Foro - Perl en Español

por **zackarias** » 2011-10-12 12:06 @546

Hola

¿Cómo puedo hacer que me busque una secuencia en un genoma?

Por ejemplo:

Quiero buscar GATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGT

donde las que están con color pueden ser cualquier base.

Si lo hago con index() solo me busca lo que le especifico, pero quiero que me la tome igual si las bases que están con color cambien.

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Using perl Syntax Highlighting

index( $secuencia, 'GATCTATTTATTTAGAGATCTGTTCTATTGT', $posicion+1 );
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

¿Cómo lo puedo hacer?, ¿se hace con expresión regular?

De antemano, gracias.

my $seq1 = 'GATCTATTT';
my $pos = index($secuencia, $seq1);
if ($pos != -1) {
    my $seq2 = 'TTTAGAGATCTGT';
    my $pos1 = $pos + 1 + length $seq1;
    my $extracto2 = substr($secuencia, $pos1, length $seq2);
    if ($extracto2 eq $seq2) {
        my $seq3 = 'CTATTGT';
        my $pos2 = $pos1 + 1 + length $seq2;
        my $extracto3 = substr($secuencia, $pos2, length $seq3);
        if ($seq3 eq $extracto3) {
            say "Encontrado en posición $pos";
            return;
        }
    }
}
say "No encontrado";
return;
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

En algunos casos, incluso puede ser más rápido que con la expresión regular.

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Buscar secuencia en un genoma

Buscar secuencia en un genoma

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Re: Buscar secuencia en un genoma

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