Foro - Perl en Español

por **Diego3D** » 2011-12-08 11:07 @505

Hola a todos

Soy alumno de la carrera de Bioinformática en Chile y soy nuevo en el foro

Resulta que me dieron una tarea de encontrar todos los ORF de la secuencia de un genoma, usando sólo expresiones regulares.Yo para eso ocupé la siguiente sentencia:

my @orfs = ( $sequence =~ m/(ATG(?:[ACTG]{3})+?(TAA|TAG|TGA))/g);

Esto me resulta bien, pero tiene un puro detalle. Cuando encuentra un codón de inicio junto a un codón de STOP, se salta ese codón y corta la secuencia en el STOP siguiente.

Ejemplo:

ATG-TAA-ATG-TGA-TGA

Si se fijan, hay un TAA al lado de ATG y no corta hasta que encuentra el próximo codón de STOP.

Salvo ese problema lo demás funciona muy bien.

De antemano, gracias por la ayuda

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
# Leer el fichero
open SEQFILE, 'AE017199.fasta' or die "$!\n";
my @lines = <SEQFILE>;
close SEQFILE;
my @protarr;
my $sequence;
 
foreach (@lines) {
    next if /^\s*$/;
    next if /^\s*#/;
    next if /^>/;
    chomp($_);
    $sequence .= $_;
}
 
my $i = 0;
my @orfs = ( $sequence =~ /(ATG(?:.{3})*?)(TAA|TAG|TGA|.{1,3}$)/g );
 
foreach my $orf (@orfs) {
 
    if ( ( length($orf) / 3 ) >= 80 ) {
        my @tripletes = ( $orf =~ m/\w{3}/g );
        my $nueva_secuencia = join "-", @tripletes;
        print $orf. "\n\n";
        $i++;
    }
}
print $i. "\n";
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Este es mi código.

P.D.:

Ya solucioné todos mis problemas.

Resulta que no había tomado en cuenta la hebra complementaria.

Muchas gracias por la ayuda

por **explorer** » 2011-12-08 16:12 @717

Creo que hay un error en el código...

my @orfs = ( $sequence =~ /(ATG(?:.{3})*?)(TAA|TAG|TGA|.{1,3}$)/g );

¿Seguro que estás sacando bien las secuencias ORF?

Bueno, creo que sí... lo que pasa es que está un poco liado con los paréntesis de captura.

Mejor así (no probado):

my @orfs = $sequence =~ /(ATG(?:.{3})*?(?:TAA|TAG|TGA|.{1,3}$))/g;

De esta manera, solo hay par de paréntesis de captura, que es lo que almacenamos en @orfs.

Y los paréntesis que rodeaban a la expresión regular, sobraba.

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Problema con los ORF y expresiones regulares

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