Foro - Perl en Español

por **msohh** » 2011-07-28 01:39 @110

Hola amigos, es mi primera pregunta, espero me puedan ayudar.
Tengo dos archivos; uno con 353990 líneas y otro con 1350274 líneas.
Deseo extraer las líneas idénticas e imprimirlas en otro archivo.
Tengo un código, pero demora demasiado, excesivamente mucho.
El código que tengo es el siguiente

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
my $id_file1 = shift @ARGV;
my $id_file2 = shift @ARGV;
 
system("grep -f $id_file1 $id_file2 > tmp_file2");
 
open IN, "tmp_file2";
 
while( my $line = <IN> )
{
  print $line;
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y le paso los archivos por parámetros.

archivo 1

AT1G22070,AT1G06400
AT1G22070,AT1G10290
AT1G22070,AT1G12080
AT1G22070,AT1G18190

archivo 2

AT1G22070,AT1G06400
AT3G2070,AT7G329234
AT1G22070,AT1G12022
AT3G72070,AT1389445
AT1G22070,AT1G20090

Espero me puedan ayudar.

#!/usr/bin/perl
use Modern::Perl;               # somos modernos
#use utf8;                      # este programa está escrito en utf8
use autodie;                    # es mejor morir que regresar con deshonor (proverbio Klingon)
#use open qw(:utf8 :std);       # la salida y la entrada estándar serán en utf8
 
use File::Slurp;
use Set::Scalar;
 
my $fichero_primero = Set::Scalar->new(read_file('perlspanish/source/perlfunc.pod'));
my $fichero_segundo = Set::Scalar->new(read_file('perlspanish/target/perlfunc.pod'));
 
say $fichero_primero->intersection($fichero_segundo)->elements;
 
__END__
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

pero... ¡ojo! Solo devuelve los valores comunes a los dos ficheros, y solo una vez.

por **msohh** » 2011-07-28 21:08 @922

Gracias por la pronta respuesta, pero demora mucho la búsqueda.
¿Al hacerlo con hash demorara menos?
¿Se puede hacer eso?

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

clave_______..................valores.................     

AT1G22070=> AT1G06400, AT1G10290, AT1G12080, AT1G18190Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

¿Conoce algún manual donde expliquen bien como usar hash?

Muchas gracias

por **explorer** » 2011-07-28 21:28 @936

¿Qué solución va lenta? ¿El código de ejemplo que te he puesto con Set::Scalar?

Internamente, el método intersection() usa hash. Lo que quizás notas que vaya lento es porque es una subrutina genérica para realizar operaciones lógicas entre conjuntos de valores, mientras que en tu problema solo deseas resolver un problema muy específico.

Sí, la solución sería usar hash, pero no de la clave, sino de toda la línea (es lo que nos pides en el primer mensaje: comparar líneas enteras).

Lo que puedes hacer es leer el primer fichero entero, metiendo cada línea en un hash. Luego abres el segundo archivo, leyendo línea a línea, y miras a ver si la línea que estás leyendo está o no en el hash. Si está, entonces hay una coincidencia, y la grabas al fichero de salida. En los hilos que te indico las soluciones son así, usando hash (o el operador de coincidencia inteligente ~~).

Tienes información sobre los hash en muchos sitios.

Definición en la Wikipedia
Documentación en perldoc: perldata (traducido), perldsc y un poquito en perlref. Lo puedes consultar en tu propio ordenador, con el comando perldoc o en la web de perldoc o en CPAN.

por **msohh** » 2011-07-28 22:41 @987

Primero que todo, excelente su página.
Muy buena la ayuda.

Perdón por mi ignorancia, pero tengo un problema al ejecutar el que me mando usted.
Modifiqué una parte de éste (nombre del archivo que deseo abrir) y me quedó así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use Modern::Perl;               # somos modernos
#use utf8;                      # este programa está escrito en utf8
use autodie;                    # es mejor morir que regresar con deshonor (proverbio Klingon)
#use open qw(:utf8 :std);       # la salida y la entrada estándar serán en utf8
 
use File::Slurp;
use Set::Scalar;
 
my $fichero_primero = Set::Scalar->new(read_file('file1'));
my $fichero_segundo = Set::Scalar->new(read_file('file2'));
 
say $fichero_primero->intersection($fichero_segundo)->elements;
 
__END__
 
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y cuando lo ejecuto con el comando ./m.pl me da el siguiente error

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

./m.pl: línea 3: use: orden no encontrada

./m.pl: línea 5: use: orden no encontrada

./m.pl: línea 8: use: orden no encontrada

./m.pl: línea 9: use: orden no encontrada

./m.pl: línea 11: error sintáctico cerca del elemento inesperado `('

./m.pl: línea 11: `my $fichero_primero = Set::Scalar->new(read_file('file1'));'Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Además, anexo los archivos que estoy utilizando.

Teóricamente los archivos se componen de líneas con 2 campos, separados por una coma. Existen varias líneas con igual campo 1 y diferente campo 2, es por eso que pensaba hacer algo con hash o algo similar a lista enlazada.

Saludos.

Este es el formato de los 2 archivos, pero, obviamente, mucho más largos.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

AT4G15980,AT1G15360

AT4G15980,AT1G75490

AT4G15980,AT1G54330

AT4G15980,AT2G40210

AT4G15980,AT2G28610

AT4G15980,AT1G65360

AT4G15980,AT1G22810

AT4G15980,AT2G20880

AT4G15980,AT2G40740

AT4G15980,AT2G34820

AT4G15980,AT2G33880

AT4G15980,AT2G45650

AT4G16020,AT1G25330

AT4G16020,AT1G25340

AT4G16020,AT5G16770

AT4G16020,AT1G31640

AT4G16020,AT5G27050

AT4G16020,AT5G65070

AT4G16020,AT5G64060

AT4G16020,AT5G61890

AT4G16020,AT5G59340

AT4G16020,AT5G58890

AT4G16020,AT5G46350

AT4G16020,AT5G46010

AT4G16020,AT5G40360

AT4G16020,AT5G39700

AT4G16020,AT5G38800

AT4G16020,AT5G23000

AT4G16020,AT5G18560

AT4G16020,AT5G12870

AT4G16020,AT3G44350

AT4G16020,AT4G35900

AT4G16020,AT4G33970

AT4G16020,AT4G28140

AT4G16020,AT4G21050

AT4G16020,AT4G21080

AT4G16020,AT4G09960

AT4G16020,AT1G12630

AT4G16020,AT3G15170

AT4G16020,AT3G19020

AT4G16020,AT3G30210

AT4G16020,AT3G23240

AT4G16020,AT3G17010

AT4G16020,AT3G29020

AT4G16020,AT3G19500

AT4G16020,AT3G27785

AT4G16020,AT3G04410

AT4G16020,AT3G02940

AT4G16020,AT1G63910

AT4G16020,AT1G68320

AT4G16020,AT1G21340

AT4G16020,AT1G12260

AT4G16020,AT1G26790

AT4G16020,AT1G26780

AT4G16020,AT1G28360

AT4G16020,AT1G35515

AT4G16020,AT1G77980

AT4G16020,AT1G15360

AT4G16020,AT2G28610

AT4G16020,AT2G22200

AT4G16020,AT2G42830

AT4G16020,AT1G22810

AT4G16020,AT1G60280

AT4G16020,AT1G55600

AT4G16020,AT2G17770

AT4G16020,AT2G20880

AT4G16020,AT2G15660

AT4G16020,AT2G13150

AT4G16020,AT2G25820

AT4G16040,AT1G25330

AT4G16040,AT1G26310

AT4G16040,AT5G11050

AT4G16040,AT5G21120

AT4G16040,AT4G36590

AT4G16040,AT5G65590

AT4G16040,AT5G61890

AT4G16040,AT5G61620

AT4G16040,AT5G48670

AT4G16040,AT5G45980

AT4G16040,AT5G46010

AT4G16040,AT5G42910

AT4G16040,AT5G39700

AT4G16040,AT5G38800

AT4G16040,AT5G35550

AT4G16040,AT5G23650

AT4G16040,AT5G23260

AT4G16040,AT5G07310

AT4G16040,AT5G06500

AT4G16040,AT3G56660

AT4G16040,AT3G53790

AT4G16040,AT4G33970

AT4G16040,AT4G28140

AT4G16040,AT4G26930

AT4G16040,AT4G21050

AT4G16040,AT4G18770

AT4G16040,AT4G17980

AT4G16040,AT4G13480

AT4G16040,AT4G12350

AT4G16040,AT4G04450

AT4G16040,AT4G01500

AT4G16040,AT1G12630

AT4G16040,AT1G34170

AT4G16040,AT3G06120

AT4G16040,AT3G19020

AT4G16040,AT3G13540

AT4G16040,AT3G18650

AT4G16040,AT3G29020

AT4G16040,AT3G27785

AT4G16040,AT3G30530

AT4G16040,AT3G04410

AT4G16040,AT3G03260

AT4G16040,AT3G09370

AT4G16040,AT3G01530

AT4G16040,AT1G69560

AT4G16040,AT1G66370

AT4G16040,AT1G80590

AT4G16040,AT1G07540

AT4G16040,AT1G26790

AT4G16040,AT1G18750

AT4G16040,AT1G56160

AT4G16040,AT1G77980

AT4G16040,AT1G77950

AT4G16040,AT1G62700

AT4G16040,AT1G75490

AT4G16040,AT1G54330

AT4G16040,AT2G27220

AT4G16040,AT2G40200

AT4G16040,AT2G28700

AT4G16040,AT2G24840

AT4G16040,AT1G26870

AT4G16040,AT2G36450

AT4G16040,AT2G12900

AT4G16040,AT1G02250

AT4G16040,AT1G65360

AT4G16040,AT1G61110

AT4G16040,AT2G20880

AT4G16040,AT2G15660

AT4G16040,AT2G13150

AT4G16040,AT2G17950

AT4G16040,AT2G26960

AT4G16040,AT2G32370

AT4G16040,AT2G22750

AT4G16040,AT2G22760

AT4G16040,AT2G25820

AT4G16040,AT2G34440

AT4G16040,AT2G32460

AT4G16040,AT2G34820

AT4G16050,AT5G17320

AT4G16050,AT1G66380

AT4G16050,AT2G27220

AT4G16050,AT2G13150

AT4G16060,AT1G26150

AT4G16060,AT4G36870

AT4G16060,AT5G02030

AT4G16060,AT4G32980

AT4G16060,AT3G15270

AT4G16060,AT1G74430

AT4G16060,AT2G03710

AT4G16060,AT2G33810

AT4G16090,AT3G56660

AT4G16090,AT2G40220

AT4G16110,AT5G54230

AT4G16110,AT5G15130Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-07-29 10:10 @465

Los mensajes de error

./m.pl: línea 3: use: orden no encontrada
./m.pl: línea 5: use: orden no encontrada
...

indican que su sistema no se ha dado cuenta de que se trata de un programa Perl.

Compruebe que la primera línea del programa es la que comienza por '#!...' (la línea shebang).

Si esa línea es correcta, quizás es que el intérprete de Perl no esté en /usr/bin/. Pr favor, ponga la ruta completa al intérprete perl

Otra forma de ejecutarlo es:

perl ./m.pl

Además, asegúrese de que tiene instalados los módulos que va a necesitar: Modern::Perl, autodie, File::Slurp y Set::Scalar. autodie es opcional y lo puede quitar. Modern::Perl solo lo usamos para el say(), así que lo puede quitar también y sustituir say() por un print(). File::Slurp lee un fichero, pero sabe que puede sustituir la función read_file() por la clásica terna open(FILE), <FILE>, close FILE. El único módulo que no puede sustituir de forma clara es Set::Scalar (bueno, es ahí donde está la magia).

P.D. Y hay que decidir si quiere comparar solo una clave o toda la línea. Si solo quiere comparar una clave, la solución ya está descrita en los otros hilos.

por **msohh** » 2011-07-29 18:18 @804

Nuevamente por acá. Por fin logré sacar los errores, instalé los módulos, no los tenía, pero al ejecutar el programa, no hace nada. No me entrega ninguna salida ni nada.

¿Qué podrá ser?

por **explorer** » 2011-07-29 18:23 @808

Si no sale nada, la respuesta inmediata es que no hay líneas coincidentes.

Haz una prueba con un par de ficheros, más pequeños, e idénticos (uno que sea la copia del otro), y prueba el programa. Deberían salir todas las líneas.

por **msohh** » 2011-07-30 15:53 @704

EXPLORER, ERES MAESTRO.
Muchas gracias por tu ayuda, de verdad me sirvió mucho y ahorro tiempo, es increíble.

Otra pregunta, ¿existirá alguna manera de hacer lo mismo, pero usando la memoria del disco duro? Aunque sea más lento, porque es poca RAM, luego de un tiempo, se cae.

Bueno, muchas gracias nuevamente, eres muy buena persona.

por **explorer** » 2011-07-30 19:42 @862

¿Cómo que se cae?

¿Qué es lo que se cae? ¿El programa o el sistema operativo o el ordenador entero?

¿Qué sistema operativo estás usando?

Foro - Perl en Español

Comparar dos archivos muy grandes

Comparar dos archivos muy grandes

Publicidad

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

Re: Comparar dos archivos muy grandes

¿Quién está conectado?