Foro - Perl en Español

por **mpar4** » 2011-04-13 13:04 @586

¡Hola!

Soy nueva en este foro y no entiendo mucho de Perl pero tengo que hacer lo siguiente:

Tengo un archivo con unas reacciones y unas enzimas que ya tengo separadas y ordenadas un poco, entonces lo que debo hacer ahora es contar las veces que sale cada enzima, es decir, crear una lista de coincidencias de cada elemento para poder luego separar los elementos más abundantes de los menos abundantes.

Debajo tengo la lista de las enzimas.

Espero que alguien me pueda ayudar porque ¡¡no sé cómo hacerlo!!

Muchas Gracias.

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Using text Syntax Highlighting

Enzims amb reactius-productes comuns:

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE   GUANYLATE KINASE

GLUTAMYL TRNA REDUCTASE GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE       UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE

dihydroxy-acid dehydratase      KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE

MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE   1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE

predicted antiporter of Na+/H+  predicted symporter of Na+/L-glutamate

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE   THYMIDYLATE KINASE

LEUCYL-TRNA SYNTHETASE  BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE      8-amino-7-oxononanoate synthase

DIAMINOPIMELATE EPIMERASE       SUCCINYL-DIAMINOPIMELATE DESUCCINYLASE

GERANYLTRANSTRANSFERASE geranyl diphosphate synthase

RIBOFLAVIN KINASE       RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN

succinate dehydrogenase cytochrome <i>c</i> reductase

malate dehydrogenase    putative peroxidase

cytochrome <i>c</i> reductase   putative CYTOCHROME C PEROXIDASE

PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE- TRANSFERASE      D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME

predicted ATP transporter of an amino acid      cystathionine &beta;-synthase

deoxyinosine phosphorylase      hypoxanthine phosphoribosyltransferase

putative UNDECAPRENYL-PHOSPHATE-ALPHA-N- ACETYLGLUCOSAMINYLTRANSFERASE  UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE PYROPHOSPHORYLASE

ALANYL-TRNA SYNTHETASE  predicted symporter of Na+/L-alanine

ISOCITRATE DEHYDROGENASE        ACONITATE HYDRATASE

BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE      dihydroxy-acid dehydratase

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE      cysteine dioxygenase

DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE    NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE      glycerol-3-phosphate-dehydrogenase-[NAD+]

NAD+ synthase, NH3-dependent    threonine dehydratase (biosynthetic)

UDP-N-ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE SYNTHETASE       UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

threonine dehydratase (biosynthetic)    THREONINE SYNTHASE

D-Amino acid dehydrogenase      ALANINE RACEMASE

putative peroxidase     dihydroorotate oxidase

UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE--N-ACETYLMURAMYL- (PENTAPEPTIDE) PYROPHOSPHORYL-UNDECAPRENOL N-ACETYLGLUCOSAMINE TRANSFERASE    PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE- TRANSFERASE

RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE  RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE

1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase NADH dehydrogenase I

BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III  MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE

ornithine decarboxylase, biosynthetic   arginase

transketolase   PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE

METHIONYL-TRNA FORMYLTRANSFERASE        METHIONYL-TRNA SYNTHETASE

hypoxanthine phosphoribosyltransferase  amidophosphoribosyl transferase

putative peroxidase     malate dehydrogenase

XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE      PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

putative 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE methylmalonyl-CoA mutase

ADENYLOSUCCINATE LYASE  ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE

putative PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE THIOL PEROXIDASE

L-SERYL-TRNA(SER) SELENIUM TRANSFERASE  SERYL-TRNA SYNTHETASE

S-adenosylmethionine synthetase S-ADENOSYLMETHIONINE TRNA RIBOSYLTRANSFERASE-ISOMERASE

GDP diphosphokinase     GUANOSINE-3,5-BIS(DIPHOSPHATE) 3-PYROPHOSPHOHYDROLASE

D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME        UDP-N-ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE SYNTHETASE

ACETATE KINASE  acetoacetyl-CoA transferase

aspartate kinase III    L-asparaginase II

glycerol-3-phosphate-dehydrogenase-[NAD+]       glucose dehydrogenase

predicted symporter of Na+/L-glutamate  predicted antiporter of Na+/H+

SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE methylenetetrahydrofolate dehydrogenase-(NADP+)

3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYL TRANSFERASE   3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase

ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE  ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II

BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE      dihydroxy-acid dehydratase

UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE PYROPHOSPHORYLASE       NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

THREONINE SYNTHASE      HOMOSERINE KINASE

dihydroxy-acid dehydratase      KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE

BIOTIN SYNTHETASE       DETHIOBIOTIN SYNTHETASE

CDP-DIACYLGLYCEROL PYROPHOSPHATASE      CDP-DIACYLGLYCEROL SYNTHASE

1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase Cytochrome oxidase

LYSYL-TRNA SYNTHETASE   DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE

2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE      PHOSPHOGLUCONATE DEHYDRATASE

cystathionine &beta;-synthase   SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

aspartate-semialdehyde dehydrogenase    HOMOSERINE DEHYDROGENASE

TRANSALDOLASE   transketolase

CDP-DIACYLGLYCEROL SYNTHASE     NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

putative THIOREDOXIN REDUCTASE  glutamate synthase (NADPH)

PANTOATE--BETA-ALANINE LIGASE   ASPARTATE 1-DECARBOXYLASE

folylpoly-&gamma;-glutamate synthetase  predicted symporter of Na+/L-glutamate

GUANYLATE KINASE        GMP REDUCTASE

amidophosphoribosyl transferase hypoxanthine phosphoribosyltransferase

GAMMA-GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE    predicted ATP transporter of an amino acid

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE UDP-N-ACETYLMURAMATE--ALANINE LIGASE

UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE  putative UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE

PHOSPHATIDYLSERINE DECARBOXYLASE        PHOSPHATIDYLSERINE SYNTHASE

3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE    3-DEHYDROQUINATE SYNTHASE

DETHIOBIOTIN SYNTHETASE ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

Fumarate reductase      succinate dehydrogenase

UDP-GLUCOSE 4-EPIMERASE UTP--GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE

Fumarate reductase      FERROCHELATASE

PROLYL-TRNA SYNTHETASE  predicted symporter of Na+/L-proline

ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN  carbamoyl phosphate synthetase

PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE      OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE

L-glutamine:D-fructose-6-phosphate aminotransferase     glutamate synthase (NADPH)

GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE        GLUTAMYL TRNA REDUCTASE

aminodeoxychorismate lyase      P-AMINOBENZOATE SYNTHETASE

hydroxymethylglutaryl-CoA synthase      pyruvate formate-lyase 4

glucose dehydrogenase   glycerol-3-phosphate-dehydrogenase-[NAD+]

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE GLUTAMATE RACEMASE

UDP-N-ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE SYNTHETASE       DIAMINOPIMELATE EPIMERASE

triose phosphate isomerase      FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE

PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A        PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE

URIDYLATE KINASE        OROTIDINE 5-PHOSPHATE DECARBOXYLASE

carbamoyl phosphate synthetase  predicted SECONDARY transporter of H+/phosphate

3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase   predicted SECONDARY transporter of H+/phosphate

putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE      NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

putative spermidine synthase    ornithine decarboxylase, biosynthetic

glucose-6-phosphate isomerase   phosphoglucomutase

FOLYLPOLYGLUTAMATE SYNTHASE     SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

phosphoribosylanthranilate isomerase    ANTHRANILATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE       GDP diphosphokinase

3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE    tetraacyldisaccharide 4'-kinase

succinate dehydrogenase Fumarate reductase

TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE

putative UROPORPHYRINOGEN-III SYNTHASE  PORPHOBILINOGEN DEAMINASE

FERROCHELATASE  PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE

cysteine dioxygenase    CYSTEINE SYNTHASE

ANTHRANILATE SYNTHASE COMPONENT II      CHORISMATE SYNTHASE

THIAMINE PHOSPHATE PYROPHOSPHORYLASE    PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE

transketolase   RIBULOSE-PHOSPHATE 3-EPIMERASE

GUANYLATE KINASE        putative DGTP PYROPHOSPHOHYDROLASE

7, 8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE    DIHYDRONEOPTERIN ALDOLASE

3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE    3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE

TRNA (GUANINE-N1)-METHYLTRANSFERASE     PEPTIDYL-TRNA HYDROLASE

glycerol-3-phosphate-dehydrogenase-[NAD+]       triose phosphate isomerase

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE      predicted SECONDARY transporter of H+/alpha-ketoglutarate

CDP-DIACYLGLYCEROL SYNTHASE     1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE

L-glutamine:D-fructose-6-phosphate aminotransferase     TRANSALDOLASE

tetraacyldisaccharide 4'-kinase LIPID-A-DISACCHARIDE SYNTHASE

glutamate synthase (NADPH)      putative THIOREDOXIN REDUCTASE

NADH dehydrogenase I    1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

PHOSPHOPENTOMUTASE      PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

GUANOSINE-5-TRIPHOSPHATE,3-DIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE  GTP pyrophosphokinase

PHOSPHOENOLPYRUVATE SYNTHASE    pyruvate formate-lyase 4

CHORISMATE SYNTHASE     3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYL TRANSFERASE

MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE   acetyl-CoA carboxyltransferase

NAD+ synthase, NH3-dependent    nicotinate-mononucleotide adenylyltransferase

DNA (cytosine-5) methyltransferase      S-adenosylmethionine synthetase

GTP CYCLOHYDROLASE II   PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE

deoxyadenosine phosphorylase    PURINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE

D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME        D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE

DEOXYURIDINE 5-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

cytochrome <i>c</i> reductase   succinate dehydrogenase

GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE SYNTHETASE   amidophosphoribosyl transferase

THIAMINE PHOSPHATE PYROPHOSPHORYLASE    HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE

pyruvate formate-lyase 4        hydroxymethylglutaryl-CoA synthase

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE   UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE--N-ACETYLMURAMYL- (PENTAPEPTIDE) PYROPHOSPHORYL-UNDECAPRENOL N-ACETYLGLUCOSAMINE TRANSFERASE

DIHYDROPTEROATE SYNTHASE        aminodeoxychorismate lyase

THIOL PEROXIDASE        putative PEPTIDE METHIONINE SULFOXIDE REDUCTASE

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE   POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

pyruvate formate-lyase 4        FORMYLTETRAHYDROFOLATE HYDROLASE

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase-(NADP+) 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ENOLASE 2,3-BISPHOSPHOGLYCERATE-INDEPENDENT PHOSPHOGLYCERATE MUTASE

TRYPTOPHANYL-TRNA SYNTHETASE    TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN

VALYL-TRNA SYNTHETASE   BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

PSEUDOURIDYLATE SYNTHASE I      PHOSPHOPENTOMUTASE

putative CYTOCHROME C PEROXIDASE        cytochrome <i>c</i> reductase

ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE       BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYL TRANSFERASE   SHIKIMATE KINASE I

GMP SYNTHETASE  XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

DETHIOBIOTIN SYNTHETASE arginine decarboxylase, biosynthetic

GUANOSINE-3,5-BIS(DIPHOSPHATE) 3-PYROPHOSPHOHYDROLASE   GDP diphosphokinase

GTP pyrophosphokinase   NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

cysteine dioxygenase    catalase

DIHYDROPTEROATE SYNTHASE        7, 8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE

putative PHOSPHOLIPASE A1       putative diacylglycerol cholinephosphotransferase

INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE    phosphoribosylanthranilate isomerase

phosphoglucosamine mutase       L-glutamine:D-fructose-6-phosphate aminotransferase

1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase putative PYRROLINE-5-CARBOXYLATE REDUCTASE

GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE 2,1-AMINOMUTASE        GLUTAMYL TRNA REDUCTASEColoreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Nombre de coincidencies: 161

Imprimir aquellas enzimas de las cuales tenemos menos información:

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Using perl Syntax Highlighting

$VAR1 = 'ENZRXN1FC-75266';
$VAR2 = 'RIBONUCLEASE HII';
$VAR3 = 'ENZRXN1FC-75295';
$VAR4 = 'putative TYPE II RESTRICTION ENZYME';
$VAR5 = 'ENZRXN1FC-2391';
$VAR6 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe';
$VAR7 = 'ENZRXN1FC-75278';
$VAR8 = 'ATP-DEPENDENT PROTEASE LA';
$VAR9 = 'ENZRXN1FC-2401';
$VAR10 = 'predicted UNKNOWN transporter of Ni';
$VAR11 = 'ENZRXN1FC-2353';
$VAR12 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe';
$VAR13 = 'ENZRXN1FC-75183';
$VAR14 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR15 = 'ENZRXN1FC-75404';
$VAR16 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR17 = 'ENZRXN1FC-2410';
$VAR18 = 'predicted UNKNOWN transporter of urea';
$VAR19 = 'ENZRXN1FC-2363';
$VAR20 = 'predicted UNKNOWN transporter of Mg2+';
$VAR21 = 'ENZRXN1FC-75265';
$VAR22 = 'METHIONINE AMINOPEPTIDASE';
$VAR23 = 'ENZRXN1FC-75330';
$VAR24 = 'TYPE I RESTRICTIONENZYME';
$VAR25 = 'ENZRXN1FC-2377';
$VAR26 = 'predicted UNKNOWN transporter of L-proline';
$VAR27 = 'ENZRXN1FC-75410';
$VAR28 = 'DNA GYRASE SUBUNIT B';
$VAR29 = 'ENZRXN1FC-75280';
$VAR30 = 'putative TYPE III RESTRICTION ENZYME';
$VAR31 = 'ENZRXN1FC-2388';
$VAR32 = 'predicted UNKNOWN transporter of Long-Chain-Fatty-Acids';
$VAR33 = 'ENZRXN1FC-75422';
$VAR34 = 'SIGNAL PEPTIDASE I';
$VAR35 = 'ENZRXN1FC-2386';
$VAR36 = 'predicted UNKNOWN transporter of C4-dicarboxylate';
$VAR37 = 'ENZRXN1FC-75120';
$VAR38 = 'putative TYPE II restriction enzyme';
$VAR39 = 'ENZRXN1FC-75181';
$VAR40 = 'putative TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR41 = 'ENZRXN1FC-75319';
$VAR42 = 'putative TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR43 = 'ENZRXN1FC-75289';
$VAR44 = 'putative RIBONUCLEASE P PROTEIN COMPONENT';
$VAR45 = 'ENZRXN1FC-75179';
$VAR46 = 'TYPE III RESTRICTION ENZYME';
$VAR47 = 'ENZRXN1FC-2375';
$VAR48 = 'predicted UNKNOWN transporter of glycine betaine';
$VAR49 = 'ENZRXN1FC-75129';
$VAR50 = 'DNA TOPOISOMERASE I';
$VAR51 = 'ENZRXN1FC-2384';
$VAR52 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe';
$VAR53 = 'ENZRXN1FC-75403';
$VAR54 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR55 = 'ENZRXN1FC-75182';
$VAR56 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR57 = 'ENZRXN1FC-75440';
$VAR58 = 'RIBONUCLEASE III';
$VAR59 = 'ENZRXN1FC-2370';
$VAR60 = 'predicted UNKNOWN transporter of beta-D-galactose';
$VAR61 = 'ENZRXN1FC-2390';
$VAR62 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe2+';
$VAR63 = 'ENZRXN1FC-75331';
$VAR64 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR65 = 'ENZRXN1FC-75329';
$VAR66 = 'TYPE I RESTRICTION ENZYME';
$VAR67 = 'ENZRXN1FC-2364';
$VAR68 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe';
$VAR69 = 'ENZRXN1FC-2361';
$VAR70 = 'predicted UNKNOWN transporter of Co';
$VAR71 = 'ENZRXN1FC-2408';
$VAR72 = 'predicted UNKNOWN transporter of L-serine';
$VAR73 = 'ENZRXN1FC-75305';
$VAR74 = 'DNA GYRASE SUBUNIT A';
$VAR75 = 'ENZRXN1FC-75194';
$VAR76 = 'putative O-SIALOGLYCOPROTEIN ENDOPEPTIDASE';
$VAR77 = 'ENZRXN1FC-75121';
$VAR78 = 'LIPOPROTEIN SIGNAL PEPTIDASE';
$VAR79 = 'ENZRXN1FC-2392';
$VAR80 = 'predicted UNKNOWN transporter of Fe';
$VAR81 = 'ENZRXN1FC-75302';
$VAR82 = 'putative TYPE II RESTRICTION ENZYME';
$VAR83 = 'ENZRXN1FC-2366';
$VAR84 = 'predicted UNKNOWN transporter of nicotinamide mononucleotide';
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

¿No tienes algún código ya hecho?

El trabajo consistiría en abrir el fichero, leerlo por línea, cada línea partirla por los tabuladores y extraer la parte que nos interesa, que luego meteremos como clave en un hash, incrementando en uno su valor correspondiente.

Al final, recorrer las claves del hash, sacando los valores en el orden deseado (usar sort()) para ello.

por **mpar4** » 2011-04-15 10:24 @475

Sí tengo un programa ya empezado porque antes de esto he tenido que hacer otras cosas con este fichero y lo tengo dentro de un hash. Te pongo aquí lo que tengo de programa:

No sé cómo lo hacéis eso de pegar un trozo de fichero porque no me deja adjuntar nada, no sé si te sirve así pero eso es lo que tengo de programa.

¡¡Espero que puedas ayudarme un poquito, muchas gracias!!

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
##  SCRIPT PER EXTREURE EL CODI, EL NOM I CADA REACCIO DEL ARXIU "enzymes.col"
 
use strict;
use Data::Dumper;                      ## Llibreria de visualitzaciÃ³ de dades complexes
 
## Data::Dumper es un modul que ve inclos en totes les distribucions Perl.
## Serveix, entre altres coses, per fer un bolcat del contingut de les variables.
## Aixi podem saber amb que estem treballant i si ho estem fent be.
 
## Inici de declaracio de variables
 
my %estruct
    ;                                  ## estructura buida DEREFERENCIADA -> tal i com estÃ  declarada no representa res, es a
my $HoHoA
    ;                                  ## dir fins que no REFERENCIEM la variable aquesta no serÃ  ni '$', ni '@' ni tan sols
## un '%'
 
## Amb aquestes variables anirem jugant amb les dades referents a CODIS, NOMS i REACCIONS
 
my ( @codi, @rx_separades, @productes_separats, @reactius_separats );
my ( $codiEnzim, $nomEnzim, $reaccions, $reactius, $productes, $clauR, $clauP,
    $coincidencies );
my ( %hash_de_R, %hash_de_P );
 
sub ExtraccioEnzymes {
 
    open( enzyme, "enzymes.col" ) or die("Error!\n");
 
    while (<enzyme>) {
        chomp;
        if ( $_ =~ /^ENZ/ ) {
 
            @codi = split( /\t/, $_ );
 
            ## Fem una seleccio del que volem que s'imprimeixi o no per pantalla
 
            if (   ( $codi[1] =~ /^predicted UNKNOWN/ )
                or ( $codi[2] =~ /^\s\s=/ ) ) {
 
                ## Aqui carregarÃ­em l'estructura
                %estruct->{ $codi[0] } = $codi[1]
                    ;                  ## Es carrega l'estructura amb totes aquelles linies que no tenen REACCIO
 
            }
            else {
 
                ## Aquest es el CAS IDEAL :: CODI + NOM + REACCIO
 
                $codiEnzim = "@codi[0]";    ## Ho transformem tot a string
                $nomEnzim  = "@codi[1]";
                $reaccions = "@codi[2]";
 
                ## Passem cada REACCIO a format ARRAY
 
                @rx_separades = split( /=/, $reaccions )
                    ;                  ## Fem un SPLIT del string buscant el '=' per separar en un ARRAY reactius i productes
 
                ## Assignem cada valor de la var @rx_separades a $reactius i $productes
 
                $reactius = "$rx_separades[0]";
                my @sense_HTML = split( /<\S+>(\S+)<\S+>/, $reactius )
                    ;                  ## Treiem del string $reactius totes les formes corresponents a :: <sup></sup>,SUB></SUB>
                $reactius = join( "", @sense_HTML )
                    ;                  ## Juntem aquells components dels reactius que han quedat separats
 
                #########################################################################
 
                $productes = "$rx_separades[1]";
                @sense_HTML = split( /<\S+>(\S+)<\S+>/, $productes )
                    ;                  ## Treiem del string $productes totes les formes corresponents a :: <sup></sup>,SUB></SUB>
                $productes = join( "", @sense_HTML )
                    ;                  ## Juntem aquells components dels productes que han quedat separats
 
                ## Segons s'ha comprovat hi han estructures del tipus: <i>XX</i> en la part del nom (p.ex: cytochrome <i>c</i> reductase)
                ## Per tant tambÃ© tractarem la variable $nomEnzim:
 
                if ( $nomEnzim =~ /<\S+>/ ) {
                    my @nom_sense_HTML
                        = split( /<\S+>(\S+)<\S+>/, $nomEnzim );
                    $nomEnzim = join( "", @nom_sense_HTML );
                }
 
                ## Separem cada component dels reactius i dels productes
 
                @reactius_separats
                    = split( /\s\+\s/, $reactius );    ## Separem cada reactiu
                @productes_separats
                    = split( /\s\+\s/, $productes );  ## Separem cada producte
 
                ## Els arrays @reactius_separats i @productes_separats contenen espais en blanc de mÃ©s, i els volem eliminar
 
                foreach (@reactius_separats) {
                    $_ =~ s/\s\s//g;   #Elimina espais en blanc dels reactius
                }
                foreach (@productes_separats) {
                    $_ =~ s/\s\s//g;   #Elimina espais en blanc dels productes
                }
 
                ## Creem el array dins el hash dins un altre hash {Hash of Hash of Array} (HoHoA)
 
                $HoHoA->{$codiEnzim}{$nomEnzim}{P} = [@productes_separats];
                $HoHoA->{$codiEnzim}{$nomEnzim}{R} = [@reactius_separats];
 
                ## Descarreguem la informacio de l'estructura $HoHoA:
 
                foreach my $i ( @{ $$HoHoA{$codiEnzim}{$nomEnzim}{R} } )
                {                      ## Descarreguem els REACTIUS i els afegim com a KEYS d'un hash on tenim: {reactius} = nomEnzim
                    $hash_de_R{$i} = $codi[1];
 
                }
                foreach my $z ( @{ $$HoHoA{$codiEnzim}{$nomEnzim}{P} } )
                {                      ## Descarreguem els PRODUCTES i els afegim com a KEYS d'un hash on tenim: {productes} = nomEnzim
                    $hash_de_P{$z} = $codi[1];
 
                }
            }
        }
    }
 
    close(enzyme);
 
    ## Fem la comparacio de productes i reactius ##################################################
 
    ## Assignem les claus de %hash_de_R a la variable $clauR
    ## Assignem les claus de %hash_de_P a la variable $clauP
    ## Establim una comparacio de claus dels DOS hashes utilitzats (%hash_de_R i %hash_de_P)
    ## I definim que si el seu valor es igual no han de ser incloses per no comparar el mateix enzim
 
    ## Partim de la comparacio de reactius amb productes de diferents enzims
 
    print "Enzims amb reactius-productes comuns:\n";
    print "\n";
 
    $coincidencies = 0;
 
    foreach $clauR ( keys %hash_de_R ) {
        foreach $clauP ( keys %hash_de_P ) {
            if (    ( $clauR eq $clauP )
                and ( $hash_de_R{$clauR} ne $hash_de_P{$clauP} ) ) {
                print "$hash_de_R{$clauR}\t$hash_de_P{$clauP}\n"
                    ;                  ## Els enzims han d'estar separats per tabuladors pel processament pels programes
                $coincidencies
                    = $coincidencies + 1;    ## Powergraph i GraphCrunch
            }
        }
    }
    print "\n";
    print "Nombre de coincidencies: $coincidencies\n";
 
    print "\n";
    print "Imprimim aquells enzims dels quals tenim poca informaciÃ³\n";
    print "\n";
    print Dumper(%estruct)
        ;                              ## Printa per pantalla l'estructura i permet detectar errades
    print "\n";
}
 
## Cridem la subrutina
 
ExtraccioEnzymes;
 
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-04-15 11:18 @512

Por lo que he visto, el fichero de entrada enzymes.col no corresponde con el que publicaste en el primer mensaje, salvo la primera línea.

No aparece ni el texto predicted UNKNOWN ni ninguna línea que empiece por dos espacios en blanco seguidos por un '=', tal como indican las líneas 39 y 40.

Y unas líneas más abajo, se ve que está extrayendo información en formato HTML, cosa que tampoco sale arriba.

¿No puedes publicar unas pocas líneas de ese fichero, para ver cómo es?

por **mpar4** » 2011-04-18 05:35 @274

¡Hola!
Porque durante el programa hemos ido quitando ya los iguales y esas cosas... Te pongo el archivo tal y como estaba al principio, a ver si así me puedes ayudar.

¡Muchas gracias!!

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Using text Syntax Highlighting

# Copyright © 2005, SRI International. All rights reserved.
#
# Authors:
#    Caroline Moore-Kochlacs, SRI International
#    Peter D. Karp, SRI International
#
# Please see the license agreement regarding the use of and distribution of this file.
# The format of this file is defined at http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/flatfile-format.html .
#
# Species: H. pylori J99
# Database: NIL
# Version: 9.5
# File Name: enzymes.col
# Date and time generated: November 9, 2005, 14:59:37
#
#                       1       2       3       4       1       2       3       4       1       2       3       4       1       2       3       4
UNIQUE-ID       NAME    REACTION-EQUATION       PATHWAYS        PATHWAYS        PATHWAYS        PATHWAYS        COFACTORS       COFACTORS       COFACTORS       COFACTORS       ACTIVATORS      ACTIVATORS      ACTIVATORS      ACTIVATORS      INHIBITORS      INHIBITORS      INHIBITORS      INHIBITORS      SUBUNIT-COMPOSITION
ENZRXN1FC-75444 glycerol-3-phosphate dehydrogenase      acceptor + glycerol-3-phosphate  =  reduced acceptor + dihydroxy-acetone-phosphate                                                                                                                                      1*JHP0611-MONOMER
ENZRXN1FC-75443 glycerol-3-phosphate dehydrogenase      glycerol-3-phosphate + ubiquinone-<i>8</i>  =  dihydroxy-acetone-phosphate + ubiquinol-<i>8</i> PWY0-381        AERESPDON-PWY   ANARESPDON-PWY                                                                                                          1*JHP0611-MONOMER
ENZRXN1FC-75442 OXYGEN-INDEPENDENT COPROPORPHYRINOGEN III OXIDASE       NAD(P)<sup>+</sup> + coproporphyrinogen III  =  protoporphyrinogen + NAD(P)H + 2 CO<SUB>2</SUB> HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0610-MONOMER
ENZRXN1FC-75441 CHORISMATE SYNTHASE     5-enolpyruvyl-shikimate-3-phosphate  =  phosphate + chorismate  ARO-PWY                                                                                                                         1*JHP0608-MONOMER
ENZRXN1FC-75440 RIBONUCLEASE III          =                                                                                                                                     1*JHP0607-MONOMER
ENZRXN1FC-75439 PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE       3-phospho-serine + H<SUB>2</SUB>O  =  L-serine + phosphate      GLYSYN-PWY      SERSYN-PWY                                                                                                                      1*JHP0597-MONOMER
ENZRXN1FC-75438 ASPARTATE AMMONIA-LYASE L-aspartate  =  NH<SUB>3</SUB> + fumarate       ASPASN-PWY      GLUTFUMARATE-PWY        GLUTAMINEFUM-PWY                                                                                                                1*JHP0594-MONOMER
ENZRXN1FC-75437 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYLTRANSFERASE  UDP-<i>N</i>-acetyl-D-glucosamine + phosphoenolpyruvate  =  UDP-GlcNAc-pyruvate enol ether + phosphate  PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0593-MONOMER
ENZRXN1FC-75436 UTP--GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE    &alpha;-D-glucose-1-phosphate + UTP  =  UDP-D-glucose + pyrophosphate   P61-PWY COLANSYN-PWY    PWY-621 GALACTMETAB-PWY                                                                                                 1*JHP0591-MONOMER
ENZRXN1FC-75435 GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE        tRNA<SUP>glt</SUP> + L-glutamate + ATP  =  L-glutamyl-tRNA<SUP>glt</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY       HEMESYN2-PWY                                                                                                                    1*JHP0588-MONOMER
ENZRXN1FC-75434 POLYNUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE      (NUCLEOTIDE)(M) + N ATP  =  (NUCLEOTIDE)(M+N) + N pyrophosphate                                                                                                                                 1*JHP0583-MONOMER
ENZRXN1FC-75433 putative 2,3,4,5-TETRAHYDROPYRIDINE-2-CARBOXYLATE N-SUCCINYLTRANSFERASE H<SUB>2</SUB>O + L-2,3,4,5-tetrahydrodipicolinate + succinyl-CoA  =  <i>N</i>-succinyl-2-amino-6-ketopimelate + coenzyme A      DAPLYSINESYN-PWY                                                                                                                                1*JHP0570-MONOMER
ENZRXN1FC-75432 UDP-N-ACETYLMURAMATE--ALANINE LIGASE    L-alanine + UDP-<i>N</i>-acetylmuramate + ATP  =  UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanine + phosphate + ADP       PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0567-MONOMER
ENZRXN1FC-75431 inorganic pyrophosphatase       H<SUB>2</SUB>O + pyrophosphate  =  2 phosphate  P61-PWY                                                                                                                         1*JHP0564-MONOMER
ENZRXN1FC-75430 ADENYLATE KINASE        AMP + ATP  =  ADP + ADP P1-PWY  DENOVOPURINE2-PWY                                                                                                                       1*JHP0561-MONOMER
ENZRXN1FC-75429 ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE        tRNA<SUP>asp</SUP> + L-aspartate + ATP  =  L-aspartyl-tRNA<SUP>asp</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0560-MONOMER
ENZRXN1FC-75428 DNA LIGASE      (deoxynucleotides)<sub>n</sub> + (deoxynucleotides)<sub>(m)</sub> + NAD<sup>+</sup>  =  (deoxynucleotides)(<sub>(n+m)</sub> + nicotinamide mononucleotide + AMP                                                                                                                                 1*JHP0558-MONOMER
ENZRXN1FC-75427 UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE  uroporphyrinogen-III  =  4 CO<SUB>2</SUB> + coproporphyrinogen III      HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0551-MONOMER
ENZRXN1FC-75426 ENDONUCLEASE III        C-O-P bond 3' to AP site in DNA intact  =  C-O-P bond 3' to AP site in DNA is broken. 3'-terminal unsaturated sugar and a product with a terminal 5'-phosphate                                                                                                                                  1*JHP0549-MONOMER
ENZRXN1FC-75425 8-amino-7-oxononanoate synthase L-alanine + 6-carboxyhexanoyl-CoA  =  CO<SUB>2</SUB> + coenzyme A + 8-amino-7-oxononanoate      BIOTIN-SYNTHESIS-PWY    PWY-3701                                                                                                                        1*JHP0545-MONOMER
ENZRXN1FC-75424 ENDONUCLEASE III        C-O-P bond 3' to AP site in DNA intact  =  C-O-P bond 3' to AP site in DNA is broken. 3'-terminal unsaturated sugar and a product with a terminal 5'-phosphate                                                                                                                                  1*JHP0532-MONOMER
ENZRXN1FC-75423 DIHYDROOROTASE  dihydroorotate + H<SUB>2</SUB>O  =  carbamoyl-L-aspartate       PWY0-162                                                                                                                                1*JHP0528-MONOMER
ENZRXN1FC-75422 SIGNAL PEPTIDASE I        =                                                                                                                                     1*JHP0523-MONOMER
ENZRXN1FC-75421 RIBOSE 5-PHOSPHATE ISOMERASE    D-ribose-5-phosphate  =  D-ribulose-5-phosphate GLUCONSUPER-PWY RIBOKIN-PWY     PWY-1861        NONOXIPENT-PWY                                                                                                  1*JHP0521-MONOMER
ENZRXN1FC-75420 ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE       AMP + pyrophosphate  =  PRPP + adenine  P1-PWY  SALVADEHYPOX-PWY        P121-PWY                                                                                                                1*JHP0519-MONOMER
ENZRXN1FC-75419 DIAMINOPIMELATE EPIMERASE       L,L-diaminopimelate  =  <i>meso</i>-diaminopimelate     DAPLYSINESYN-PWY                                                                                                                                1*JHP0513-MONOMER
ENZRXN1FC-75418 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I    3,4-decenoyl-ACP + malonyl-ACP  =  beta-keto-cis-&Delta;<sup>5</sup>-dodecenoyl-ACP + ACP-SH + CO<SUB>2</SUB>   PWY0-862                                                                                                                                1*JHP0505-MONOMER
ENZRXN1FC-75417 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I    acyl-ACP + malonyl-ACP  =  ACP-SH + &beta;-ketoacyl-ACP + CO<SUB>2</SUB>        UNSAT-FA-ELONG-PWY      FASYN-ELONG-PWY                                                                                                                 1*JHP0505-MONOMER
ENZRXN1FC-75416 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I    acetyl-ACP + malonyl-ACP  =  ACP-SH + acetoacetyl-ACP + CO<SUB>2</SUB>  FASYN-INITIAL-PWY                                                                                                                               1*JHP0505-MONOMER
ENZRXN1FC-75415 GLUTAMATE RACEMASE      L-glutamate  =  D-glutamate     PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0496-MONOMER
ENZRXN1FC-75414 GLUTAMINE SYNTHETASE    NH<SUB>3</SUB> + L-glutamate + ATP  =  L-glutamine + ADP + phosphate    GLUTAMINE-SYN2-PWY                                                                                                                              1*JHP0461-MONOMER
ENZRXN1FC-75413 DIHYDRODIPICOLINATE REDUCTASE   L-2,3,4,5-tetrahydrodipicolinate + NAD(P)<sup>+</sup>  =  L-2,3-dihydrodipicolinate + NAD(P)H + H<SUP>+</SUP>   DAPLYSINESYN-PWY                                                                                                                                1*JHP0460-MONOMER
ENZRXN1FC-75412 putative Glycolate oxidase      glycolate + O<SUB>2</SUB>  =  glyoxylate + H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>   PWY-181                                                                                                                         1*JHP0459-MONOMER
ENZRXN1FC-75411 putative Glycolate oxidase      O<SUB>2</SUB> + (<i>S</i>)-2-hydroxyacid  =  H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB> + a 2-oxo acid                                                                                                                                  1*JHP0459-MONOMER
ENZRXN1FC-75410 DNA GYRASE SUBUNIT B      =                                                                                                                                     1*JHP0453-MONOMER
ENZRXN1FC-75409 putative PHOSPHOLIPASE A1       a phosphatidylcholine + H<SUB>2</SUB>O  =  a 2-lysophosphatidylcholine + a carboxylate                                                                                                                                  1*JHP0451-MONOMER
ENZRXN1FC-75408 UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanine + D-glutamate + ATP  =  UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate + phosphate + ADP        PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0446-MONOMER
ENZRXN1FC-75407 PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE- TRANSFERASE      UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate- D-alanyl-D-alanine + undecaprenyl phosphate  =  <i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptane- D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol + UMP      PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0445-MONOMER
ENZRXN1FC-75406 PHOSPHO-N-ACETYLMURAMOYL-PENTAPEPTIDE- TRANSFERASE      undecaprenyl phosphate + UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine  =  N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl- D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol + UMP                                                                                                                                   1*JHP0445-MONOMER
ENZRXN1FC-75405 GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE        tRNA<SUP>glt</SUP> + L-glutamate + ATP  =  L-glutamyl-tRNA<SUP>glt</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY       HEMESYN2-PWY                                                                                                                    1*JHP0428-MONOMER
ENZRXN1FC-75404 TYPE I RESTRICTION ENZYME         =                                                                                                                                     1*JHP0415-MONOMER
ENZRXN1FC-75403 TYPE I RESTRICTION ENZYME         =                                                                                                                                     1*JHP0414-MONOMER
ENZRXN1FC-75402 polyphosphate kinase    long chain polyphosphate + ATP  =  long chain polyphosphate + ADP                                                                                                                                       1*JHP0413-MONOMER
ENZRXN1FC-75401 DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE    pyruvate + L-aspartate-semialdehyde  =  2 H<SUB>2</SUB>O + L-2,3-dihydrodipicolinate    DAPLYSINESYN-PWY                                                                                                                                1*JHP0410-MONOMER
ENZRXN1FC-75400 PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATE SYNTHASE   CDP-diacylglycerol + glycerol-3-phosphate  =  L-1-phosphatidylglycerol-phosphate + CMP  PHOSLIPSYN2-PWY PHOSLIPSYN-PWY                                                                                                                  1*JHP0407-MONOMER
ENZRXN1FC-75399 7, 8-DIHYDRO-6-HYDROXYMETHYLPTERIN-PYROPHOSPHOKINASE    6-hydroxymethyl-dehydropterin + ATP  =  2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine diphosphate + AMP        PWY-3742                                                                                                                                1*JHP0388-MONOMER
ENZRXN1FC-75398 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE    3-dehydroquinate  =  H<SUB>2</SUB>O + 3-dehydro-shikimate       ARO-PWY                                                                                                                         1*JHP0386-MONOMER
ENZRXN1FC-75397 HOMOSERINE KINASE       homoserine + ATP  =  O-phospho-L-homoserine + ADP       HOMOSER-THRESYN-PWY                                                                                                                             1*JHP0375-MONOMER
ENZRXN1FC-75396 3-METHYL-2-OXOBUTANOATE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE        H<SUB>2</SUB>O + 2-keto-isovalerate + 5,10-methylene-THF  =  2-dehydropantoate + tetrahydrofolate       PANTO-PWY       PWY-3921                                                                                                                        1*JHP0367-MONOMER
ENZRXN1FC-75395 S-ADENOSYLMETHIONINE TRNA RIBOSYLTRANSFERASE-ISOMERASE  tRNA with 7-aminomethyl-7-deazaguanine at position 34 + S-adenosyl-L-methionine  =  adenine + L-methionine + tRNA with epoxyqueuosine at position 34                                                                                                                                    1*JHP0363-MONOMER
ENZRXN1FC-75394 PHOSPHATIDYLSERINE SYNTHASE     CDP-diacylglycerol + L-serine  =  CMP + L-1-phosphatidylserine  PHOSLIPSYN-PWY                                                                                                                          1*JHP0354-MONOMER
ENZRXN1FC-75393 multi-drug resistance protein   xenobiotic[in] + H<SUB>2</SUB>O + ATP  =  xenobiotic[out] + phosphate + ADP                                                                                                                                     1*JHP0343-MONOMER
ENZRXN1FC-75392 ASPARTATE CARBAMOYLTRANSFERASE CATALYTIC CHAIN  L-aspartate + carbamoyl-phosphate  =  carbamoyl-L-aspartate + phosphate PWY0-162                                                                                                                                1*JHP0341-MONOMER
ENZRXN1FC-75391 RIBOFLAVIN KINASE       riboflavin + ATP  =  FMN + ADP  RIBOSYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0338-MONOMER
ENZRXN1FC-75390 transketolase   D-erythrose-4-phosphate + D-xylulose-5-phosphate  =  D-fructose-6-phosphate + D-glyceraldehyde-3-phosphate      P185-PWY        P21-PWY NONOXIPENT-PWY                                                                                                          1*JHP0337-MONOMER
ENZRXN1FC-75389 transketolase   D-ribose-5-phosphate + D-xylulose-5-phosphate  =  D-sedoheptulose-7-phosphate + D-glyceraldehyde-3-phosphate    P21-PWY RIBOKIN-PWY     DRIBOPMET-PWY   PWY-1861                                                                                                        1*JHP0337-MONOMER
ENZRXN1FC-75388 transketolase   D-fructose-6-phosphate + D-glyceraldehyde-3-phosphate  =  D-xylulose-5-phosphate + D-erythrose-4-phosphate      PWY-1861                                                                                                                                1*JHP0337-MONOMER
ENZRXN1FC-75387 CTP SYNTHASE    L-glutamine + H<SUB>2</SUB>O + UTP + ATP  =  CTP + phosphate + ADP + L-glutamate        PWY0-162                                                                                                                                1*JHP0323-MONOMER
ENZRXN1FC-75386 KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE     2-aceto-2-hydroxy-butyrate + NADPH  =  2,3-dihydroxy-3-methylvalerate + NADP<sup>+</sup>        ILEUSYN-PWY                                                                                                                             1*JHP0313-MONOMER
ENZRXN1FC-75385 KETOL-ACID REDUCTOISOMERASE     2-acetolactate + NADPH  =  2,3-dihydroxy-isovalerate + NADP<sup>+</sup> VALSYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0313-MONOMER
ENZRXN1FC-75384 NH(3)-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE ATP + deamido-NAD + L-glutamine + H<SUB>2</SUB>O  =  AMP + pyrophosphate + NAD<sup>+</sup> + L-glutamate        PYRIDNUCSYN-PWY NADSYN-PWY                                                                                                                      1*JHP0312-MONOMER
ENZRXN1FC-75383 GUANYLATE KINASE        GMP + ATP  =  GDP + ADP P1-PWY  DENOVOPURINE2-PWY                                                                                                                       1*JHP0304-MONOMER
ENZRXN1FC-75382 GUANYLATE KINASE        ATP + dGMP  =  ADP + dGDP                                                                                                                                       1*JHP0304-MONOMER
ENZRXN1FC-75381 ARGINYL-TRNA SYNTHETASE tRNA<SUP>arg</SUP> + L-arginine + ATP  =  L-arginyl-tRNA<SUP>arg</SUP> + pyrophosphate + AMP    TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0302-MONOMER
ENZRXN1FC-75380 GLUTAMATE-1-SEMIALDEHYDE 2,1-AMINOMUTASE        glutamate-1-semialdehyde  =  5-amino-levulinate HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0291-MONOMER
ENZRXN1FC-75379 P-AMINOBENZOATE SYNTHETASE      L-glutamine + chorismate  =  p-aminobenzoate + L-glutamate + pyruvate                                                                                                                                   1*JHP0278-MONOMER
ENZRXN1FC-75378 P-AMINOBENZOATE SYNTHETASE      L-glutamine + chorismate  =  4-amino-4-deoxychorismate + L-glutamate    PWY-3742                                                                                                                                1*JHP0278-MONOMER
ENZRXN1FC-75377 DIAMINOPIMELATE DECARBOXYLASE   <i>meso</i>-diaminopimelate  =  CO<SUB>2</SUB> + L-lysine       DAPLYSINESYN-PWY                                                                                                                                1*JHP0275-MONOMER
ENZRXN1FC-75376 3-DEHYDROQUINATE SYNTHASE       3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate  =  phosphate + 3-dehydroquinate    ARO-PWY                                                                                                                         1*JHP0268-MONOMER
ENZRXN1FC-75375 QUEUINE TRNA-RIBOSYLTRANSFERASE queuine + tRNA containing guanine  =  guanine + tRNA containing queunine                                                                                                                                        1*JHP0266-MONOMER
ENZRXN1FC-75374 GUANOSINE-5-TRIPHOSPHATE,3-DIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE  H<SUB>2</SUB>O + guanosine 3'-diphosphate 5'-triphosphate  =  phosphate + guanosine 5'-diphosphate,3'-diphosphate       PPGPPMET-PWY                                                                                                                            1*JHP0263-MONOMER
ENZRXN1FC-75373 DIHYDROOROTASE  dihydroorotate + H<SUB>2</SUB>O  =  carbamoyl-L-aspartate       PWY0-162                                                                                                                                1*JHP0251-MONOMER
ENZRXN1FC-75372 EXODEOXYRIBONUCLEASE LARGE SUBUNIT      a nucleoside monophosphate  =  a nucleoside monophosphate                                                                                                                                       1*JHP0243-MONOMER
ENZRXN1FC-75371 ADENYLOSUCCINATE SYNTHETASE     L-aspartate + IMP + GTP  =  adenylo-succinate + phosphate + GDP P121-PWY        PWY-841 DENOVOPURINE2-PWY                                                                                                               1*JHP0239-MONOMER
ENZRXN1FC-75370 putative OCTAPRENYL-DIPHOSPHATE SYNTHASE        <i>trans</i>-polyisoprenyl<sub>n</sub>-PP + &Delta;<SUP>3</SUP>-isopentenyl-PP  =  <i>trans</i>-polyisoprenyl<sub>n+1</sub>-PP + pyrophosphate  POLYISOPRENSYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0225-MONOMER
ENZRXN1FC-75369 GLUTAMYL TRNA REDUCTASE L-glutamyl-tRNA<SUP>glt</SUP> + NADPH  =  glutamate-1-semialdehyde + NADP<sup>+</sup> + tRNA<SUP>glt</SUP>      HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0224-MONOMER
ENZRXN1FC-75368 DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE    H<SUB>2</SUB>O + dCTP  =  NH<SUB>3</SUB> + dUTP PWY0-166                                                                                                                                1*JHP1009-MONOMER
ENZRXN1FC-75367 FERROCHELATASE  Fe<SUP>2+</SUP> + protoporphyrin IX  =  2 H<SUP>+</SUP> + protoheme     HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP1005-MONOMER
ENZRXN1FC-75366 GLUTAMATE DEHYDROGENASE NAD(P)<sup>+</sup> + H<SUB>2</SUB>O + L-glutamate  =  NH<SUB>3</SUB> + NAD(P)H + &alpha;-ketoglutarate  GLUTAMATE-DEG1-PWY      ARGININE-DEG1-PWY       GLUTAMATE-SYN2-PWY      GLUTAMINE-SYN2-PWY                                                                                                      1*JHP1001-MONOMER
ENZRXN1FC-75365 PROTOPORPHYRINOGEN OXIDASE      1.5 O<SUB>2</SUB> + protoporphyrinogen  =  3 H<SUB>2</SUB>O + protoporphyrin IX HEMESYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP1000-MONOMER
ENZRXN1FC-75364 THIOL PEROXIDASE        Reduced Thioredoxin + H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>  =  Oxidized Thioredoxin + H<SUB>2</SUB>O                                                                                                                                      1*JHP0991-MONOMER
ENZRXN1FC-75363 THIOL PEROXIDASE        reduced acceptor + H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>  =  acceptor + 2 H<SUB>2</SUB>O                                                                                                                                   1*JHP0991-MONOMER
ENZRXN1FC-75362 D-3-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDROGENASE      3-phosphoglycerate + NAD<sup>+</sup>  =  3-phospho-hydroxypyruvate + NADH       SERSYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0984-MONOMER
ENZRXN1FC-75361 3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYL TRANSFERASE   shikimate-3-phosphate + phosphoenolpyruvate  =  5-enolpyruvyl-shikimate-3-phosphate + phosphate ARO-PWY                                                                                                                         1*JHP0980-MONOMER
ENZRXN1FC-75360 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN tRNA<SUP>phe</SUP> + L-phenylalanine + ATP  =  L-phenylalanyl-tRNA<SUP>phe</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0979-MONOMER
ENZRXN1FC-75359 PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN        tRNA<SUP>phe</SUP> + L-phenylalanine + ATP  =  L-phenylalanyl-tRNA<SUP>phe</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0978-MONOMER
ENZRXN1FC-75358 GMP SYNTHETASE  xanthosine-5-phosphate + H<SUB>2</SUB>O + L-glutamine + ATP  =  L-glutamate + GMP + pyrophosphate + AMP PWY-841 DENOVOPURINE2-PWY                                                                                                                       1*JHP0972-MONOMER
ENZRXN1FC-75357 GMP SYNTHETASE  NH<SUB>3</SUB> + xanthosine-5-phosphate + ATP  =  AMP + pyrophosphate + GMP     DENOVOPURINE2-PWY                                                                                                                               1*JHP0972-MONOMER
ENZRXN1FC-75356 METHIONYL-TRNA SYNTHETASE       tRNA<SUP>met</SUP> + L-methionine + ATP  =  L-methionyl-tRNA<SUP>met</SUP> + pyrophosphate + AMP        TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0967-MONOMER
ENZRXN1FC-75355 ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE      S-adenosyl-L-methionine + 8-amino-7-oxononanoate  =  S-adenosyl-4-methylthio-2-oxobutanoate + 7,8-diaminononanoate      BIOTIN-SYNTHESIS-PWY    PWY-3701                                                                                                                        1*JHP0910-MONOMER
ENZRXN1FC-75354 2,3-BISPHOSPHOGLYCERATE-INDEPENDENT PHOSPHOGLYCERATE MUTASE     3-phosphoglycerate  =  2-phosphoglycerate       PWY-1622        P461-PWY        GLUCONEO-PWY    P81-PWY                                                                                                 1*JHP0908-MONOMER
ENZRXN1FC-75353 GLYCYL-TRNA SYNTHETASE BETA CHAIN       tRNA<SUP>gly</SUP> + glycine + ATP  =  glycyl-tRNA<SUP>gly</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0906-MONOMER
ENZRXN1FC-75352 GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE      acceptor + glycerol-3-phosphate  =  reduced acceptor + dihydroxy-acetone-phosphate                                                                                                                                      1*JHP0895-MONOMER
ENZRXN1FC-75351 GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE      glycerol-3-phosphate + ubiquinone-<i>8</i>  =  dihydroxy-acetone-phosphate + ubiquinol-<i>8</i> PWY0-381        AERESPDON-PWY   ANARESPDON-PWY                                                                                                          1*JHP0895-MONOMER
ENZRXN1FC-75350 GLYCYL-TRNA SYNTHETASE ALPHA CHAIN      tRNA<SUP>gly</SUP> + glycine + ATP  =  glycyl-tRNA<SUP>gly</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0894-MONOMER
ENZRXN1FC-75349 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE    lipid IV(A) + CMP-3-deoxy-D-<i>manno</i>-octulosonate  =  (KDO)-lipid IV(A) + CMP       KDOSYN-PWY      NAGLIPASYN-PWY                                                                                                                  1*JHP0891-MONOMER
ENZRXN1FC-75348 D-Amino acid dehydrogenase      D-alanine + H<SUB>2</SUB>O  =  NH<SUB>3</SUB> + pyruvate        ALADEG-PWY                                                                                                                              1*JHP0878-MONOMER
ENZRXN1FC-75347 D-Amino acid dehydrogenase      acceptor + H<SUB>2</SUB>O + a D amino acid  =  NH<SUB>3</SUB> + reduced acceptor + a 2-oxo acid                                                                                                                                 1*JHP0878-MONOMER
ENZRXN1FC-75346 ALANINE RACEMASE        L-alanine  =  D-alanine ALADEG-PWY      ALANINE-VALINESYN-PWY                                                                                                                   1*JHP0876-MONOMER
ENZRXN1FC-75345 GERANYLTRANSTRANSFERASE geranyl-PP + &Delta;<SUP>3</SUP>-isopentenyl-PP  =  pyrophosphate + trans, trans-farnesyl diphosphate   POLYISOPRENSYN-PWY      PWY-922                                                                                                                 1*JHP0864-MONOMER
ENZRXN1FC-75344 GTP CYCLOHYDROLASE I    2 H<SUB>2</SUB>O + GTP  =  dihydroneopterin triphosphate + formate + H<SUB>2</SUB>O     PWY-3742                                                                                                                                1*JHP0863-MONOMER
ENZRXN1FC-75343 GTP CYCLOHYDROLASE I    2 H<SUB>2</SUB>O + GTP  =  dihydroneopterin triphosphate + formate + H<SUB>2</SUB>O     PWY-3742                                                                                                                                1*JHP0862-MONOMER
ENZRXN1FC-75342 GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE        D-glyceraldehyde-3-phosphate + phosphate + NAD<sup>+</sup>  =  1,3-diphosphateglycerate + NADH  P461-PWY        GLUCONEO-PWY    P81-PWY DHGLUCONATE-PYR-CAT-PWY                                                                                                 1*JHP0855-MONOMER
ENZRXN1FC-75341 PHOSPHOTRANSACETYLASE   propionyl-CoA + phosphate  =  propionyl-P + coenzyme A  THREOCAT-PWY                                                                                                                            1*JHP0841-MONOMER
ENZRXN1FC-75340 PHOSPHOTRANSACETYLASE   phosphate + acetyl-CoA  =  acetylphosphate + coenzyme A PYRUVOX-PWY     ANAGLYCOLYSIS-PWY       PWY-21  ACETATEUTIL-PWY                                                                                                 1*JHP0841-MONOMER
ENZRXN1FC-75339 ACETATE KINASE  acetate + ATP  =  acetylphosphate + ADP PYRUVOX-PWY     ANAGLYCOLYSIS-PWY       PWY-21  ACETATEUTIL-PWY                                                                                                 1*JHP0840-MONOMER
ENZRXN1FC-75338 CYSTEINYL-TRNA SYNTHETASE       tRNA<SUP>cys</SUP> + L-cysteine + ATP  =  L-cysteinyl-tRNA<SUP>cys</SUP> + pyrophosphate + AMP  TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0818-MONOMER
ENZRXN1FC-75337 catalase        2 H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB>  =  2 H<SUB>2</SUB>O + O<SUB>2</SUB>       DETOX1-PWY                                                                                                                              1*JHP0809-MONOMER
ENZRXN1FC-75336 CDP-DIACYLGLYCEROL PYROPHOSPHATASE      CDP-diacylglycerol + H<SUB>2</SUB>O  =  CMP + L-phosphatidate                                                                                                                                   1*JHP0805-MONOMER
ENZRXN1FC-75335 LIPID-A-DISACCHARIDE SYNTHASE   2,3-bis(3-hydroxymyristoyl)-&beta;-D-glucosaminyl 1-phosphate + UDP-2,3-bis(3-hydroxymyristoyl)glucosamine  =  lipid A disaccharide + UDP       NAGLIPASYN-PWY                                                                                                                          1*JHP0801-MONOMER
ENZRXN1FC-75334 DEOXYURIDINE 5-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE H<SUB>2</SUB>O + dUTP  =  pyrophosphate + dUMP  PWY0-166                                                                                                                                1*JHP0799-MONOMER
ENZRXN1FC-75333 ADP-L-GLYCERO-D-MANNOHEPTOSE-6-EPIMERASE        ADP-D-glycero-D-manno-heptose  =  ADP-L-glycero-D-manno-heptose                                                                                                                                 1*JHP0793-MONOMER
ENZRXN1FC-75332 GMP REDUCTASE   NH<SUB>3</SUB> + IMP + NADP<sup>+</sup>  =  GMP + NADPH                                                                                                                                 1*JHP0790-MONOMER
ENZRXN1FC-75331 TYPE I RESTRICTION ENZYME         =                                                                                                                                     1*JHP0786-MONOMER
ENZRXN1FC-75330 TYPE I RESTRICTIONENZYME          =                                                                                                                                     1*JHP0785-MONOMER
ENZRXN1FC-75329 TYPE I RESTRICTION ENZYME         =                                                                                                                                     1*JHP0784-MONOMER
ENZRXN1FC-75328 HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE     ATP + 4-methyl-5-(&beta;-hydroxyethyl)thiazole  =  ADP + 4-methyl-5-(&beta;-hydroxyethyl)thiazole phosphate     THISYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0783-MONOMER
ENZRXN1FC-75327 PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE  hydroxymethylpyrimidine phosphate + ATP  =  4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine-pyrophosphate + ADP      THISYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0782-MONOMER
ENZRXN1FC-75326 THIAMINE PHOSPHATE PYROPHOSPHORYLASE    4-methyl-5-(&beta;-hydroxyethyl)thiazole phosphate + 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine-pyrophosphate  =  thiamine-phosphate + pyrophosphate    THISYN-PWY                                                                                                                              1*JHP0781-MONOMER
ENZRXN1FC-75325 putative spermidine synthase    putrescine + S-adenosylmethioninamine  =  spermidine + 5'-methylthioadenosine   BSUBPOLYAMSYN-PWY       POLYAMINSYN3-PWY        ORNSPNANA-PWY                                                                                                           1*JHP0771-MONOMER
ENZRXN1FC-75324 INOSINE-5-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE   H<SUB>2</SUB>O + NAD<sup>+</sup> + IMP  =  xanthosine-5-phosphate + NADH        P121-PWY        PWY-841 DENOVOPURINE2-PWY       URSIN-PWY                                                                                                       1*JHP0768-MONOMER
ENZRXN1FC-75323 ATP synthase F0, subunit a      H<SUP>+</SUP>[IN] + H<SUB>2</SUB>O + ATP  =  H<SUP>+</SUP>[OUT] + phosphate + ADP                                                                                                                                       1*JHP0767-MONOMER
ENZRXN1FC-75322 THIOREDOXIN REDUCTASE   Oxidized Thioredoxin + NADPH  =  Reduced Thioredoxin + NADP<sup>+</sup> THIOREDOX-PWY                                                                                                                           1*JHP0764-MONOMER
ENZRXN1FC-75321 HOMOSERINE DEHYDROGENASE        NADP<sup>+</sup> + homoserine  =  NADPH + L-aspartate-semialdehyde      HOMOSERSYN-PWY                                                                                                                          1*JHP0761-MONOMER
ENZRXN1FC-75320 GTP CYCLOHYDROLASE II   3 H<SUB>2</SUB>O + GTP  =  pyrophosphate + 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4-(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate + formate      RIBOSYN2-PWY                                                                                                                            1*JHP0738-MONOMER
ENZRXN1FC-75319 putative TYPE I RESTRICTION ENZYME        =                                                                                                                                     1*JHP0726-MONOMER
ENZRXN1FC-75318 ACONITATE HYDRATASE     cis-aconitate + H<SUB>2</SUB>O  =  isocitrate   P22-PWY P103-PWY        REDCITCYC       TCA                                                                                                     1*JHP0716-MONOMER
ENZRXN1FC-75317 ACONITATE HYDRATASE     citrate  =  cis-aconitate + H<SUB>2</SUB>O      P22-PWY P103-PWY        REDCITCYC       TCA                                                                                                     1*JHP0716-MONOMER
ENZRXN1FC-75316 URIDYLATE KINASE        ATP + UMP  =  ADP + UDP P1-PWY  PWY0-162                                                                                                                        1*JHP0714-MONOMER
ENZRXN1FC-75315 GUANOSINE-3,5-BIS(DIPHOSPHATE) 3-PYROPHOSPHOHYDROLASE   guanosine 5'-diphosphate,3'-diphosphate + H<SUB>2</SUB>O  =  pyrophosphate + GDP        PPGPPMET-PWY                                                                                                                            1*JHP0712-MONOMER
ENZRXN1FC-75314 TYROSYL-TRNA SYNTHETASE L-tyrosine + tRNA<SUP>tyr</SUP> + ATP  =  L-tyrosyl-tRNA<SUP>tyr</SUP> + pyrophosphate + AMP    TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP0711-MONOMER
ENZRXN1FC-75313 MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A       molybdopterin + GTP  =  molybdopterin guanine dinucleotide + pyrophosphate                                                                                                                                      1*JHP0706-MONOMER
ENZRXN1FC-75312 PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE ATP + D-ribose-5-phosphate  =  PRPP + AMP       PWY0-662        P1-PWY                                                                                                                  1*JHP0679-MONOMER
ENZRXN1FC-75311 D-ALANYL-D-ALANINE-ADDING ENZYME        UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate + D-alanyl-D-alanine + ATP  =  UDP-<i>N</i>-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminoheptanedioate- D-alanyl-D-alanine + phosphate + ADP        PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0677-MONOMER
ENZRXN1FC-75310 D-ALANINE--D-ALANINE LIGASE     2 D-alanine + ATP  =  D-alanyl-D-alanine + phosphate + ADP      PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP0675-MONOMER
ENZRXN1FC-75309 PHOSPHATIDYLGLYCEROPHOSPHATASE A        L-1-phosphatidylglycerol-phosphate + H<SUB>2</SUB>O  =  L-1-phosphatidyl-glycerol + phosphate   PHOSLIPSYN2-PWY PHOSLIPSYN-PWY                                                                                                                  1*JHP0674-MONOMER
ENZRXN1FC-75308 XANTHINE-GUANINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE      xanthine + PRPP  =  xanthosine-5-phosphate + pyrophosphate      SALVPURINE2-PWY                                                                                                                         1*JHP0672-MONOMER
ENZRXN1FC-75307 L-asparaginase II       L-asparagine + H<SUB>2</SUB>O  =  NH<SUB>3</SUB> + L-aspartate  ASPASN-PWY      PWY-4001        ASPARAGINE-DEG1-PWY                                                                                                             1*JHP0661-MONOMER
ENZRXN1FC-75306 DNA POLYMERASE III SUBUNITS GAMMA AND TAU       N 2'-deoxyribonucleoside triphosphate  =  DNA(N) + N pyrophosphate                                                                                                                                      1*JHP0655-MONOMER
ENZRXN1FC-75305 DNA GYRASE SUBUNIT A      =                                                                                                                                     1*JHP0641-MONOMER
ENZRXN1FC-75304 DIACYLGLYCEROL KINASE   ATP + 1,2-diacylglycerol  =  ADP + L-phosphatidate                                                                                                                                      1*JHP0640-MONOMER
ENZRXN1FC-75303 ACETYL-COA ACETYLTRANSFERASE    2 acetyl-CoA  =  acetoacetyl-CoA + coenzyme A   ACETOACETATE-DEG-PWY    PWY-922                                                                                                                 1*JHP0638-MONOMER
ENZRXN1FC-75302 putative TYPE II RESTRICTION ENZYME       =                                                                                                                                     1*JHP0630-MONOMER
ENZRXN1FC-75301 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE PYROPHOSPHORYLASE       N-acetyl-glucosamine-1-phosphate + UTP  =  UDP-<i>N</i>-acetyl-D-glucosamine + pyrophosphate    GLCMANNANAUT-PWY        UDPNACETYLGALSYN-PWY    UDPNAGSYN-PWY                                                                                                           1*JHP0624-MONOMER
ENZRXN1FC-75300 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE      L-aspartate + &alpha;-ketoglutarate  =  oxaloacetate + L-glutamate      GLUTFUMARATE-PWY        GLUTAMINEFUM-PWY        ASPARAGINE-DEG1-PWY     ASPARTATESYN-PWY                                                                                                        1*JHP0615-MONOMER
ENZRXN1FC-75299 ASPARTATE AMINOTRANSFERASE      3-sulfinoalanine + &alpha;-ketoglutarate  =  3-sulfinyl-pyruvate + L-glutamate  CYSTEINE-DEG-PWY                                                                                                                                1*JHP0615-MONOMER
ENZRXN1FC-75298 SERYL-TRNA SYNTHETASE   tRNA<SUP>ser</SUP> + L-serine + ATP  =  L-seryl-tRNA<SUP>ser</SUP> + pyrophosphate + AMP        TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP1373-MONOMER
ENZRXN1FC-75297 SERYL-TRNA SYNTHETASE   tRNA<SUP>sec</SUP> + L-serine + ATP  =  L-seryl-tRNA<SUP>sec</SUP> + pyrophosphate + AMP        PWY0-901                                                                                                                                1*JHP1373-MONOMER
ENZRXN1FC-75296 THYMIDYLATE KINASE      dTMP + ATP  =  dTDP + ADP       PWY0-166        P1-PWY                                                                                                                  1*JHP1367-MONOMER
ENZRXN1FC-75295 putative TYPE II RESTRICTION ENZYME       =                                                                                                                                     1*JHP1364-MONOMER
ENZRXN1FC-75294 DNA POLYMERASE I        N 2'-deoxyribonucleoside triphosphate  =  DNA(N) + N pyrophosphate                                                                                                                                      1*JHP1363-MONOMER
ENZRXN1FC-75293 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE      2-keto-isovalerate + L-glutamate  =  L-valine + &alpha;-ketoglutarate   ALANINE-VALINESYN-PWY   PWY-3921        VALSYN-PWY                                                                                                              1*JHP1361-MONOMER
ENZRXN1FC-75292 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE      2-keto-4-methyl-pentanoate + L-glutamate  =  L-leucine + &alpha;-ketoglutarate  LEU-DEG2-PWY    LEUSYN-PWY      LEUDEG-PWY                                                                                                              1*JHP1361-MONOMER
ENZRXN1FC-75291 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE      2-keto-3-methyl-valerate + L-glutamate  =  L-isoleucine + &alpha;-ketoglutarate ILEUSYN-PWY                                                                                                                             1*JHP1361-MONOMER
ENZRXN1FC-75290 putative CYTOCHROME C PEROXIDASE        H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB> + 2 ferrocytochrome c  =  2 H<SUB>2</SUB>O + 2 ferricytochrome c                                                                                                                                     1*JHP1354-MONOMER
ENZRXN1FC-75289 putative RIBONUCLEASE P PROTEIN COMPONENT         =                                                                                                                                     1*JHP1341-MONOMER
ENZRXN1FC-75288 PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE     peptidylproline (&omega; 180)  =  peptidylproline (&omega; 0)                                                                                                                                   1*JHP1334-MONOMER
ENZRXN1FC-75287 FORMYLTETRAHYDROFOLATE HYDROLASE        H<SUB>2</SUB>O + N<sup>10</sup>-formyl-THF  =  tetrahydrofolate + formate       1CMET2-PWY                                                                                                                              1*JHP1327-MONOMER
ENZRXN1FC-75286 ISOLEUCYL-TRNA SYNTHETASE       tRNA<SUP>ile</SUP> + L-isoleucine + ATP  =  L-isoleucyl-tRNA<SUP>ile</SUP> + pyrophosphate + AMP        TRNA-CHARGING-PWY                                                                                                                               1*JHP1317-MONOMER
ENZRXN1FC-75285 FLAGELLUM-SPECIFIC ATP SYNTHASE H<SUP>+</SUP>[IN] + H<SUB>2</SUB>O + ATP  =  H<SUP>+</SUP>[OUT] + phosphate + ADP                                                                                                                                       1*JHP1315-MONOMER
ENZRXN1FC-75284 UDP-N-ACETYLENOLPYRUVOYLGLUCOSAMINE REDUCTASE   NADP<sup>+</sup> + UDP-<i>N</i>-acetylmuramate  =  NADPH + UDP-GlcNAc-pyruvate enol ether       PEPTIDOGLYCANSYN-PWY                                                                                                                            1*JHP1313-MONOMER
ENZRXN1FC-75283 TRNA DELTA(2)-ISOPENTENYLPYROPHOSPHATE TRANSFERASE      a tRNA + &Delta;<SUP>3</SUP>-isopentenyl-PP  =  tRNA containing 6-Isopentenyladenosine + pyrophosphate                                                                                                                                  1*JHP1310-MONOMER
ENZRXN1FC-75282 BIOTIN SYNTHETASE       dethiobiotin + sulfur donor  =  9-mercaptodethiobiotin  PWY-3701                                                                                                                                1*JHP1298-MONOMER
ENZRXN1FC-75281 BIOTIN SYNTHETASE       sulfur donor + dethiobiotin  =  biotin  BIOTIN-SYNTHESIS-PWY                                                                                                                            1*JHP1298-MONOMER
ENZRXN1FC-75280 putative TYPE III RESTRICTION ENZYME      =                                                                                                                                     1*JHP1297-MONOMER
ENZRXN1FC-75279 PREPHENATE DEHYDROGENASE        prephenate + NAD<sup>+</sup>  =  p-hydroxyphenylpyruvate + CO<SUB>2</SUB> + NADH        TYRSYN                                                                                                                          1*JHP1294-MONOMER
ENZRXN1FC-75278 ATP-DEPENDENT PROTEASE LA         =                                                                                                                                     1*JHP1293-MONOMER
ENZRXN1FC-75277 HYDROXYMYRISTOYL-ACYL CARRIER PROTEIN DEHYDRATASE       D-3-hydroxy-acyl-ACP  =  trans-&Delta;<SUP>2</SUP>-enoyl-acyl-ACP + H<SUB>2</SUB>O      UNSAT-FA-ELONG-PWY      FASYN-ELONG-PWY                                                                                                                 1*JHP1290-MONOMER
ENZRXN1FC-75276 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ACYLTRANSFERASE (R)-3-hydroxymyristoyl-ACP + UDP-<i>N</i>-acetyl-D-glucosamine  =  UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)-N-acetylglucosamine + ACP-SH    NAGLIPASYN-PWY                                                                                                                          1*JHP1289-MONOMER
ENZRXN1FC-75275 4-HYDROXYBENZOATE OCTAPRENYLTRANSFERASE farnesylfarnesylgeranyl-PP + p-hydroxybenzoate  =  3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate + pyrophosphate       UBISYN-PWY                                                                                                                              1*JHP1278-MONOMER
ENZRXN1FC-75274 PHOSPHATIDYLSERINE DECARBOXYLASE        L-1-phosphatidylserine  =  L-1-phosphatidyl-ethanolamine + CO<SUB>2</SUB>       PHOSLIPSYN2-PWY PHOSLIPSYN-PWY                                                                                                                  1*JHP1275-MONOMER
ENZRXN1FC-75273 QUINOLINATE SYNTHETASE  L-aspartate + O<SUB>2</SUB> + dihydroxy-acetone-phosphate  =  quinolinate + phosphate + H<SUB>2</SUB>O<SUB>2</SUB> + 2 H<SUB>2</SUB>O                                                                                                                                   1*JHP1274-MONOMER
ENZRXN1FC-75272 NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE CO<SUB>2</SUB> + pyrophosphate + nicotinate nucleotide  =  PRPP + quinolinate   PYRIDNUCSYN-PWY NADSYN-PWY                                                                                                                      1*JHP1273-MONOMER
ENZRXN1FC-75271 1-ACYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE ACYLTRANSFERASE  1-acyl-sn-glycerol-3P + acyl-ACP  =  L-phosphatidate + ACP-SH   PHOSLIPSYN-PWY                                                                                                                          1*JHP1267-MONOMER
ENZRXN1FC-75270 GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE        D-glyceraldehyde-3-phosphate + phosphate + NAD<sup>+</sup>  =  1,3-diphosphateglycerate + NADH  P461-PWY        GLUCONEO-PWY    P81-PWY DHGLUCONATE-PYR-CAT-PWY                                                                                                 1*JHP1265-MONOMER
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por **explorer** » 2011-04-18 11:40 @528

Bien... ¿Y qué es lo que hay que hacer con este fichero? ¿Solo hay que contar las apariciones de la columna NAME? Es que como dices que hay que quitar los '=', esos solo aparecen en la columna REACTION-EQUATION...

Para el primer caso, te vale con un programa así:

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
#
# Joaquín Ferrero. 20110418
 
use autodie;
 
## Lectura del fichero ######################################################
my @enzimes;
 
open my $ENZIMES, q[<], 'enzymes.col';
 
while (<$ENZIMES>) {
 
    next if m/^#/;                                      # Saltamos cabeceras
    next if m/^UNIQUE-ID/;
 
    chomp;
 
    my @campos = split /\t/;                            # Extracción de las columnas
 
    next if @campos != 20;                              # Necesitamos 20 columnas
 
    #   UNIQUE-ID       NAME    REACTION-EQUATION
    #   PATHWAYS        PATHWAYS        PATHWAYS        PATHWAYS
    #   COFACTORS       COFACTORS       COFACTORS       COFACTORS
    #   ACTIVATORS      ACTIVATORS      ACTIVATORS      ACTIVATORS
    #   INHIBITORS      INHIBITORS      INHIBITORS      INHIBITORS
    #   SUBUNIT-COMPOSITION
 
    push @enzimes, {                                    # Almacenamos la información
    
        name            => $campos[1],
        ecuation        => $campos[2],
        composition     => $campos[19],
 
        pathways        => [ @campos[  3 ..  6 ] ],
        cofactors       => [ @campos[  7 .. 10 ] ],
        activators      => [ @campos[ 11 .. 14 ] ],
        inhibitors      => [ @campos[ 15 .. 18 ] ],
    };
}
 
close $ENZIMES;
 
 
## Sacar estadísticas #######################################################
my %total_enzimes;
 
for my $enzime_ref (@enzimes) {
    $total_enzimes{ $enzime_ref->{name} }++;            # Contamos las ocurrencias
}
 
                                                        # Ordenación por las veces que aparecen,
                                                        # de forma numérica e inversa
for my $enzime (sort { $total_enzimes{$b} <=> $total_enzimes{$a} } keys %total_enzimes) {
    printf "%3d %s\n", $total_enzimes{$enzime}, $enzime;
}
 
__END__
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

sale:

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Using text Syntax Highlighting

  4 TYPE I RESTRICTION ENZYME

  3 BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE I

  3 transketolase

  3 BRANCHED-CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE

  2 GUANYLATE KINASE

  2 BIOTIN SYNTHETASE

  2 GLUTAMYL-TRNA SYNTHETASE

  2 GLYCEROL-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE

...Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **mpar4** » 2011-04-27 11:51 @535

¡¡Hola!!
Sí, muchas gracias, veo que sí funciona tu programa pero el mio no me funciona y es que el motivo es que yo tengo todos estos elementos dentro de un hash de un hash de un array y me parece que no me los encuentra...

$HoHoA->{$codiEnzim}{$nomEnzim}{P}=[@productes_separats];
$HoHoA->{$codiEnzim}{$nomEnzim}{R}=[@reactius_separats];

por **explorer** » 2011-04-27 12:12 @550

Puedes intentar "ver" el aspecto de la estructura que estás creando:

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Using perl Syntax Highlighting

print Dumper($HoHoA);
exit;
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

El exit() está para cerrar el programa enseguida, pues suponemos que con la primera asignación de las líneas 103 y 104 nos vale para hacernos una idea de qué es lo que está haciendo. Si no es suficiente, quitamos el exit() y movemos el print Dumper al final del proceso de lectura del fichero de entrada, para ver cómo lo ha guardado.

Puedes, además, simplificar el código para hacerlo un poco más claro. La línea 108 la puedes reescribir así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

foreach my $i ( @reactius_separats ) {
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y lo mismo para la 113, con @productes_separats.

Si te sigue sin salir, mándanos otro mensaje. Si la estructura no es lo que quieres, publica algunas líneas del Dumper(), para que lo veamos aquí.

Foro - Perl en Español

Crear lista de coincidencias de determinados elementos

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