Foro - Perl en Español

Hola,

He intentado instalarme en Linux un módulo con el siguiente comando:

porque es necesario para un programa, pero no lo encuentra.


Al final lo he encontrado en la página del desarrollador y me lo he bajado como un archivo "BPlite.pm". Pero no encuentro por ningún lado cómo instalar este módulo. ¿Alguien me puede ayudar?

Gracias

D.

Según veo, Bio::Tools::BPlite forma parte de la distribución bioperl, así que instalándola tienes acceso a ese paquete.

No te vale de nada instalarte sólo este paquete. Si miras el código fuente verás esto:



Así que el módulo depende de esos paquetes, que a su vez dependerán de otros... y todos estarán dentro de la distribución de Bioperl.

Sí, puedes intentar instalarles uno a uno, pero a lo mejor tardas menos si intentas instalar solo bioperl.

En cambio, si tienes la fortuna de que el número de dependencias sea bajo, y que los módulos están escritos en puro Perl, entonces con dejarles colgando en el mismo directorio donde quieres hacer el programa, te vale para empezar a usarlos.

Pero... siendo bioperl tan grande... sospecho que no será así.

Gracias, explorer, por tu respuesta pero no consigo avanzar.

Las versiones que tengo de Perl y Bioperl son las siguientes:



Dentro de CPAN he intentado instalar el módulo pero me da el mismo error: que no lo encuentra. Por si acaso he probado a instalar por ejemplo el módulo Bio::SeqIO y no tengo problemas por lo que asumo que no es un problema de instalación.

Al ejecutar el programa desde su localización me da el siguiente error:



por lo que he copiado el módulo BPlite.pm tanto en el directorio donde cuelga el programa como en el directorio /usr/local/lib64/perl5 que dice el programa que lo busca. Pero al volver a ejecutarlo me da el mismo error.

¿Se te ocurre alguna otra cosa?

Bueno, ya encontré lo que pasa...

* Bio::Tools::BPlite pertenece a la distribución bioperl (atento a las minúsculas), que, su última versión, es la v1.4 del 23 de diciembre de 2003. En cambio,

* lo que tu tienes instalado es la distribución BioPerl (atento a las mayúsculas), cuya última versión es la v1.6.1, del 29 de septiembre del 2009. Entonces,

* en bioperl, sí que está incluido el módulo Bio::Tools::BPlite, pero en BioPerl, no. De hecho, en la propia página de bioperl.org comentan que esos módulos ya no están soportados.

Eso quiere decir que tienes, al menos, las siguientes alternativas.

1.- Desinstalas el BioPerl, e instalas el bioperl. Aunque eso suponga poner una versión muy antigua de los módulos, si tu programa está concebido para usar esos módulos viejos, funcionará.

2.- Seguir con el BioPerl moderno y editar y actualizar el programa para que las búsquedas dentro de los ficheros BLAST se hagan con los módulos Search y SearchIO, tal como se indica en esta sección del Tutorial (justo encima de donde dicen que Bio::Tools::BPlite ya no está soportado).

3.- Buscas una versión moderna del programa 2.1_blat_from_database.pl que use los módulos modernos.

4.- Intentas instalar Bio::Tools::BPlite con la esperanza de que aún funcione en el BioPerl moderno. El mensaje de error te dice dónde está perl buscando el módulo. Fíjate que el último directorio donde va a buscarlo es en '.', que es el directorio actual donde te encuentras. Pero no está buscando BPlite.pm, sino la ruta completa Bio/Tools/BPlite.pm. Debes crear el árbol entero, sustituyendo cada '::' del nombre del módulo en un nivel más de profundidad de subdirectorios. También puedes, siendo root del sistema, instalarlo en alguno de los directorios propios de perl, que también ves ahí. Por ejemplo, podría ser en /usr/lib/perl5/site_perl/Bio/Tools/BPlite.pm. O crear la variable de entorno PERL5LIB con el valor de un directorio local tuyo, donde colocarás todo el árbol Bio/ que contenga los módulos que quieras usar.

Para comprobar si un módulo está bien instalado (perl lo encuentra, lo puede leer, y lo puede interpretar), solo necesitas escribir:

perl -MBio::Tools::BPlite -e 1

Si no sale nada, es que todo va bien.

Si se trata de un programa viejo que estás intentando ejecutar, yo buscaría primero resolverlo con la opción 3, y sino, una instalación con la opción 4, que dices que has hecho, pero que no te ha funcionado.

¿Cómo has intentado instalar el Bio::Tools::BPlite?

Gracias de nuevo, explorer, por tu ayuda y paciencia.

Para intentar instalar el módulo he hecho lo siguiente:



Estuve mirando la opción de usar el PPM pero después de leer un rato lo desestimé.

Voy a probar a hacer lo que sugieres en el punto 4 que me parece lo más rápido para probar. En cuanto al punto 3 se supone que el programa es del 2010 y es la última versión. Ya he escrito al creador del programa pero desgraciadamente (para mí, claro, no para él) está de vacaciones hasta el día 13, en los Alpes para más información (¡lo dice en su autorespuesta!)

Gracias

D.

Efectivamente: con el comando cpan no puedes instalarlo por lo comentado en mi primera respuesta.

Si quieres bajarlo desde CPAN, tienes que navegar por el sistema de ficheros de bioperl en CPAN:

http://cpansearch.perl.org/src/BIRNEY/bioperl-1.4/

Ahí ves una carpeta llamada Bio/. Dentro está la Tools/. Y dentro el BPlite.pm y su subdirectorio BPlite/ asociado.

Una forma "rápida" de resolverlo es que te bajes toda la carpeta Bio/ a tu directorio de trabajo, al mismo nivel donde se encuentra el programa.

Hay una opción más para indicar la ruta al directorio donde queremos poner nuestros propios módulos.

Supongamos que te bajas toda la Bio/ a /home/danusol/desarrollo/blast/, y que el programa 2.1_blat_from_database.pl está ahí (o en cualquier otro sitio). Para que el programa encuentre a Bio::Tools::BPlite, editas el programa y al principio de todo pones:

use lib '/home/danusol/desarrollo/blast/';

Así, le estás indicando a perl dónde tiene que buscar módulos extra a los que hay en el sistema.

Gracias explorer,

La opción de colgar el módulo en el directorio donde lo busca ha funcionado a la perfección. Las otras opciones me las voy a ir mirando.

Un saludo,

D.