Foro - Perl en Español

Saludos.

Soy un estudiante de Bioingeniería y estoy viendo una electiva que es bioinformática.

El problema es que el profesor asume que de antemano somos programadores expertos y varios compañeros no tenemos ni idea de la programación básica, y por lo menos por mí, hace años que no uso la programación y estoy casi nulo en el tema. Con Perl he hecho tareitas pequeñas, scripts y cositas sencillas, pero esta vez no sé qué hacer, ya sí quedé grave.

El punto es este: debo crear un script que cree 3 cadenas aleatorias de ADN con un número determinado de caracteres (esto está hecho). Lo que sigue es traducir la cadena a ARN (o sea, cambiar los aminoácidos por los correspondientes y las T por U; hecho), pero esto debe hacerse ¡¡en los 6 marcos de lectura del ADN!! (http://es.wikipedia.org/wiki/Marco_abierto_de_lectura)

Yo ni recordaba de biología que eran esas cosas. En los foros los identifican como ORF. La parte difícil del asunto es que no tengo la mas mínima idea de cómo cortar una cadena de ADN de esas 6 formas, o bueno, las 3 primeras por lo menos, las otras 3 son transcripciones de las 3 primeras y ya eso sí lo sé hacer, pero cortar el ADN en esos 3 marcos de lectura no tengo la más remota idea de qué comandos usar o qué estructura de control me permita obtener lo que busco.

Uds. saben más de esto que yo, les agradecería si me pudieran colaborar.

¡¡Muchas gracias!!

Bienvenido a los foros de Perl en español, danielruiz13.

Por aquí hemos hablado bastante del tema de los ORF. Si usas el sistema de búsqueda de estos foros encontraras bastantes ejemplos de código referente a cómo extraer esos marcos de lectura.

En resumen: puedes usar la función substr() para extraer la secuencia, a partir de la base 0, la 1 y la 2. Esto lo puedes hacer en un bucle parecido a este: