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Quitar números del ADN

Perl aplicado a la bioinformática

Quitar números del ADN

Notapor millen » 2011-11-19 06:40 @319

Hola, soy principiante, hace un mes que estoy en Perl.

Tengo estas tres secuencias de ADN y las tengo metidas por líneas en un array.

Quiero quitar el número de delante, pero no lo consigo. Si alguien me puede echar una mano...

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using text Syntax Highlighting
  1 agatggcggc gctgaggggt cttgggggct ctaggccggc cacctactgg tttgcagcgg
 61 agacgacgca tggggcctgc gcaataggag tacgctgcct gggaggcgtg actagaagcg
121 gaagtagttg tgggcgcctt tgcaaccgcc tgggacgccg ccgagtggtc tgtgcaggtt
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4


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Re: Quitar números del ADN

Notapor explorer » 2011-11-19 06:54 @329

Bienvenido a los foros de Perl en español, millen.

¿Seguro que solo quitar los números? ¿No querrás también quitar el espacio en blanco que hay también?

Lo siguiente te puede servir:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. for (@array) {
  2.     s/^\s*\d+\s+//;
  3. }
Coloreado en 0.003 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Explicación:
  • Hacemos un bucle por todos los elementos del @array
  • Cada elemento se almacena en la variable "por defecto" $_ (aunque no la veamos), además, el elemento queda "enlazado" con $_, por lo que, todo cambio a $_ afectará al elemento del array
  • Lo que hacemos es una operación de sustitución (s///). Como no decimos sobre qué, perl lo hará sobre $_ (aunque no lo veamos, ya que es la variable "por defecto" -para eso sirve-)
  • La operación de sustitución es una expresión regular, con dos partes
  • La primera parte es el patrón que tiene que localizar dentro del elemento. El patrón es ^\s*\d+\s+, que quiere decir: «busca al comienzo de la cadena (^) por cero o más espacios en blanco (\s*), seguidos por uno o más dígitos (\d+), seguidos por uno o más espacios en blanco (\s+
  • Si el elemento contiene un conjunto de caracteres que coincide con el patrón anterior, se activa la sustitución, y lo que haya coincidido es sustituido por la segunda parte. En este caso, no hay nada (//), por lo que lo que ocurre es que estamos realmente eliminando lo que buscábamos
  • El resultado de la sustitución queda en $_, pero es que, además, el elemento del @array es actualizado (una de las propiedades ocultas de los bucles for() de Perl), con lo que estaremos actualizando el propio @array (todo queda en casa).
También lo puedes hacer en una sola línea:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
s/^\s*\d+\s+// for @array;
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
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Re: Quitar números del ADN

Notapor millen » 2011-11-19 10:47 @491

¡Joe! menuda explicación y qué rapidez, así da gusto. Pues sí, también era quitar los espacios, sí. A ver si así lo consigo de una vez...

¡Muchas Gracias!
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Re: Quitar números del ADN

Notapor explorer » 2011-11-19 11:44 @530

Aquí hay otra forma, si la secuencia ADN empieza "siempre" en la quinta columna, podemos "recortar" lo que sobra:
Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. for (@array) {
  2.     $_ = substr $_, 4;
  3. }
Coloreado en 0.001 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Hasta incluso será más rápida que la anterior solución... pero siempre que las secuencias empiezan en la misma columna.
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Re: Quitar números del ADN

Notapor millen » 2011-11-22 08:41 @403

Ya lo conseguí de las dos maneras. ¡Muchas gracias!
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