Foro - Perl en Español

Hola, quería preguntaros si es posible contar repeticiones (secuencias cortas de bases, p.ej. de 4-6 bases) en un genoma completo a través de la creación de una aplicación web escrita en Perl, de manera que las repeticiones a buscar se introduzcan individualmente en un formulario HTML creado para ello y éste remita la petición a través del enlace a un CGI-Perl diseñado para que la envíe a la base de datos Genbank donde se encuentra la secuencia del genoma completo sobre el que realizar la búsqueda o petición de cuenta de repeticiones.

Quería saber si esto es factible, si se puede realizar y funcionaría. Si me pudierais ayudar a diseñar el código HTML y el CGI-Perl lo agradecería, sobre todo en lo que respecta a la conexión con Genbank/genoma completo y la recogida de resultados/cuenta, que es donde más perdido estoy.

Muchas gracias y un saludo.

Bienvenido a los foros de Perl en español, j6163m.

Yo creo que no hay problemas en hacer esto... pero creo que es mucho más cómodo usar alguno de los módulos en CPAN que ya existen que hacen algo así.

Por ejemplo, el Bio::DB::Query::GenBank te permite crear una petición, que la llevará a GenBank, y te devolverá la secuencia.

Así que la complicación (no mucha), es meter todo esto en una envoltura CGI.

Gracias por la rápida respuesta.

Una duda: dices que me devolverá la secuencia. ¿O me devolverá el nº de repeticiones que busco de mi secuencia corta de 4-6 bases que cotejo? ¿Y cómo se mete todo esto en una envoltura CGI? ¿Sería necesario para utilizar este método crear previamente un formulario HTML adaptado? Es que no tengo casi experiencia en aplicaciones y formularios web.

Muchas gracias y un saludo.

j6163m escribiste:¿O me devolverá el nº de repeticiones que busco de mi secuencia corta de 4-6 bases que cotejo?

Eso ya no lo sé. Deberás leer la documentación del módulo.

j6163m escribiste:¿Y cómo se mete todo esto en una envoltura CGI?

Un CGI es un programa que lee, desde su entrada estándar, los argumentos pasados por el usuario, bien desde un formulario, o desde la URL que está solicitando. Y entrega la salida a su salida estándar, que será enviada por el servidor web, hacia el navegador del usuario. Con el módulo CGI, te ahorras algunos pasos intermedios.

j6163m escribiste:¿Sería necesario para utilizar este método crear previamente un formulario HTML adaptado? Es que no tengo casi experiencia en aplicaciones y formularios web.

El formulario puede estar en un fichero HTML estático, naturalmente. También se puede hacer que sea el propio CGI el que lo genere. Y en la generación se puede elegir entre hacerlo de forma directa o usar un sistema de plantillas, tipo HTML::Template.

En la sección Tutoriales (menú superior) de esta página web, tienes unos artículos de introducción al mundo CGI.