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Crear lista de coincidencias de determinados elementos

Perl aplicado a la bioinformática

Re: Crear lista de coincidencias de determinados elementos

Notapor pvaldes » 2011-04-27 12:53 @579

Así a bote pronto se me ocurre:

slurp al archivo entero (todo a una variable)
trocear todo en palabras con split(), sin preocuparse de los saltos de línea
extraer los elementos del array que correspondan a lo buscado a una tercera variable
y preguntar el número de elementos de ésta tercera lista scalar(lista)

Otra posibilidad sería aplicar grep() línea a línea, pero si el elemento puede aparecer dos veces en la misma línea ya no funcionaría, mejor tomar el archivo como un texto muy largo de una sola línea; si es muy muy grande slurp probablemente dará problemas y entonces puedes simplificar el tema con grep() primero y atacar línea por línea; en ese caso irá algo más lento.

EDITO: al examinar lo que quieres buscar veo que usar un split simplemente no serviría. Al menos no sin una edición previa del archivo. Muchas de las cosas que buscas se parecen demasiado y se cortarían por el lugar incorrecto
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