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Sustituir elementos

Perl aplicado a la bioinformática

Sustituir elementos

Notapor akire » 2011-05-30 13:27 @602

Hola, ¿qué tal? Agradecería mucho su atención sobre la siguiente duda.

G07VVQL01AR4M7,497,01,CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Quiero ir sustituyendo primero en el inicio un '>',
en la primera, colocar length,
y en la segunda, colocar lib,
y en la tercera, que sea un salto de linea "\n",

Es decir que quede de la siguiente manera:

>G07VVQL01AR4M7 length497 lib 01
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT

Llevo varios intentos pero no logro todo.

Gracias por su apoyo.
akire
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Re: Sustituir elementos

Notapor explorer » 2011-05-30 14:39 @652

Esta es una forma de hacerlo, entre otras muchas...
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use Modern::Perl;
  3.  
  4. my $entrada = 'G07VVQL01AR4M7,497,01,CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
  5. AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT';
  6.  
  7. say "[$entrada]";
  8.  
  9. $entrada = ">$entrada";
  10.  
  11. for ( $entrada ) {
  12.     s/,/ length/;
  13.     s/,/ lib /;
  14.     s/,/\n/;
  15. }
  16.  
  17. say "[$entrada]";
  18.  
  19. __END__
  20. [G07VVQL01AR4M7,497,01,CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
  21. AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT]
  22. [>G07VVQL01AR4M7 length497 lib 01
  23. CAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGGCACTCCTCTCTCATTAGAGGTTGATCTTTG
  24. AGGAAAACAGGGTGTTGCCTAAAGGATGAAAGTGTTGAGT]
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Re: Sustituir elementos

Notapor akire » 2011-05-30 15:53 @703

Hola, muchas gracias.

No tengo la versión o librerías adecuadas para correrlo
pero ya lo coloqué de acuerdo a mi versión, te agradezco
mucho. Ten un excelente día,
Dios te Bendice
akire
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