Foro - Perl en Español

por **informatic777** » 2011-12-25 01:44 @114

Estoy haciendo un programa en Perl para contar secuencias de longitud n en un archivo de ADN.

Me gustaría saber cómo puedo hacer una subrutina que devuelva todas las posibles combinaciones de palabras de longitud n, es decir, las 4^n permutaciones. Llevo varios días intentándolo y solo lo consigo para secuencias de n=2.

¿Podrías indicarme una forma sencilla de cómo hacerlo, puesto que llevo poco programando? Quizá alguna subrutina que mute continuamente o algo así...

Bienvenido a los foros de Perl en español, informatic777.

Ese tema ya lo hemos tratado aquí, en otros hilos. Con la ayuda de Algorithm::Combinatorics se puede solucionar fácilmente. O mediante generación de código, como en este ejemplo.

Si nos pones el código que tienes, quizás te podemos decir qué le falta.

por **informatic777** » 2011-12-26 04:43 @238

No me aclaro mucho con los ejemplos.

Con este código he conseguido todas las combinaciones para palabras de longitud 2, pero no me funciona para el resto de forma general (de 2 a 8) ya que me da menos combinaciones. A lo mejor debería poner algún bucle anidado más, pero no me funciona.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

use strict;
use warnings;
my $w = <STDIN>;
chomp $w;                              #$w es el valor de la longitud de la palabra(2 a 8)
my $a = 'A' x $w;
my $c = 'C' x $w;
my $g = 'G' x $w;
my $t = 'T' x $w;
print "t=$a\n";
my @posiblespalabras = rad( $a, $c, $g, $t, $w );
my @pal = cog(@posiblespalabras);
print "las posibles combinaciones son:@pal\n";
 
sub rad {
    my ( $a, $c, $g, $t, $w ) = @_;
    my @posibles = ();
    my @bases    = qw( A C G T);
    print "t=$t\n";
    for ( my $i = 1; $i < $w; $i++ ) {
        foreach my $b (@bases) {
            substr( $a, $i, 1, $b );
            substr( $c, $i, 1, $b );
            substr( $g, $i, 1, $b );
            substr( $t, $i, 1, $b );
            push( @posibles, $a, $c, $g, $t );
        }
    }
    return @posibles;
}
 
sub cog {
    my (@array) = @_;
    my %hash = ();
    foreach (@array) {
        $hash{$_}++;
    }
    return sort keys %hash;
}
 
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **explorer** » 2011-12-26 10:21 @473

Sí, el código no funciona bien...

Para n=4, esta es la salida:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

Introduzca longitud: 4

t=AAAA

t=TTTT

AAAA    CACC    GAGG    TATT

ACAA    CCCC    GCGG    TCTT

AGAA    CGCC    GGGG    TGTT

ATAA    CTCC    GTGG    TTTT

ATAA    CTAC    GTAG    TTAT

ATCA    CTCC    GTCG    TTCT

ATGA    CTGC    GTGG    TTGT

ATTA    CTTC    GTTG    TTTT

ATTA    CTTA    GTTA    TTTA

ATTC    CTTC    GTTC    TTTC

ATTG    CTTG    GTTG    TTTG

ATTT    CTTT    GTTT    TTTTColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Observa la primera columna: a partir del momento en que se coloca una 'T' en la segunda posición, permanece así para el resto de combinaciones. Y hay combinaciones que se repiten (como 'ATAA') y otras muchas que faltan (como 'ACCC'). El número de combinaciones debería ser 4^4 = 256.

No es tan simple como hacer un bucle que meta cuatro letras a las combinaciones que ya tenemos. Hay que hacer una nueva lista de combinaciones por cada combinación de la letra precedente.

Una forma obvia es la que se comenta en uno de los enlaces: hacer tantos bucles anidados como sea 'n'. O de forma recursiva (una función que se llame a sí misma).

Esta es la forma cómoda de hacerlo (para n=4):

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use 5.010;
use Algorithm::Combinatorics 'variations_with_repetition';
 
my @x = variations_with_repetition([qw(A T C G)], 4);
 
for my $x (@x) {    # cada elemento del array es una ref. a otro array, que contiene los elementos por separado
    say @$x;        # desreferenciamos y sacamos el array. El say(), por defecto, sacará los elementos unidos
}
 
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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