Foro - Perl en Español

por **alexander2714** » 2011-08-31 12:02 @543

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Using perl Syntax Highlighting

use Bio::SeqIO;
 
  sub conteo_palabras_genoma_completo
{
    my ($infile,$out_intergenic_file,$min_intergenic_size,$max_intergenic_size) = @_;
    my ($n_of_intergenic,$gi,$start,$end,$length,$strand,$taxon) = (0);
#    print "ingrese el nombre del archivo:\n";
 #   $infile=<STDIN>;
  #  chop($infile);
    my $in = new Bio::SeqIO(-file => "NC_002755.gb", -format => 'genbank');
    open(SALIDA,">conteo_genoma_completo.txt");
    open(LIDER,">lider.FASTA");
    open(COMPLEMENTARIA,">complementaria.FASTA");
    while( my $seq = $in->next_seq) # scan all sequences found in $input
    {
        my ($gbaccession,$sequence,$gen,@genes) = ( $seq->accession() );
      $sequence = $seq->primary_seq()->seq() ||
          'no encuentro la secuencia primaria, necesito un fichero GenBank completo!';
        $taxon = '';
 
      for my $f ($seq->get_SeqFeatures)
      {
        if($f->primary_tag =~ /CDS|rRNA|tRNA/) # campos de 'genes'
        {
            $gi = '';
          if($f->has_tag('db_xref'))
          {
              my $crossrefs = join(',',sort $f->each_tag_value('db_xref'));
            if($crossrefs =~ /(GI\:\d+)/){ $gi = $1 }
          }
          elsif($f->has_tag('locus_tag'))
          {
            if($gi eq '' && $f->has_tag('locus_tag'))
            {
              $gi = "ID:".join(',',sort $f->each_tag_value('locus_tag'));
            }
          }
 
          next if($gi eq '');
 
          $start = $f->start();
          $end  = $f->end();
          $strand = $f->location()->strand();
          push(@genes,[$start,$end,$gi,$strand]);
        }
        elsif($f->primary_tag() =~ /source/)
        {
          if($f->has_tag('organism'))
          {
            foreach my $element ($f->each_tag_value('organism'))
            {
              $taxon .= "[$element],";
            }
            chop $taxon;
          }
        }
      }
        my %promotoras;
        for($gen=1;$gen<scalar(@genes);$gen++)
        {
                      $n_of_intergenic++;
                      $start = 0;
                      $end ;
                      $length = $end-$start;
                      $molde=substr($sequence,$start,$length);
                      print LIDER ">intergenic$n_of_intergenic|$gbaccession|coords:$start..$end|".
                          "length:$length|($genes[$gen-1][3])".
                          "|$taxon\n";
                      print LIDER $molde."\n";
 
                      $promotoras{$gen}=$molde;
 
 
                      $lider=substr($sequence,$start,$length);
                      $revcom= reverse $lider;
                      $revcom =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/;
                      $length = length($revcom);
             
                      print COMPLEMENTARIA ">intergenic$n_of_intergenic|$gbaccession|coords:$start..$end|".
                          "length:$length|($genes[$gen-1][3])".
                          "|$taxon\n$revcom\n";
 
                      $promotoras{$gen}=$revcom;
 
                      my %palabra;
                      foreach my $id (keys %promotoras){ 
                          $limite=length($promotoras{$id})-8+1; 
                          for($i=0;$i<$limite;$i++) 
                          { 
                              my $cadena=substr($promotoras{$id},$i,8); 
                              if (exists $palabra{$cadena}){ 
                                  $palabra{$cadena}++; 
                              } 
                              else{ 
                                  $palabra{$cadena}=1; 
                              } 
                          } 
                      } 
                      foreach my $elemento(sort {$palabra{$a} <=> $palabra{$b}} keys %palabra) 
                      {                           
                          print SALIDA  "$elemento \t $palabra{$elemento}\n"; 
            
                      } 
        }
       
 
    }
 
    close(FNA);
 
    return $n_of_intergenic;
}
 
&conteo_palabras_genoma_completo;
 
  
Coloreado en 0.005 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Hola, mira, en el código anterior tengo una salida de palabras que a su vez son contadas, quisiera poder hallar el promedio de mi salida pero para ello necesito sumar el conteo contenido en

$palabra{$elemento}

Dentro de ese valor hay una serie de números que deben ser sumados.

Un ejemplo de la salida del código es el siguiente:

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Using text Syntax Highlighting

palabra  conteo

atg              1

ctg              1

cat              2Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y debo hacer esto (1+1+2)/3 = 1.3

La columna conteo está contenida en $palabra{$elemento}.

Y debe ser dividido por la cantidad de palabras que está en $elemento.

¿Cómo hago para sumar los conteos como lo expliqué anteriormente?

 my $sum = 0;
                      my $sum2 = 0;
                      foreach my $elemento(sort {$palabra{$a} <=> $palabra{$b}} keys %palabra) 
                      {         
                          $sum += $palabra{$elemento};
                          $sum2+= $palabra{$elemento} * $palabra{$elemento};
                          print SALIDA  "$elemento \t $palabra{$elemento}\n"; 
                      } 
                      $prom = $sum/length($elemento);
 
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

El error es:

Illegal division by zero at genoma_completo.pl line 108, <GEN0> line 155484.

por **explorer** » 2011-08-31 15:50 @701

Claro, porque $elemento, fuera del bucle, no tiene ningún valor, por lo que, por defecto, Perl lo toma como cero, y por eso sale un error de división por cero.

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