Es que el tema no está en comentar líneas, porque te arriesgas a que el programa no funcione bien.
Lo que hay que hacer es incorporar esos módulos mediante el
include de perl2exe.
No se me ocurre qué se puede hacer, salvo que os pongáis en contacto con el fabricante del producto.
Por otra parte... ¿es tan vital la creación del empaquetado?
En el Wiki de Win32.perl.org, hay una
tabla comparativa de distribuciones de Perl para Windows, y en una de las columnas comentan la compatibilidad de esa distribución con el empaquetar
PAR. Podría ser otra opción, pero antes agotaría lo que pudiera a perl2exe.
En esa misma página hay comentarios de las distribuciones. Por ejemplo, con la Camelbox, trae soporte para MySQL.
No está la Citrus Perl, que también tiene su propio instalador, pero no os serviría si no habéis usado el entorno gráfico Wx.