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Comparación de listas

Perl aplicado a la bioinformática

Comparación de listas

Notapor biomacaco » 2011-02-21 17:47 @782

Hola a todos:

Tengo varias listas con un número variable de elementos. Quiero comparar las listas con menor número de elementos contra las listas que tienen mayor número de elementos. Si todos los elementos de la lista con menor número de elementos están contenidos en la lista con mayor número de elementos quiero imprimir el nombre de dicha lista en un archivo de salida.

Este es el script que he desarrollado hasta el momento. Soy nuevo en cuestiones de programación. Ojalá puedan ayudarme. ¡Gracias!

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #! usr/bin/perl
  2.  
  3. # fatache.pl compara las listas generadas por programa.pl (*.bcl) para eliminar las listas con menor numero de elementos,
  4. # pero con los mismos elementos que contienen las listas con mayor numero de elementos
  5.  
  6. open( KOLIST, "/home/daniel/Desktop/queries/kolist" )
  7.     || die("unable to open kolist");
  8.  
  9. while ( $ko = <KOLIST> ) {
  10.     chomp($ko);
  11.     print("$ko\n");
  12.     <STDIN>;
  13.     open( GN, "/home/daniel/Desktop/bcl/$ko.gene" )
  14.         || die("unable to open $ko.gene");
  15.     while ( $gene = <GN> ) {
  16.         chomp($gene);
  17.         print("***$gene***\n");
  18.         open( OCDGN, "/home/daniel/Desktop/queries/$ko/ordenados/$gene.ocd" )
  19.             || die("unable to open $gene.ocd");
  20.         @ocdgenes = <OCDGN>;
  21.         chomp(@ocdgenes);
  22.         $ocdscalar = @ocdgenes;
  23.         print("$ocdscalar\n");
  24.         <STDIN>;
  25.         open( OCDLIST, "/home/daniel/Desktop/queries/$ko/$ko.bcl" )
  26.             || die("unable to open $ko.bcl");
  27.         @ocdlist = <OCDLIST>;
  28.         chomp(@ocdlist);
  29.  
  30.         foreach $ocdelement (@ocdlist) {
  31.             chomp($ocdelement);
  32.             print("+++$ocdelement+++\n");
  33.             open( OCDELEMENTS,
  34.                 "/home/daniel/Desktop/queries/$ko/ordenados/$ocdelement" )
  35.                 || die("unable to open $ocdelement");
  36.             @ocdelements = <OCDELEMENTS>;
  37.             chomp(@ocdelements);
  38.             $ocdelementscalar = @ocdelements;
  39.             print("$ocdelementscalar\n");
  40.  
  41.             #                   <STDIN>;
  42.             if ( $ocdscalar > $ocdelementscalar ) {
  43.                 print("ocdscalar es mayor que ocdelementscalar\n");
  44.                 <STDIN>;
  45.                 $count = 0;
  46.                 print("$count\n");
  47.                 while ( $count < $ocdscalar ) {
  48.                     print("$ocdelements[$count]\n");
  49.                     print("$ocdgenes[$count]\n");
  50.                     <STDIN>;
  51.                     foreach $ocdelements (@ocdelements) {
  52.                         chomp($ocdelemnts);
  53.                         foreach $ocdgenes (@ocdgenes) {  
  54.                             chomp($ocdgenes);
  55.                             if ( $ocdelements =~ /$ocdgenes/ ) {
  56.                                 $count++;
  57.                                 if ( $count == $ocdelementscalar ) {
  58.                                     print(
  59.                                         "$gene.ocd contiene todos los elementos de $ocdelement\n"
  60.                                     );
  61.                                     <STDIN>;
  62.                                 }
  63.                             }
  64.                             else {
  65.                                 last;
  66.                             }
  67.                         }
  68.                     }
  69.                 }
  70.             }
  71.         }
  72.     }
  73. }
  74. exit;
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Re: Comparación de listas

Notapor explorer » 2011-02-21 19:03 @835

Bienvenido a los foros de Perl en Español, biomacaco.

¿Podrías publicar un pequeño ejemplo de las entradas, para poder ejecutar tu programa?

Por otra parte, comentarte que chomp() quita los caracteres de final de línea. Pero solo es necesario hacerlo una vez. Una vez que se lo has quitado a una línea, no es necesario volver a ejecutarlo.

Quiero decir que las líneas 31, 52 y 54, sobran.
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Re: Comparación de listas

Notapor biomacaco » 2011-02-21 20:24 @892

Hola, explorer:

Muchas gracias por recibirme, la ayuda y los comentarios.

Anexo algunos archivos "entrada.zip" y "ordenadosX.zip" para ejecutar fatache.pl
Adjuntos
ordenados4.zip
(69.08 KiB) 166 veces
ordenados3.zip
(171.57 KiB) 155 veces
ordenados2.zip
(190.69 KiB) 175 veces
ordenados1.zip
(197.1 KiB) 182 veces
entrada.zip
(118.84 KiB) 139 veces
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Re: Comparación de listas

Notapor explorer » 2011-02-22 17:53 @787

Te pedí un ejemplo PEQUEÑO, no que me enviaras todo. Y además, no está todo. No están los ficheros .gene ni los .ocd.

Y ¿por qué hay 4 ficheros "ordenados"? Según el código, solo hay una carpeta llamada "ordenados".

En cuanto a buscar un array dentro de otro, hay varias soluciones. Las más cómodas consisten en usar módulos como Set::Scalar, Set::Array o incluso Array::Utils.
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