Foro - Perl en Español

por **infor_v** » 2011-01-14 12:02 @543

Estoy haciendo un programa con Perl para buscar ORF en una secuencia de ADN. Mi problema es que para buscar los codones que necesito he utilizado muchos bucles for() que me dan problemas. He intentado sustituirlos por bucles while() o do-until() pero dan bucles infinitos, por lo que creo que debería utilizar los bucles for(), pero tengo que encontrar la manera de solucionar los errores.

En concreto el problema con los bucles for() es que la última llave que utilizo para cerrar el bucle me la interpreta mal y me sale la siguiente frase al ejecutar:
useless use of private variable in void context at...

¿Alguien sabe cómo puedo solucionar esto?

A continuación pongo unos de los bucles for() que me dan error:

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Using perl Syntax Highlighting

for ($posicion; $posicion < length($secuencia)-2; $posicion += 3) {
 
    $codones2 = substr($secuencia, $posicion, 3);
    if (($codones2 =~ /ta[ag]|tga/i) and ($posicion-$inicio > $ARGV[1])) {
        push ( @$pos_inicio, $inicio);
        push ( @$pos_paro , $posicion);
        last;
    }
    else {
        next;
    }
}
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Agradecería cualquier ayuda.

Bienvenido a los foros de Perl en Español, infor_v.

Por lo pronto, yo veo que $inicio no cambia en ninguna parte, así que en la línea 5 estás guardando siempre el mismo valor. Y la segunda parte de la condición de la línea 4, juraría que es '<' en lugar de '>', pero como no sé lo que es $ARGV[1], pues nada...

por **infor_v** » 2011-01-14 15:13 @675

Gracias por la respuesta, pero el problema no era con ninguna de esas variables, y el signo de $ARG[1] es correcto, ya que se refiere a longitudes mayores de la que entro por teclado.
Ahora pongo la subrutina entera para que se vea mejor.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

sub posiciones {
my ($secuencia, $posicion, $pos_inicio, $pos_paro) = @_;
 
my $inicio = 0;
my $codones2 = '';
 
$inicio = $posicion;
for ($posicion; $posicion < length($secuencia)-2; $posicion+=3){
                
                                $codones2 = substr($secuencia, $posicion, 3);
                                
                                if (($codones2 =~ /ta[ag]|tga/i) and ($posicion-$inicio > $ARGV[1])){
                                
                                push ( @$pos_inicio, $inicio);
                                push ( @$pos_paro , $posicion);
                                
                                last;
                                
                        } else {
                        next;
                        }
                        
                        
        }
return $posicion;
}
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

pero el problema sin duda está en la última llave, que la toma como una variable.

por **wanako** » 2011-01-14 21:15 @927

Es complicado entender tu código, muchas variables que no se reutilizan y el valor de retorno es también un valor como argumento, es más claro usar constantes 'use constant => tal cosa', pero para evitar el warning es simple, a Perl no le gusta que escribas variables que no varían:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

###for ($posicion; $posicion < length($secuencia)-2; $posicion+=3)
for ($posicion=0; $posicion < length($secuencia)-2; $posicion+=3)
### o tal vez
for ($inicio=$posicion; $posicion < length($secuencia)-2; $posicion+=3)
### etc
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-01-15 08:54 @412

Sigues sin variar la posición inicial.

El resumen de tu código es:
* Estoy buscando por las secuencias finales de los ORF,
* y cuando los encuentro,
* guardo un 0 (la posición inicial), y
* guardo la posición final.

Como ves, algo falla en ese razonamiento.

Debería ser:
* Busca por una secuencia inicial de ORF
* Si lo he encontrado, comienzo a buscar la secuencia final del ORF (es decir, necesito tener aquí otro bucle)
* Si lo he encontrado,
* guardo la posición inicial, y
* guardo la posición final.

En el hilo Más problemas con los ORF tienes una solución así.

por **infor_v** » 2011-01-15 11:33 @523

Las variables sí que varían, pero la culpa ha sido mía ya que no he puesto la subrutina que me da las posiciones de inicio. A continuación voy a poner todo el código que busca inicio y paro, y dentro de las de paro invoca otra subrutina "proteinas" que será la que me traduzca si la longitud entre inicio y paro es mayor de lo que le meto por teclado.

He conseguido que me imprima las posiciones de inicio y paro para un marco de lectura, pero no son las correctas, son valores bastante más bajos.

Y sigo sin solucionar mis problemas con los bucles for(): cada vez que hago uno de estos bucles me da problemas en la última línea (la llave de cierre del bucle).

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

my $posicion = 0;
 
for ( $posicion; $posicion < length($secuencia) - 2; $posicion += 3 ) {
 
    $codones1 = substr( $secuencia, $posicion, 3 );
 
    if ( $codones1 =~ /atg/i ) {
 
        @proteinas1
            = posiciones( $secuencia, $posicion, \@pos_inicio1, \@pos_paro1 );
 
        next;
 
    }
 
}
 
print ABRIR "estas son las posiciones de inicio @pos_inicio1\n";
print ABRIR "estas son las posiciones de paro @pos_paro1\n";
 
sub posiciones {
    my ( $secuencia, $posicion, $pos_inicio1, $pos_paro1 ) = @_;
 
    my $inicio    = 0;
    my $codones2  = '';
    my @proteinas = ();
 
    $inicio = $posicion;
    my $longitud = 0;
 
    for ( $posicion; $posicion < length($secuencia) - 2; $posicion += 3 ) {
 
        $codones2 = substr( $secuencia, $posicion, 3 );
 
        $longitud = $posicion - $inicio;
 
        if ( $codones2 =~ /ta[ag]|tga/i ) {
 
            unless ( $longitud <= $ARGV[1] ) {
 
                push( @$pos_inicio1, $inicio );
                push( @$pos_paro1,   $posicion );
 
                @proteinas = traducir( $secuencia, $inicio, $posicion );
 
                last;
            }
        }
        next;
    }
 
    return @proteinas;
}
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-01-15 15:06 @671

El aviso Useless use of private variable in void context at ... es debido a lo que te comenta wanako: estás usando una variable en un sitio, pero sin hacer nada con ella. Se refiere a las expresiones

for ( $posicion; ...

Ahí, $posicion no hace nada, y Perl te da un aviso de que ha encontrado una variable que no hace nada, lo cual puede ser un síntoma de un error de escritura.

Reescribe el código así:

for ( ; ...

es decir, sin variable. O mejor aún, cuando tengas algo como

my $posicion = 0;
for ( $posicion; ...

si no vas a usar el valor de $posicion después del bucle for() (es decir, que solo vas a usar $posicion dentro del bucle for()), lo puedes dejar mejor así:

for ( my $posicion = 0; ...

Es decir: utilizas la primera parte de la expresión del for(), la de inicialización, para justamente hacer eso: declarar e inicializar la variable $posicion.

En cuanto al último código que has presentado...
* las líneas 12 y 49, sobran (un next al final del bucle no sirve para nada)
* en la línea 44 estás traduciendo @proteinas, pero eso lo haces cada vez que encuentras un ORF, así que el valor de @proteinas va cambiando, con lo que el return() de la línea 52 devuelve las @proteinas traducidas del último ORF encontrado.

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