Pero no estás hablando de una aplicación, sino de que quieres que se ejecute un programa cuando se detecte una determinada pulsación en el teclado.
Yo he hecho exactamente lo mismo (acceso al porta papeles, modificación, y dejar el resultado en el propio porta papeles). Y para ejecutarlo, uso los atajos del teclado personalizados que ofrece el entorno KDE, así que no he tenido que hacer nada más que decir qué atajos usar y qué programas lanzan cada atajo.
Por ejemplo, el siguiente programa pone las marcas de acceso a CPAN de un módulo, dado el nombre del módulo:
Using bash Syntax Highlighting
#!/bin/bash
MODULO=$(xclip -o)
echo -n "<a href="http://search.cpan.org/perldoc?$MODULO" class="postlink"><span style="font-weight: bold">$MODULO</span></a>" | xclip -i
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GeSHi 1.0.8.4
¿No tiene Windows un sistema parecido de definición de atajos de teclado?