Foro - Perl en Español

por **mguajardo88** » 2011-01-11 11:00 @500

Tengo un gran problema; recién estoy aprendiendo Perl y necesito ayuda con esto:

Lo que quiero es leer la primera línea de mi primer archivo y que compare el primer string con
el primer string de cada línea de mi segundo archivo y si son distintos lo guarde en un nuevo archivo
de salida y así continúe con cada línea hasta recorrer todo mi primer archivo.

Los archivos son más o menos así, aunque un poco más largos XD.

Primer archivo de está forma:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209    1

FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1

FBgn0005278_intergenic_FBgn0031219    1

FBgn0259818_intergenic_FBgn0031227    1

FBgn0086902_intergenic_FBgn0022246    1

FBgn0022246_intergenic_FBgn0031238    1Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Segundo archivo de esta forma:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

_intergenic_FBgn0069969    50472    50480

_intergenic_FBgn0069969    50743    50751

_intergenic_FBgn0069969    50828    50836

_intergenic_FBgn0069969    51845    51853

_intergenic_FBgn0069969    52161    52169

_intergenic_FBgn0069969    52741    52749

_intergenic_FBgn0069969    52777    52785

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    266    274

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    366    374

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    719    727

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    853    861

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    1044    1052

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    1163    1171

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    70    78

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    445    453

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    505    513

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1770    1778

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1775    1783

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1803    1811

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1865    1873

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    2180    2188

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    3549    3557

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    4018    4026

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    4152    4160

_intergenic_FBgn0031208 5815    5823

_intergenic_FBgn0031208 6434    6442

_intergenic_FBgn0031208 6826    6834

_intergenic_FBgn0031208 6866    6874

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209      1       9Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Bienvenido a los foros de Perl en Español, mguajardo88.

Se trata de un problema muy común y que en estos foros se ha tratado en más de una ocasión. Usa el sistema de búsqueda para encontrar más referencias.

Aquí tienes una posible solución. La salida, según los ficheros de ejemplo indicados, está al final.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use common::sense;                      # sentido común
use autodie;                            # y sacrificio
use File::Slurp;                        # sin dejar de chupar
 
## Leer ficheros
my @primer_archivo  = read_file('fichero_primero.txt');
my @segundo_archivo = read_file('fichero_segundo.txt');
 
## Transformación del segundo archivo
for my $linea (@segundo_archivo) {
       $linea = (split " ", $linea)[0]; # Nos quedamos solo con
                                        # la primera cadena de cada línea
}
 
## Apertura del fichero de diferencias
open my $fichero_diferencias, '>', 'fichero_diferencias.txt';
 
## Comparación
for my $linea (@primer_archivo) {
    my $primera_cadena = (split " ", $linea)[0];
    
    unless ($primera_cadena ~~ @segundo_archivo) {   # a menos que la $primera_cadena esté en el @segundo_archivo,
        print $fichero_diferencias $linea;           # lo escribimos en el $fichero_diferencias
    }
}
 
## Cierre del fichero de diferencias
close $fichero_diferencias;
 
__END__
FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1
FBgn0005278_intergenic_FBgn0031219    1
FBgn0259818_intergenic_FBgn0031227    1
FBgn0086902_intergenic_FBgn0022246    1
FBgn0022246_intergenic_FBgn0031238    1
 
Coloreado en 0.005 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **mguajardo88** » 2011-01-13 10:28 @478

¡HEY! Te pasaste. Me sirvió millones...
Seguiré con el resto

por **mguajardo88** » 2011-11-04 10:34 @482

Hola nuevamente. Retomando este tema me nació una duda, no sé si alguien me puede ayudar

Si quisiera hacer la misma comparación, pero esta vez buscar las similitudes, cambio el unless() por un if(), ¿cierto? ¿Y si quiero imprimir en el archivo de salida ambas líneas, es decir, la del archivo 1 y del archivo 2 que son coincidentes?

¡Saludos!

por **explorer** » 2011-11-04 10:43 @488

Primera pregunta: cierto.

Segunda pregunta: supongo que se resolvería abriendo en modo escritura un segundo fichero, donde guardar las que son coincidentes. O cambiar de nombre el fichero que aparece en la línea 17. Le pones 'fichero_equivalentes.txt', por ejemplo.

por **mguajardo88** » 2011-11-04 11:03 @502

¡Gracias! Mi pregunta va a cómo le paso ambas líneas para copiarlas en el fichero de salida.

Acá -> print $fichero_diferencias $linea;

¿Cómo identifica las líneas de ambos ficheros?

por **explorer** » 2011-11-04 11:11 @508

El formato del fichero de salida lo tienes que definir tu.

¿Quieres que salga las dos líneas una continuación de la otra? Pues haces dos print(), uno por cada línea, hacia el fichero de salida.

¿Que quieres otro formato? Pues entonces tendrás que diseñar un print() que cumpla con ese formato.

Por otra parte, ¿para qué quieres sacar dos líneas que son idénticas, en el mismo fichero?

por **mguajardo88** » 2011-11-04 11:15 @510

¡Es que las líneas no son idénticas! Tienen el primer campo igual y el resto es diferente como los archivos de ejemplo que están arriba. Por eso mi consulta iba a que si ambas reciben el nombre $linea cómo identifico para copiar ambas. No sé si soy clara

Sinceramente, hasta yo me confundo.

por **explorer** » 2011-11-04 11:43 @530

La línea original se pierde, quedándose solo en el primer campo (línea 12).

Quizás si pones qué fichero de salida debe salir, dados los dos primeros ficheros del primer mensaje de este hilo, nos aclararemos.

por **mguajardo88** » 2011-11-04 11:52 @536

¡Justamente! Bueno, lo que yo consulto es algo como esto:

archivo1:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209    1

FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1

FBgn0005278_intergenic_FBgn0031219    1

FBgn0259818_intergenic_FBgn0031227    1

FBgn0086902_intergenic_FBgn0022246    1

FBgn0022246_intergenic_FBgn0031238    1Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

archivo2:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

_intergenic_FBgn0069969    50472    50480

_intergenic_FBgn0069969    50743    50751

_intergenic_FBgn0069969    50828    50836

_intergenic_FBgn0069969    51845    51853

_intergenic_FBgn0069969    52161    52169

_intergenic_FBgn0069969    52741    52749

_intergenic_FBgn0069969    52777    52785

FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1      9  

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    266    274

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    366    374

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    719    727

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    853    861

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    1044    1052

FBgn0069969_intergenic_FBgn0085793    1163    1171

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    70    78

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    445    453

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    505    513

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1770    1778

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1775    1783

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1803    1811

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    1865    1873

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    2180    2188

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    3549    3557

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    4018    4026

FBgn0085793_intergenic_FBgn0085582    4152    4160

_intergenic_FBgn0031208 5815    5823

_intergenic_FBgn0031208 6434    6442

_intergenic_FBgn0031208 6826    6834

_intergenic_FBgn0031208 6866    6874

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209      1       9Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Archivo de salida:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209    1

FBgn0002121_intergenic_FBgn0031209    1       9

FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1

FBgn0026787_intergenic_FBgn0005278    1      9Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Espero ahora ser un poco más clara.

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