTEINSAAWISIFLAVVIVINLFGVRAYGEVEFILSTIKVIATVGFIILAIIINCGG
VPTDHRGYIGGSIIKQKPFRHGFKGFCSVFTTAAFSFSGTEIIGLAAAEVGNPRKSVPSA
VKQVFWRIAIFYVVSLILIGLLVSPDDPRLMGNGDVSVSPFVLAIQEANIKGLPSVFNAV
IIISVVSVTNSTTYTAARTLQGMATLKQAPKFFSYTDRVGRPLIAMVVVLLFGFFAYINE
ADKNGSDISDTVFDWLLAISGLSSFFTWGSICLSHIMFRLAFKKQGHSLKELGFVSPMGI
WGSVIGLGFNILCLMAEFYVSLFLIGGSPNANDFFQGYLAACIALAFFIGYKIYDRSHIP
SLDKLDIDTGLKTYDNQDEEKEEYSSKGPLNILKKAWNAVC
>1-300000_27 [107759 - 108868] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MRGARAVIDLRAIGYNYNLIRELLDEKNPDAHILCILKANAYGHGAVEVAQFLAKYCSAE
GFGVASIEEALELRLSGIQNRILLLEGFFTDEDELSLIDKYNFSITIHCEEQLKSFMNYP
FKKPVEVHLKLDSGMNRLGFTPAEYADKYRLLKNHKNVSGIVKATHFAFADIPEKSEYTL
KQWRIFEKAAGCLPDPLSAGGGVIVVGWLNTIHMDWLRTGSMLYGLDPYDLDAKAPELPK
PLIPAMKLMSTIVCVKHVEKDQPIGYGGAYVTTRDSLIGVVAIGYGDGFPQVRNGCPVII
NGKRVPTVGKVCMDMLAIDVTDVPDVKRGDDVVLWGNPELTIEEVSTFSNENPFEIITGL
TRRVPLQYTF
>1-300000_28 [122747 - 127141] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MITANKGLSLVLLIPNLFALVSGGLQYVFDVRRRIFRPHFSQFWTIWMKFFSIALVIITQ
IYVGYKTKNIGWNFFSVVTYCFVLFLQFAEQSTLRVPMASLLIFWLLKVVTSLLILLFSP
YIAITSMARLLTLITLFCSLVCFISEVYVPPCNRVWYSDDTNEVEEKGIRPSEVRYANIF
SKLSFSWISSFIKFGYTNYLKESDVWLLPPDERSGNLIIGFEDWWIYHSKNKRRSLFLWK
LLFFNHWKLVALITITKLIQDVLAFVQPTLIQKTILFISSYTSPNPESPSRGFIIAILVL
VANFLQTLLLQQYNQLIMLLGMRWKTELLASIYRKSLLLSSSARQNRSIGDIINYMAVDT
QKISDLPIYLFIIVSGPFQIALALSNLYHLMGYSAFTGVAASVILFPCNIIVANVYKKFQ
SILMKNKDSRSKLMTEIINNIRSIKLYAWETPFLQKLLHIRNTKELSMLKKIGFITAIGD
FAWIFTTIIVTTVAFGAFIIFHGKTQALTADIVFPAVSLFNLLQFPLAMLPTVISSLLEA
SVSVSRIYEFLIAQELDYNGVQRFPATEIPHEICLEIKSGTFSWSKKTLKQQVTPTLRQI
NFVAKNGELTCIFGKVGAGKSSLLEACMGNMYKNSGSVFQCGSLAYAAQQPWIFDATIRE
NILFGSEFDPELYEKTIHACCLKRDFEIFTEGDQTEVGQKGASLSGGQKSRISLARAIYS
QADIYLLDDVLSSVDQHVSRDLIKNLFGPEGFLRTHCVVLTTNSLNVLKEADSIYILSNG
KIVEKGNYEHLFVSTNSELKQQLSEFNDEKDTQPLPEHTTSYPSTQISLAPSIHVEGLET
YSSSERKDSSNKYKSRKRNPIRQKVTEDDKGKCVAQTDELVQRGKVKWHVYWMYFKSCSI
GLILLYFFFIISGIMMNVATNVWLKHWSEENGKSSSELNPSPYFYLGIYLFFGFLSCAFI
SSSSLTMTVLCGIRSGRYLHDSMLKTILRAPMGFFETTSSGRILNRFSNDVYKVDEVVSL
TFMFFFRNSIQVLFILGVICYSAPLSLLLIVPLFFLYLYNRAYYVRTSRELKRLDNVTRS
PLYAHVQESLSGLSTIRAYGMQETFVEENDLRIDTNHRVWFMFFSSSRWQAIRVECIGDL
IIFCTAFYGILSAIKGSPNPGLVGFSLSYAIQITQGLSFIVQQSVDAENNTVSVERILEY
INVKSEAPEIIPENRPPCEWPTDGAVSFNHYSAKYREDLSFALNNINIEISPREKIGIVG
RTGAGKSTLAMALFRIIEPTEGKIEIDNEDITKFGLYDLRSRLSIIPQESQIFEGNIREN
LDPNHRLTDKKIWEVLEIASLKNCISQLEDGLYSRVAEGGANFSSGQRQLICLARVLLTS
TRILLLDEATASVHAETDAIVQQTIRKRFKDRTILTVAHRINTVMDSDRILVLDHGKVVE
FDATKKLLENKDSMFYSLAKESGLI
>1-300000_29 [128825 - 129595] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MAKVTGLPEFEDLHTKRKWMLNHMAAAFRMFGRNGYNEGTAGHVTVRDPIDENTFWINPL
EVPFSLMKPSDLVHINSDGEIIGGSKMKYNTSGFAIHYEMHKVRPEVICVCHVHSIYGKA
FSALGKPLDMLNTDCCVFYNNHGIYFDMDDVISMPEEGRRTAKGLADYKAVLVQNHGIMT
VGTTVDEAAYLLSLMERSCQIQLLIDSATKVGERKHVHPTRAKAIRENADNPVGLYTAQQ
PNFLYEVACSNGELEII
>1-300000_30 [134303 - 136021] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MKLNIFKSHGDSNTAEERPVPLEQVEAEDQQHENRFWLGLTAKEFRLMMLAGVGFFLDSY
DLFIINLVTPIFEYLYWGGIEKGPNGKGHYPSGIRGLVNAASNIGNIFGQLMFGFMGDFF
GRKFVYGKEMIIVIIATILLIAMPKSIHSPLSKMMWVFCWRWLLGVGIGGDYPMSAAITS
ERSKLNRRGTLISLIFAFQGFGTLAGAIVTIILLGCFEHPLNREGHYRKLEGVWRLQFGL
ALVPAIGVLIPRLMMEETQKFKNSQQLNSGDNRDPKTSLNFEDDELVKNPSVTKGHPEIH
ESSENYLSRSNTVENEPENIEKQFESVSAPANRSGFIQYFRQWHHFKHLLGTSVCWFLLD
IAFYGVNLNQSVILKNIGFSSGTNEYRTLMKNAIGNLIIAVAGYVPGYWFNVFLVEILGR
KWIQLQGFVITGLMFAILAGRWNEISTGGRFACFVIAQLFSNFGPNSTTFIYPAEVFPAR
VRGTAHGISAALGKCGAILASLLFNFLTSIIGYGNVMWIFCGCMWGGILFTLLLPETKGR
DADEIDRVELFYGGDGKVECNSKWKSWYVNGIF
>1-300000_31 [137044 - 138060] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTDIERFIEKLPKAELHLHLEGTLEAELKLKLSHRNKIPLKQSSIEEIKESYNFHDLASF
LEVYYEGVELLLHEQDFYDLCYQYLRKAASQNVVYAEMFFDPQLHTRRGISFETVIKGLI
RARDDAMRDFHIYSQLIMCFIREMSFENAEETLNASLPYKSEIIGIGLDSNEENNPPIKF
LKVFQRARQLGYRLTCHCDLHQKNTTTHIRQALEDIGVERIDHGINILDDPELIKLALER
NIPFTVCPFSNEIVYPGKAQPEIRIMLDTGLKVTINSDDPAYMHCFYITENFNLAQKGAS
LTKKELVQICRNSFEAAWISEEKRNHYLEALNSFASAYD
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MMEHDVEDLINQLDISEKAMLLSGTDLWHTAAIPRLNIPSIRLSDGPNGIRGTSFFNSSP
SACFPCGTALGATFDKKLLFEVGEYLAEEAKAKGVSVVLGPTVNIHRGPLNGRGFESFSE
DSTLSGLAASYVILGLQSKNVQACIKHFVCNDMEDERNSVSIDVSQRALREVYLMPFQLA
CKYSNFKSLMTSYNKVNGEHVSQSRILLDNILRKEWEWKGTIISDWFGTYSLKKAIDAGL
DLEMPGKPRFRNVNTIQHLVGSKELSESILDERAKNVLKLVKHSWQNTEAENHCELNNDS
SCLREALKKFASQSIVLLKNKKKLLPLSRKGTFAVIGPNAKVCNYSGGGSANLKPYYTVS
MYDGIAAKIDGVPEYALGCHNYLNLPNIANLLVNPRTGKHGYVAKFYLEPATSENRTLID
DYDLEDGVVRFYDYCNDKMKDGYFYIDIEGYLIPDEDAVYEFGISVFGTALLFIDDVLLI
DNKTKQTPTNHTFEFGTIEERNSIYLKKGRKYNVRVEYGSAATYTLSTNLSPSTGGRYSI
GCVKVIDPETEIDYAVRVAKSVDCVILCVGLTAEWETEGEDRKTMTLPSLSDKLVYSILQ
SNPNTVVVTQSGTPIEMPWISEAHTLLHIWYNGNELGNALANIIFGEQNPCGKLPITFPK
KLKDNPAYLSFRSSRGHCVYGEDVFVGYKYYEAVEREVLFPFGYGLSYTTFELSNLYLKN
CGERLRIDLEISNTGPMSGAEIIQVYISQIVRSVNRPVKELKEFSKVVLCPKETKLIRIE
LDIKYATSFYDELNEKWCSEEGEYNVLVGTSSKDIALTGKFTLPKTIHWTGL
>1-300000_33 [148750 - 150426] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MEDPKSDEKFDIGISEKNLDVGFGESSSVDVPVKGRFASFLKKLELSSGPEKENIDLRPT
PPDRRHYSALDIIYLWSCNGISASAFRTGTSYMEMGLSPKQALAALIAGNVFIAMPMTLN
GLFGSHYHIPFAVQSRASFGYYFNTLIILLRFIAGLFYYGTNVYTGAECVQTILYAIFKS
FRSYKNRLPADAGITSDFLISYFVYWVISFPFHLIRPEYLQRFFLIKSISTYIACFAMLI
FLLCNVGSHVVWDQPATVSGRSWSWVFMCALNSSVAGFSTLAVNVNDFTRYVKHPKTPYV
QMLILPLVAAVSAPIGIVSGVASKIMYGTAMWDPLQIANNWTSRGGRAAAFFMGLTYLVS
MIAQNISDNTVAAANDLLYFFPRYLDIRRAQVIVIIIGAWAIVPWKILQNGTAFLAFLGS
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LVDPSTLSGKDKFWYYIDY
>1-300000_34 [153562 - 155298] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MKVVPSEKIKPNWWRETSVYQIYPASFKDSNGDGFGDLEGIISKVDYLKALNVESIWLCP
IYPSPLKDMGYDVSDYKQIDSRYGTLEDLDRLMKALHERDMKLVMDLVLNHTSDQHEWFK
ESRSSKTNPKRDWYFWKPARYNEKGERLPPNNWRSYFDTSAWEWDEATQEYYLHLWSVGQ
PDLNWETPKVREAVHDILRFWLDRGVDGFRLDAINMISKDQRFLDAPITDDRYEYQLAYQ
YYANGPRIHEYLNGIGNILTEYDAFSVGEMPYVLDTNEILHVVGADRRELTMIFQFDFVD
LDLDPNQHKYIEGSWELSDLKKSLKKWQSALLSGGGWNASFIENHDQTRTVSRYLSDSPK
YRAYSSKLMALFIIFQSGTPFVFQGQELALANIPRDWPIDEYLDVETQNFWKLFMSGNPS
QEEIEKTMDIVNKRARDNGRTPMHWDSSPNGGFTKAGVKPWMRVTNDYKEWNAANQVNDP
ESPYTFWSKALELRKELKDAVVYGSFELISEEDPSIVAFVRESSTYKLIILLNFTGNKVS
YDCPLNLTSYEILLDNYKDFICMTSPVTLNPYQAVLLKL
>1-300000_35 [157555 - 159225] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MGRTLTSVLVVFISMAGWLGGADTGSISGILGMRDFQSRFADRYNPITNSYSYSAWRQAL
LTGTVNAGCLFGAMLSSPFTEAIGKKYSIAFFSGCYIIGQILLVTAVPSWVQIMVGKLFT
GLTIGALSVLSPGYQSEVAPPQIRGAVVSTYQLFQTCGTLIAACINMGTHKLRKTASWRT
SFGINILWGIFLMVGVLFLPESPRYLIYKGRDEEALRIMCQTAELDPESEIIQTNFNTIK
SDIEMEMAGGKARWPEVFGKEVRYRTVLGFLTMLLRELIGNNYYFYYATQVFKGTGMTDI
FLPAVILGAINFGTTFGALYTIDNLGRRNPLIFGAAFQSICFFIYAAVGDRKLIYKNGTS
DHRAGAVMIVFSCLFLFSYCCSWGPMGWVIVGETFPIRYRSKCAAVATSGNWLGNFMVSF
FTPFISNSIGFKLGYIYACINMTSAFQIFLMAKETKGLTLEEVNELYESDIKPWDSYKYV
RQIESRRIHFSKEEEKREREKSKGYRGQEERFIENADGADNDDSSASSESFASAGAHSRS
VFPRRSNVSEESHPTWV
>1-300000_36 [168671 - 170116] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSTMEEEKVISKSTSVDISEGTFDDITIEKKEEAKLVRKLDWYLMPMFSVLYFLSFLDRA
NIGNAAVVGLKEDLKLQAYQYSAAVSVFYATYITAETPSVLLVKKFGPHYYLSAMIIGWS
LVTIFTCFVRHYWSLVLTRLLLGICEGGFFPCLSLYISMTYKREEQGKRLAYLYVCSCFS
GAFGGLIATGLTKIPKSSGLPNWGWLYIIEGLISAISALWILFCLPDDPSTARFLNPREK
ELMKIRAEQRQKYMGSPNFDWTQFRKAFKDPKMYMSCVIQFCQDLVLYGISTFLPSILKL
ELGYSSLAAQYMSVPVYALGGISVYVICLLSDRTNIRGWFIIGMNFFGLAGFIILLATTN
SAANYVATYLIALPLYPTVALNITWINNNMAPHYRRATALGCNQTIGNLAGVIAGQVYRS
SPYKLGHGFALGCTVVGTLTATAMRFYLQRQNKIKQEILNGERVDEKKERDGCDALDFVY
VL
>1-300000_37 [172991 - 174259] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MEYLTNLKTNIMDKQLGHREVSEGSTQPKPDPSGATMKACVWDGPLNVKIAEVPKPTITH
PKDVIVKTTACTICSGSDSHIFSGEMPGIEKGAILGHESCGIVAEKGDEVNNLEIGDRVV
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VPFAEINCCKLPDDIPDSEGLFMSDVLCTSLHACTLGEVKKGDTVAIWGMGPIGLYAGRW
AQILGASKVIGIEVVPERIELARQKFGFTVIDRNEVSDVPKKIMELVSNGVDCAIEASGF
RFSTSILHKVERAVGLETDSPDMITECLNAVRKYGHVSIIADYVGTSNQFPIGHVVMKHL
TIRSGQCPCQNYFGYVIDNIRSGKIDPRWMVTNKIKFDDLPDAYNKLFYKEDGYVKVYCD
MTE
>1-300000_38 [174842 - 175942] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSNLPIYNFIRKLPKCEHHVHLEGCLSPDLVFRLAKKNGITLPSDDAAYTTPSTLLASYE
HFGCLDDFLRYYYIAVSVLIEASDFEALAYEYFSIAHSQGVHHAEVFFDPQTHTSRGISY
DVVVSGFSAACERANRDFGMSTNLIMCFLRHLPSEAAHETFAEALKRNDFENGIVAGVGL
DSSEVDFPPELFQEVYKLAAEKGIRRTGHAGEEGDPSYIRSGLDNLSLQRIDHGIRLVED
KELMKRVAEENIMLTMCPLSNLKLRCVNSIAELPVREFLEAGVPFSINCDDPAYFGGYTL
ENYFAIQKHFNLTVKEWVFIANAAINGSWISGKRKEELLSSVQKCVKEYTAEIQQPKTLE
TAVEVQA
>1-300000_39 [181695 - 182300] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTPQLSSSVASKLVTLKLKPVVVFGPSGVGKSTLLKRLLKDHGDKLGFSVSHTTRTPRAG
EKDGIDYHFVTKEEFQKLVAEEKFVEWAVFSGNMYGTSIMAIQELEAVNKKAILDIDLQG
VLQVKASPIDAQYVFLAPPSIEQLEVRLRGRGTENESAILQRLERARAEIEYSEKPGNFD
ALIVNDDVEKAYKQLEAICLSD
>1-300000_40 [182775 - 183095] Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTGNCIKRKRDARRKHTYEDMAMPFLPRLGIFPSSSSTRAHIEAPRMKMAERKVKNPAPP
RSFSLTTIVVVVLVSLITTLEAYVLLDRLSVELARVAISGAYSIINI
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MADFVVSEFTKLGAKMEKRDIGYHQMDGQDVPLPPIVLGQYGNDPSKKTVLIYNHFDVQP
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CTYVHELASVSP
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VYNNNNNTSAANTNAAYNANTAANANANTATTTNAAATTSAAYNPNAPANTNAAYYPNAA
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GGGPGGFGGGLGGFGGGPGGFGGGPGGHGGPGW
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MYYGLAKSQFEKICQNTAQPLIKRCANNQIEELMVRIRELRESLPNKQTPISMSMSTRLS
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TVDSQLKIKQLETQIATLQKQLEQFQTSTLDQDLH
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SVISSLTKGNAKFLMSHPMESQTPKLVNYGSSFHPMSMQRQKRIFP
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SAITA
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SNTKRSPHTPMQNNAKAIRLSTTVRHGIFKNSDLDGCSKPFAFSSGLKLSKKIVDASTPI
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SLTEHRH
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MYFYSTNYRLISGEENEKKVESASGNQETSNVTPTKENEGYEELEKSGEAGAERTKENPF
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ENSKNDNYNENQSALTGSGAMESNEDNAEETSPFNREDGYVNCTISCSFLGNSSSSILTR
YFSKMFIGGLNWETTDGMLIFRHLKLSLHA
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MSFVDLEQGRHKIEQNGDFPALASSIAQEIHALRGNTAAIHRYLVNNLTKNLHEVLEQSR
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NLTQGINELNEIFRKYQLVDIFFFSVYVMELGVMLNT
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SDMMEQHYRAVTQYLLHLLQKARPTSQ
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LGISRPFMVYSTYQQVLVETYHQLSKWDNLFVEKTAQSTENDEKVDQGDVAIDTQKEKVI
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DRKYLP
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FVARNTPRFQAIALNPPLILGPVFHLQSVDNLNFSTWFFWQLIKGRYEVAPESKFFNYVD
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AQ
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DQ
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MWSIFEARPKEAHSVNKIGWLRASVLGANDGILSLSGLLVGVVAANADIKVILITGVAGL
MSGALSMAVGEYVSVSSQADLEDADLQLERREMDADWDAEVDELAAIYRGRGLDEELSRT
VAVQLMEYNALEAHARDELGINIHTTAKPTLAALSSAASFSVGGIFPLLTSLITPLEYLS
LVLPIATMFFLGMLGFVGAHIGGAKRVRAILRAVVLGLLAMAATALVGRLLEIHALSLQY
AI
>1-300000_109 [162155 - 160464] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MAINSSDKWTVIAICLILGILLAFILMFWLERFRVIIKSNAHKHDPSDKRQIWLEKYYLF
VRQIYTYLVTHKVILTLIAVPVVFAISIPFIGMQTPASSHGKQTTQVSTGNWSKNAVAAR
LGFLACGLYVTSYFFSIKNNPFALLLISSHEKMNYVHRRLSQYAIMIGAIHGFAYIGLAA
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RRCVVYMKVCVAVYVFDRGCRMLRSFLNRSKFDVVLVEDDLIYMKGPRPKKSFFGLPWGA
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HLTNSYPVEEVSSLNSQSARNYSLQYLNGRPDVNDYFKDFLHATGTQTAALASCGSDKLL
RHLKSCVNTHSPSTVDLYQHYEEI
>1-300000_110 [152746 - 151817] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MKIIIDTDPGQDDAITALLAIASPEIELLGVTTVAGNVPVSMTTRNALQMLDLAGRPDIP
VYAGSNKPLLRAPITATHVHGASGFEGAVLPPPSRKENEGHAVDFIIDTLRNNEPGTITI
CTIGPLTNIALALNKAPEVIQRAKQIVMMAGAFSEVGNITPAAEFNIYVDPHAAQMVLSS
GIPIVMMPLDITHQLHTSAKRIARMEALPNRVGPVVAAWLRMEKAYEAKKYGTDGGPLHD
PNTVMWLLRPDIYSGRKVNVQIETQSELTMGMSVVDWWQVGLLPANVTFLRTVDDDEFYE
VLIERLGRLP
>1-300000_111 [140084 - 138528] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MMNYVKSLGTYNTRNMEKESSKDLVQNEDTPLPVQKISMSLFHEIVFVFIACTAQLMTQA
GLGQSIAPNNIIGKSLGTTNPGQLSWFPASYSLTVGTFILIAGRLGDIYGHKKMFVLGYI
WFCIWSLISGFSYYAKSVIMFDVCRALTGIAPAFLLPNALALLGRVYPPGKKKNLIFALF
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DYLGAFFGVSGLVLINFSWNQGPVVGWQVPYVYILLIIGFLSLVVFVLVEKRVVQPILAP
SMMNSEMGCVLICVAAGWACFGIWMYYLWQFLENLRFATPLLVTAQLTPVGISGCAAALT
TGYLLKRLKPTKIMVVSMIAFTVGTILIATAPIHQTYWAQTFVSIIVTPWGMDMSFPAAT
LMLSDFVPKQHQGIAASLVSTVVNYSISIGLGIAGTVETHLNHKGVDLIRGYRSAWYMGT
GFGGLGVCVAILTVFASYLKVGQQKSPKFPLIMKNTKAV
>1-300000_112 [134980 - 134609] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTFTIQWMFETTQKDDGDNGTSKSSETLEGKNQRNKSTTTVQFTTFRSNGGGHWIITTNT
NTKQPTPAEHPHHFRKGGMDTFRHGNQKNSGDNNNNHFFTVDKFTAKEISHKTKHQLTKD
ITNV
>1-300000_113 [119328 - 118255] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MNSLKSLCLKCIVTLCLLVNAFAFDYASLQEQDENLLAACPQYITIYTNGPVPGTTTIYP
TSNVASNTSENYPYTGSKSLSSSSILSNSTISTSSSTPITASVPTSSSILSNSTIPTTSP
VPTTSSTPTSSSILSNSTIPSSSSISASTITTTIISGSTQFTTTFVDQSIDTVEVVIPTA
GYITTTLTSGSSYPVSTTTLQTVSGTQSGLVEVITPSCGCNPENSFHLRLVGDSINPSYV
YKNTNVSDPDEGNMYTSTEGNTEAVNVFYYDPTVERILTCDCVRPVYTIYTDDPDSSFDI
IKNNNGTFTFVESSSGEIQTLHVSQYGALWITSPEYDGETGGMDDVGFRADDVILVAY
>1-300000_114 [113048 - 111312] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSAKDYDFDIESVLPEEKAPQVSEAKKDYISQESTVLSGQVDFVEPEHKGFFQNLIDGFK
PAREADGNGGPALKRGLSTRHMQLMSIGGAIGSGLYVGSGSALADGGPASVIINYILIGI
MMFFVIYALGEMAVAYPVAGSFNTYATRFIDPAWGFAVSWNYFFNYFVTFPFELTTCAIT
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VPTDHRGYIGGSIIKQKPFRHGFKGFCSVYTTAAFSFSGTEIVGLAAAEVGDPRKTLPGA
VKQVFWRVAIFYIVSLILIGLLISPDDPKLMGNGSASVSPFVLAIQEANIKGLPSVFNAV
IIISVISVTNSSTYTAGRTLHGMANLKQAPAFFKYTDRLGRPLIAMIVVLSFGFFAYINE
ANNNGNDISDTVFDWLLAISGLSNFFTWGSICLSHIMFRLAFKKQGHSLKELGFVSPMGI
WGSVIGLGFNILCLMAEFYVSLFPIGGSPNANDFFQGYLAACITLVFFIGYKIYDRSHIP
SLDKLDITTGLKTYEYEETKDSSDTGRFRFFKKIINTVC
>1-300000_115 [101140 - 100004] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSWFYRFFIRDYQNCWMVSIMGTGLSANVLHNFPFAARWLRICSYIMFGFALVCLFTNTI
VFFFKHTIYRGTLIQKEEFIDVPNTLFLGCYTMGFQSCINMLCFLSSQSSPQGWINFLYI
LWIFSVAMSFFTAWVIFSTILTKRAKIEFSTFLPTILLPIVPLTVAASTGSVVIETFSTR
LNKKIILNTIVTSFICWSNAIALGFCIIACILWRMIFFKVPARALIFTQFVPIGVLGQGA
FGIIMQAINAKTFALSYYQQIPMIEFYSNCVLVQSLILSLFLISFGYFFTFFAVFSVINY
GFRHKFTVAWWAMTFPLGTMSISNTQLSKVTNIIFFRVIGAIYGTALILITIVCIVGNTI
MAIQKLKSETSSKNLVGII
>1-300000_116 [98381 - 97245] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSWFYRFFIRDYQNCWMVSIMGTGLSANVLHNFPFAARWLRICSYIMFGFALVCLFTNTI
VFFFKHTIYRGTLIQKEEFIDVPNTLFLGCYTMGFQSCINMLCFLSSQSSPQGWINFLYI
LWIFSVAMSFFTAWVIFSTILTKRAKIEFSTFLPTILLPIVPLTVAASTGSVVIETFSTR
LNKKIILNTIVTSFICWSNAIALGFCIIACILWRMIFFKVPARALIFTQFVPIGVLGQGA
FGIIMQAINAKTFALSYYQQIPMIEFYSNCVLVQSLILSLFLISFGYFFTFFAVFSVINY
GFRHKFTVAWWAMTFPLGTMSISNTQLSKVTNIIFFRVIGAIYGTALILITIVCIVGNTI
MAIQKLKSETSSKNLVGII
>1-300000_117 [95622 - 94486] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSWFYRFFIRDYQNCWMVSIMGTGLSANVLHNFPFAARWLRICSYIMFGFALVCLFTNTI
VFFFKHTIYRGTLIQKEEFIDVPNTLFLGCYTMGFQSCINMLCFLSSQSSPQGWINFLYI
LWIFSVAMSFFTAWVIFSTILTKRAKIEFSTFLPTILLPIVPLTVAASTGSVVIETFSTR
LNKKIILNTIVTSFICWSNAIALGFCIIACILWRMIFFKVPARALIFTQFVPIGVLGQGA
FGIIMQAINAKTFALSYYQQIPMIEFYSNCVLVQSLILSLFLISFGYFFTFFAVFSVINY
GFRHKFTVAWWAMTFPLGTMSISNTQLSKVTNIIFFRVIGAIYGTALILITIVCIVGNTI
MAIQKLKSETSSKNLVGII
>1-300000_118 [92863 - 91727] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSWFYRFFIRDYQNCWMVSIMGTGLSANVLHNFPFAARWLRICSYIMFGFALVCLFTNTI
VFFFKHTIYRGTLIQKEEFIDVPNTLFLGCYTMGFQSCINMLCFLSSQSSPQGWINFLYI
LWIFSVAMSFFTAWVIFSTILTKRAKIEFSTFLPTILLPIVPLTVAASTGSVVIETFSTR
LNKKIILNTIVTSFICWSNAIALGFCIIACILWRMIFFKVPARALIFTQFVPIGVLGQGA
FGIIMQAINAKTFALSYYQQIPMIEFYSNCVLVQSLILSLFLISFGYFFTFFAVFSVINY
GFRHKFTVAWWAMTFPLGTMSISNTQLSKVTNIIFFRVIGAIYGTALILITIVCIVGNTI
MAIQKLKSETSSKNLVGII
>1-300000_119 [85431 - 83770] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MAFNKQAESKKPNFLVIVADDLGWSDVSPFGSEIHTPNIERLAKEGVRLTNFHTASACSP
TRSMLLSGTDNHIAGLGQMAETVRRFSKVWGGKPGYEGYLNDRVAALPEILQEAGYYTTM
SGKWHLGLTPDRYPSKRGFKESFALLPGGGNHFAYEPGTRENPAVPFLPPLYTHNHDPVD
HKSLKNFYSSNYFAEKLIDQLKNREKSQSFFAYLPFTAPHWPLQSPKEYINKYRGRYSEG
PDVLRKNRLQAQKDLGLIPENVIPAPVDGMGTKSWDELTTEEKEFSARTMEVYAAMVELL
DLNIGRVIDYLKTIGELDNTFVIFMSDNGAEGSVLEAIPVLSTKPPVKYFDNSLENLGNY
NSFIWYGPRWAQAATAPSRLSKGFITEGGIRCPAIIRYPPLIKPDIISDEFVTVMDILPT
ILELAEVPHPGHKFQGRDVVIPRGKPWIDHFVHGKPVHKDTDFSGWELFGQRAIRKGNYK
AIYVPKEGIKTEWELYDLSQDKGELENLAKVHPDILNELIEYWLVYEAETGVVTAPDDFV
AENVGLFKPAKHNL
>1-300000_120 [65514 - 64672] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MFAQALHWLTTSKLRYALALPFLFFILYTKTKKSKEQELENYIFSLPREKLDQIRGKPDE
VINVIDEYVEQGHFLMNIGKLKGKIISEKIQQVKPKVMIELGGYVGYSAILFGKQLTDPS
AHYYSLEVNPKFAKIASKIIDLAGLSNKVTIIVGKATDSLVELRRSLPNVIPSFEYLDFV
FIDHWKDLYVPDLRVMETLDLIGQGSIIAADNILRPGVPEYVKYVQGSLDYRKEYDSTVS
NVNGPQFIGKWNIIYKSKTIKVDDGKREKDAVEITEYIEAK
>1-300000_121 [60993 - 60556] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MEISFKSYIHKELPVPIKISPLFEESGNWPCDCAMDLSSTEKLFPDYDFSSCYDDIYPLR
RGLYGTTYDENYCRAQKPLKHLASLHEKNIVVVTHSVYLRFLLREQRPEDNMNFMPPEKV
FRNCEIRKYNLCHTGFQWELIPLIDN
>1-300000_122 [59646 - 58327] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTTIQKIYSRSIYDSRGNPTVEVELTTELGTFRSMVPSGASTGEWEAKELRDNDKNKWGG
KGVTIAVHNVNNIIGPALVKSDIKITDQRGIDEFMIKLDGTNDKSKLGANSIVGVSMAVA
RAAAAFLKIPLYEYIGKLAGSKTTECIPVPSFNVLNGGRHAGGDLAFQEFMIMPIKAPTF
SEGLRWGSEVYHTLKALAKKKYGASAGNVGDEGGIAPDLTTAEEALDLVNEAIKEAGYDG
KVKIGFDVAASELYNGKLYDLDFKSEHPKPENKLDYKKLYEKYSALIEKYPIVFIEDPFS
EEDWGAFSYMSSKTKVEVIADDLTVTNVKRLSKAIELKCANALLVKINQIGSLSETIDAA
NMAKKAGWGLMVSHRSGETDDSFIAHLAVGLEAGQMKSGAPCRSERLAKYNELLRIEDNL
GDSAIYAGTRAADYIKSNTL
>1-300000_123 [56785 - 55853] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MLLTQSYFCIMSMLGTLARLGLTALNTYPGAPFSGLLWVQFVGCVIMGFCQTESVFFPRP
KHNATFLLAITTGFCGSLTTFSSWMLQMFTGMANLDPFERRGRGYSFLSVVSDFMVTMCI
AMSSLIWGKQIGKTTGQWRIGKVAFAWPIPAHTHIVVRVLLLLLSICFFVGAAFYTAYTT
NVTHRGIGFSLIFSPFAALTRLYLARFLNSPQYFIPYGTLCANVFATLLLSIMYMIPQIT
HCTPVSRSVMYGIQNGFCAVLSTLSTFSNELHTMPIKRAYIYCIISVAISFSICVIVDGA
TAWGHGYTEKY
>1-300000_124 [55567 - 54500] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MWGFIVTCGIFLVLLCQLRLLSKRKSKSTPYNALLPNVTVFAMGGTIAGCANSSLEIVNY
IPGSVGIEKLIEAVPAIKAIANINGVQVTNMGSENLTPADVLKLAKLILAEVAKPNVHGI
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RGTLVLLNDRIGSAFYTTKTNGNTLDTFKSYEAGSLGIVLNQKPFYFFSPAVPTGKVFFD
IYNIKQLPRVDILYGYQGLNPKLAESAVHLGAKGLVLAAMGATSWTDDGNEVISSLIREH
NIPVVYSHRTAEGYSSNSCLGIPSYFLNPQKARYMLMLAISSGYSIRDIEGLFSIK
>1-300000_125 [50885 - 49146] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MNIPEFISVRNLNDDSSSIEFFGPASNISFVNQLNHYLRKAERNGYDFLSEGQNDITPEE
ERKGLEKFGMKLMVLKDNANNFDFSLSNITTEKMNGLLIAYLETWHIPCPIFKAEDLFNL
SVRTWKNPSASVHDKALLYLILSIGSAASYFDLQSNSSTLPLARGFFNLALRTVPHIFTE
LSLDAIRIVFFMSVSAGNLGDTALSYLYSGTAVRMSLAIGLHKCKNFSNDLSDKYQNIRL
WVSVWQWEGYWSFCVGRPSCSRQDIPIPAVPNEAFSFSGYGEHGRFLINHEHMRLRVFFS
SCCSKIQSEIYSTNRNLLSVLQTVEQISKEVDKEYFSSTNHQLIRSEIGEYCKTLDINSC
REWFWIRIYYLYLKLMIFRPFLIFLAYVNISKTSAPDDIIEGLKRGSDQCVQEAIDISKF
IVQLNRKVRMLQPIFFICTYLESACTVLLFYIASNSAKIQGQLATEIWAVLRDTCSFLQG
SSGPYVGSVSTIAKDALESLNNILVSKKYQDNSVNNTYFDKVMQHVLVHSPAFDDSSDPK
FETNRSETPTQYTLDDSANDELMIPDLQGFWEQTLDWINN
>1-300000_126 [48767 - 48420] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MIASIEFPDNVCIAVLFHNSRNICLILYTWFPKSHHSFTVIGFLNILSETKRLTTETTGS
PVFWLSLLISNLASAEKTLTTVSSISFWKGMLISITSYPDFSKTATTSFKARIMGG
>1-300000_127 [46831 - 44813] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MEPILNQGYGYGFALGLGAAFALLMAIITKVLTACMGQTQNSERFSTASRSVKSGLISSS
TVSAWTWPATLLSSGAWSYTYGIMGGFMYGVGGTIQITLFLFLAIQIKKKAPAAHTVSEC
FFIRFGKLGHCVYLFYCISTNVLVSSLLLLGGSQGFSSTTGMNTVAACFLLPLGVMVYTT
LGGLKATFISDWIHTVMIYIILIVTCYTVYCSSSLIGSPAKMYDMLKEVQEVYPATGGQS
YLSFKNSEMMYLTWSVMIGGLSSVFGDPGYSQRAIASDAKSVFQGYLMGGLCWWIIPMAL
GSSAGLACRALLLNPASVTYPNVLSSVEISSGLPVIYGMASIFGKSGAAAGLVMLFMSIT
SATSAELIAFSSVTTYDIFRAYINPAANGKQLVRTAHLSVIGFSLFIGALSVGFNYAGVT
AGWLLTFLGIILTPEVSAVTLCLFWNKMTRFSLVVGAPFGTITGVVCWLASTYSFCDGIV
NKDTVMTSKACFVGNIVSMASSPLYIVLLSYIWPDKETFDLNQFRNITVGDDIDTTELNA
IVSQLKDERILKLQTYWSIGINLFILIGCYVIIPTALLGSNHDLSKSSFSGLIIVCLIWI
LVAAIYIILFPLWQGRKSLANVISHIIRLKAPENILLDGLTPKQSSEDVGDATSFHMDKL
DKEKEKSSELKTA
>1-300000_128 [40143 - 38590] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MRDFQSRFADRYNQITNSYSYSSSRQGLITGMVNVGSFFGCLLSSPVADKIGKRLSIIVW
TTVYLIGIIIQVTTVPSWVQILVAKIWTGLSIGALSVITPGYQSEVAPAIMRGAIVTTYQ
LFITLGIFIAACINMGTHKYSHGTTAQWRISIGINLLWGIITLVGIIFLPESPRYLIAIG
KDDEALKIMCYNNDLPLEHEIIQTEYHTIKSDCDAELAGGPARWPEIFNANIRYRTFLGM
AVMMFQQLTGANYYFYYGTQVFRGTGMDSPYLAALIPDAVNCGCTFGAIFVLEFFGRRSP
LIVGGIWQYICFFIYAAVGDRALYHKNGTSNHRAGAVMIVFSCLFIFSFSQTWAPAAYVI
VGESYPVRYRSKCAAVATSANWFWNFLISFFTPFITNSIGFKYGYIFASCNLTGAAIIFL
FVHETKGRTLEEINTMYASNLKPWMPHPEGYREFGREQNNATLKSHIGLNGETTELIENT
DNQGDSGSFQTSTPDDSRPEQNQASATYIRPDKREPRL
>1-300000_129 [35654 - 35304] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MQTRKVVHFWSFSYYPRKYYGAIFIKKSKFLGFIVRNHSCKVLSFMMNIHSWIALCKTQL
PVTIFFIIVSIRNNLYSFRPVITSDFKVRIIEQGCLGITGRSRLALISTLVLIFFTI
>1-300000_130 [27444 - 27139] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MNLVHGTMELKHSFQWNMWELTCWMGFHPISLAFITMIMQVLLWALQLLYSTLFFLTGMK
MSKRMIPITIFFMRFLKIFLSIKMILLLIPILTKIILLPIPL
>1-300000_131 [28372 - 26333] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MYVNYIGLFAFVQISLTLAYPPGRVEISEIYDFEESSSYKGQDIDTSVLYTLSKRKPALV
KRSTDASYAPFNVTCSNDNLLRPASEGLNEGEQSYINKRISKVNSELRSFISKTGLNVDL
DKVVNSSDGPRLGIAFSGGGLRAMVNGGGAFNAFDSRFESDSPLSGLLQSAMYISGLSGG
SWLVGSVAINNFTNITYLRDNVWNLEHSVFAPHGDNVIENLNYYNDLRKEIDQKKHAGFD
CSLTDLWGRALSRKLVDAERGGPGITYSSMRNQSWFQNADYPYPIIVADSRLEEETAIPA
NTSIFEFTAYEFGTWDNGIKAFIPMEYVGTHLLDGVPPDKSCIHNYDNAGFVMGTSATLF
NSFLLDWNENVKKNDTYYDILHAILEDLSKHQDDIAPYPNPYQNYTTSNTSVVNAFEPYD
TIDLVDGGEDRENIPLWPLLHPQRFVDVVFAIDSTYNDPYGWPLGSSIVATYERVVTFNA
NKSVDVRGFPYIPDENTIISLGLNTRPTFFGCDGKNTTAGNHDVDNNTPPLLVYFPNYPW
TYYSNISTFTMSMDDKMANGILENAFMSTTQNNNESFAVCLACAIIQRSLERKKLSTPTQ
CSSCFQEYCWDGTLATSTASVYDPTVMSAATTSRAPSGTTSGTASSTTSSSVCSQKFTLI
KLFFFSSLTFVLGSISHSHS
>1-300000_132 [23529 - 22282] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MNFFLYFRTIFLIQLYFFNYSTFGCSASSTSVQSDTTNQVSVSCPKYTTIYTSGTSPDTK
TIYPESTSTKSITTSTQSHSSPVIVVSTVGTVTETTISGSTEYTTTIPAEGITSGTVEIV
EPTAGTVTETITSGTLPFTTTLAQASGTVSGTVEIVSPKNNPTTVYSGTVATTETFSSST
VVVIPTAICDGVRGLEYAVYDYTISSSMNEFCYPKNGQTDVFAFNEPAYFGSSDLDQSSP
LFTGVFSSTDDIPEWASSWYLPPYPPQASDMASTYCACKVIVYQFFLRIPETDTYTLVVN
NVDDVFFGWFGDKAISGWSNNNFDAYSYWHESPNMGLGTVGMGNFTVGNYPEGYFLPVRF
VVANGAYIGGFDFYFTSDSTGPLATTSYSYTKTCTQQFLPFGQGNGGVNGPTEKLS
>1-300000_133 [16592 - 15984] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MFKNLIFLFFIGLATAIRFNLTDLECSRLRGPHCGTYLLKVVGTNATYVGEKSFIGLDAL
TESKGEFFQRMLEQEPRLIPRLFTIAENDTANFTPLTFTTYLKTCNPQSIENAMIPFVNT
VTSEISFDAWAYTAQNSSRITGLSNQLMNSTLYNVQVATCTPGFSALLLDSPTINVFNNE
EGMPSWCQPIELTPVCPLDEGFN
>1-300000_134 [14563 - 14087] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MAMKTAEKSPRVMDMYIKPLIPGLKSYEDFQTSEKAISTKFIIPYIEPMVQATHIKMGWE
SKIEIGFFILNKINNFISSCLPVRRNATGSFSPISPYFSNFLRLRTGGYVSFSNKKAQNK
LNPDKINRIQNSHCQPIELWLINPEIIGAIPGPIERTVK
>1-300000_135 [4474 - 4118] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MTALMNHIYIDNPLISNSTNNVTHELLIDLHELYNDGEISRIVLLRTLVTQSADDATWII
NLTDDVLNGLPLLKKRDRYTTQCHSTNMASTYDCDTGANAVGARGGATLAADYRGDWGG
>1-300000_136 [693 - 307] (REVERSE SENSE) Schizosaccharomyces pombe 972h- chromosome II, complete sequence
MSIEFDDSSRHNMNMTQLMQLGAFDRRSGDDFMVQDFKNGIRDCSGIPVNNRNLAFKAYD
AVKQKYDSSIKVFNIQDITIKGATWQHHNCQSTGKWYSQLYDYQNTFIGKQEYNILFDCY
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor explorer » 2010-12-31 11:33 @523

Perldesesperada escribiste:No se si conocerá el programa getorf de EMBOSS. Consiste en hacer un programa idéntico.
Sí, lo conozco. No es fiable, al menos la versión de hace un tiempo, porque, aunque muestra bien la longitud del último ORF encontrado, en el caso de que la secuencia de partida termine en un codón de terminación de ORF, lo incluye, como si fuera un ORF abierto.

Los autores del programa fueron informados, pero nunca me contestaron.

Perldesesperada escribiste:El resultado de mi programa tiene que aparecer en un fichero, pero en el de ejemplo he visto que aparecen los ORF fragmentados en líneas de 60 y además aparecen ordenados por la posición de inicio, sea cual sea el marco de lectura utilizado; esto en la cadena normal y luego también con la inversa complementaria.
Para cortar la secuencia en bloques de 60, puedes hacerlo con subtr(), por ejemplo.

Para que salgan ordenados los valores de un array, puedes usar sort(), pero aquí tienes un problema: la ordenación solo afecta a un array. No puedes influir en los otros array, por lo que si ordenas cada uno por separado, se descompensarán (el elemento 0 de cada uno quizás no corresponda con el primer ORF ordenado).

Debes agrupar la información de cada ORF (inicio, final, longitud) en una sola estructura de datos, para luego ordenarla, y luego mostrarla al exterior.

Un solo array o un solo hash sería suficientes, con valores que sean a su vez un array que contenga el inicio, fin y longitud de cada ORF. Y la clave del hash o el índice del array serán los que marque la ordenación de ese ORF.

Pero bueno, hay otras formas de hacerlo. Bueno, la verdad es que no hay muchas, quizás una media docena.

Sin ver tu código, es difícil ayudarte.
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor Perldesesperada » 2011-01-03 09:57 @456

¡¡Muchas gracias!!

Al final he hecho con dos hash porque no sabía cómo hacerlo en uno solo, pero espero que me funcione.

Después de editar reiteradas veces el bucle por el que comenzó mi duda, y que le expuse anteriormente sigue sin funcionarme.

Me imprime el siguiente error:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
Argument "GATCTCGCAACTCTTAATAAAGCTAATTCCTGCTAATTCGCTATACACTAAATCTT..." isn't numeric in subtraction (-) at bioinfo.pm line 102.
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


No tengo ninguna resta en la línea 102, ni en sus alrededores. ¿Cree que está bien hecha para que en el array final contenga las posiciones de inicio y fin?

Te paso la subrutina (la línea 102 es en la que comienza el bucle do-until).

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. sub posiciones_inicio_y_final {
  2.  
  3.   my ($dna,$posicion)=@_;
  4.  
  5.   my @posiciones; #contendrá posición de inicio, posición de fin, posición, de inicio, de fin,...
  6.   my $elementoarray=0;
  7.   my $codoni='';
  8.   my $codonf='';
  9.   my $posicioncodoni='';
  10.   my $posicioncodonf='';
  11.  
  12.  
  13.   do {
  14.     $codoni = substr($dna,$posicion,3);
  15.  
  16.     if ($codoni =~ m/ATG/g) {
  17.         $posicioncodoni = $posicion +1;
  18.         push (@posiciones, $posicioncodoni);
  19.      
  20.         $posicion+=3; #para leer a partir de donde a encontrado el codón de inicio
  21.  
  22.         do {     
  23.               $codonf=substr($dna,$posicion,3);
  24.               if ($codonf =~ m/TAA|TAG|TGA/g) {
  25.                 push (@posiciones,$posicion); #no le sumo nada porque así ya tiene la posición del elemento anterior de la búsqueda en la forma de contar de los biólogos
  26.               }else{
  27.                 $posicion += 3;
  28.               }
  29.        
  30.         }until(scalar @posiciones == ($elementoarray + 2) or $posicion > (length $dna -2));
  31.    
  32.         #$posicion está situado en el nucleótido anterior al codón de fin para que al sumarle tres posteriormente inicie la búsqueda del nuevo codón de inicio a partir de este codón de fin
  33.         $elementoarray+=2; #dos porque salta la posición final que sería el siguiente elemento
  34.         $posicion += 3;
  35.     }else{  
  36.         $posicion += 3;
  37.     }
  38.   }until ($posicion > ((length $dna )-2));
  39.  
  40.   return @posiciones;
  41. }
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Gracias :?
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor explorer » 2011-01-03 10:21 @473

El error está en la línea
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1.         }until(scalar @posiciones == ($elementoarray + 2) or $posicion > (length $dna -2));
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

La "resta" está en el length $dna - 2. Debes cambiarlo a length($dna)-2
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Re: Posiciones de inicio y fin de ORF

Notapor Perldesesperada » 2011-01-03 17:06 @754

Gracias, gracias, gracias. :)
¡¡Este foro es genial!!
Voy a cambiarlo y seguramente que me toque volver a pasarme por aquí...
Gracias de nuevo
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Paro en el terminal

Notapor Perldesesperada » 2011-01-04 09:52 @453

¡¡Hola de nuevo!!
He ido a ejecutar el programa completo para ver si me daba algún error más o que pasaba al fichero, y se me para el terminal después de introducir el nombre del programa seguido de los argumentos que le paso por línea de comando.
No me sale tampoco nueva línea de escritura en el terminal, es decir, como si hubiera finalizado el programa, si no que para que me salga tengo que utilizar Ctrl+C y al comprobar el fichero de salida veo que está vacío.

¿Tiene idea de qué ocurre? ¿Puede ser error de memoria, de código o.. de qué? (Estoy utilizando el VMWare Virtual Player, no tengo instalado Linux).
Adjuntos
pantalla.png
pantalla.png (55.54 KiB) Visto 1621 veces
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