Foro - Perl en Español

por **akire** » 2011-01-31 20:32 @897

Hola, ¿qué tal?

¿Podrían orientarme en el siguiente código?

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/local/bin/perl
 
open(my $file, $ARGV[0]) or die "no se pudo abrir\n"; #abrir archivo
 
while (<$file>){
 
if(/>/)
{
$_=~ s/>|length=|uaccno=/,/g;
 
print "proyecto$_";
 
 }elsif (/^[ATGCNatgcn ]+$/) {
 
          print ",$_";
 
  }  
}
 
close (FH);
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Obtengo una salida:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

proyecto,000359_0207_2153 ,64 ,GK7VQPO01ASH53

,CGTATGTAAATGGTTCTTGCTTCTCCCTCCCTAATGATAAGACAGGCACTGATGGCGCGAColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Pero necesito que esto se imprima en una sola línea, ¿cómo puedo realizarlo?

Agradecería mucho tu atención.

#!/usr/local/bin/perl
 
open (my $file, $ARGV[0]) or die "no se pudo abrir\n"; #abrir archivo
 
while (<$file>) {
    chomp;
    if (/>/) {
        s/>|length=|uaccno=/,/g;
        print "proyecto$_";
    } elsif (/^[ATGCNatgcn ]+$/) {
        print ",$_\n";
    }
}
 
close (FH);
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **akire** » 2011-01-31 21:47 @949

Esta es mi entrada:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>011056_1155_3243 length=278 uaccno=FJY9U6Q05C3Q5P

ACAGATGGTGCAGCCACTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGA

CCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACTTCAAATTCCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGG

CCTACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTAAACCCTGTTCTTGGGT

GGGTGTGGGTATAATACTAAGTTGAGATGATATCCCCACGTACTCTGCGTTAATACCACTGCTGATGG

>038113_1085_1147 length=278 uaccno=FJY9U6Q05CXKA1

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCCTTGGGCCCGAAACGTCCCGAGGAGT

AGTGTAATATTGGGTGACAGAAATAAAGTGCCACATCTTCAGCCTGCAGGTTGTTGATGGTGAGAGTAAA

AATCTGTCCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTCAGGGACCCCCGGATTTTCGGGTAGATGCCCAGTAAA

TGAGTAACTTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTG

>032842_1076_2582 length=273 uaccno=FJY9U6Q05CWSYW

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGAGTAGTGT

AATATTGGTGACAGAAATAAAGTGCCACATCTTCAGCCTGCAGGTTGTTGATGGTGAGAGTAAAATCTGT

CCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTAAGGGACCCCGGATTTTCGGGTAGATGCCCAGTAAATGAGTAAC

TTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTGTAA

>035360_1188_0754 length=273 uaccno=FJY9U6Q05C6LI8

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGAGTAGTGT

AATATTGGTGACAGAAATAAAGTGCCACATCTTCAGCCTGCAGGTTGTCGATGGTGAGAGTAAAATCTGT

CCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTCAGGGACCCCGGATTTTCGGGTAGATACCCAGTAAATGAGTAAC

TTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTGTAA

>037701_1198_2734 length=273 uaccno=FJY9U6Q05C7IN0

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTTCGTTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGAGTAGT

GTAATATTGGTGACAGAAATAAAGTGCCACATCCTCAGCCTGCAGGTTGTTGATGGTGAGAGTAAAATCT

GTCCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTCAGGGACCCCGGATTTTTCGGGTAGATGCCCAGTAAATGAGT

AACTTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTG

>038393_1092_1471 length=273 uaccno=FJY9U6Q05CX6OH

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGAGTAGTGT

AATATTGGTGACAGAAATAAAGTGCCACATCTTCAGCCTGCAGGTTGTTGATGGTGAAAGTAAAATCTGT

CCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTCAGGGACCCCGGATTTTCGGGTAGATGCCCAGTAAATGAGTAAC

TTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTGTAA

>020783_1407_3060 length=273 uaccno=FJY9U6Q06DPVGM

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGAGTAGTGT

AATATTGGTGACAGAAATAAAGTGCCGCATCTTCAGCCTGCAGGTTGTTGATGGTGAGAGTAAAATCTGT

CCCAGCCCCGCTGCCACTGAATCGGTCAGGGACCCCGGATTTTCGGGTAGATACCCAGTAAATGAGTAAC

TTAGGAGGCTGTCCTGGTTTCTGCTGGTACCAACCTAAGGCGTTCTTATTATTGGAGGTGTAA

>030129_1147_3027 length=272 uaccno=FJY9U6Q05C21PH

ACAGATGGTGCAGCCACAGTTCGTTTGATTTCCACCTTGGTCCCTTGGCCGAACGTCCGAGGGGTACTGT

AACTCTGTTGACAGTAGTAAGTTGCAAAATCTTCAGGTTGCAGACTGCTGATGGTGAGAGTGAAATCTGT

CCCAGATCCATTGCCACTGAACCTTGAGGGGACCCCCACTTTCTAAAATGGACGCAGCATAAATCAGGAC

CCTAGGGGCTTTCCCGGGTTTTGTTGGTACCAGCCCAATTGATTCCCAATGCCCTGACTTCGColoreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-01-31 22:32 @981

Según los datos que das, esta podría ser una solución:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
 
open (my $file, $ARGV[0]) or die "no se pudo abrir\n";  # abrir archivo
 
my $salida;
 
while (<$file>) {
    chomp;
 
    if (/^>/) {
        print "$salida\n" if $salida;   # pinta la anterior secuencia, si la hubiera
 
        s/^>| length=| uaccno=/,/g;
 
        $salida = "proyecto$_";         # nueva secuencia
    }
    elsif (/^[ATGCNatgcn ]+$/) {
        $salida .= ",$_";               # acumulamos bases
    }
}
 
close ($file);
 
print "$salida\n" if $salida;           # pinta última secuencia, si la hubiera
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **akire** » 2011-02-01 11:21 @515

¡¡¡¡Muchas gracias!!!!

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