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Extraer genes que están sobre la cadena complementaria

Perl aplicado a la bioinformática

Extraer genes que están sobre la cadena complementaria

Notapor alexander2714 » 2011-08-03 15:57 @706

¡Hola!

Necesito saber cómo sacar la secuencia de los genes que están sobre la cadena complementaria en un archivo genbank. La verdad no tengo idea de cómo hacerlo. ¿Podrían ayudarme? ¡Gracias!
alexander2714
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Re: Extraer genes que están sobre la cadena complementaria

Notapor explorer » 2011-08-03 16:23 @724

En este mismo foro hay varios ejemplos de cómo sacar la complementaria de una secuencia.

Básicamente, con una instrucción tr/// es más que suficiente:

$secuencia =~ tr/atcgATCG/tagcTAGC/;
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Re: Extraer genes que están sobre la cadena complementaria

Notapor alexander2714 » 2011-08-03 16:29 @728

Sí, pero lo que necesito en sí es extraer las secuencias de los genes que contengan la palabra complement, es decir, los genes que se encuentren así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
     gene            complement(13024..13176)
                     /locus_tag="MT0012"
                     /db_xref="GeneID:922452"
     CDS             complement(13024..13176)
                     /locus_tag="MT0012"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="hypothetical protein"
                     /protein_id="NP_334420.1"
                     /db_xref="GI:15839383"
                     /db_xref="GeneID:922452"
                     /translation="MRLPLPVTPVAAKGERTWREGVRLNGPNGVSVYRHVPWRVHKVY
                     SSDEPT"
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


Necesito extraer la secuencia de estos.
alexander2714
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Re: Extraer genes que están sobre la cadena complementaria

Notapor explorer » 2011-08-03 16:58 @748

A lo largo del hilo Fichero GenBank se explica cómo sacar la secuencia.

Si luego quieres sacar la complementaria, lo tienes comentado en el hilo ADN y partes codificantes.
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