Tengo que hacer un programa que dada una secuencia de ADN en un archivo EMBL, y una posición de inicio y fin sobre ésta, me traduzca por codones a proteína.
A partir de aquí debo calcular el número efectivo de codones utilizados.
Tengo un módulo hecho con las subrutinas utilizadas, y al parsear el archivo EMBL, aunque me extrae solo la secuencia de ADN, me da error en la línea 9 y no sé por qué.
El programa ya lo tengo hecho, sólo que me dan unos ficheros de comprobación y unos resultados que son los que debería yo obtener al ejecutar mi programa y no es así. Entonces no sé dónde me he equivocado porque yo a simple vista no veo el fallo.
Adjunto la subrutina que parsea el fichero EMBL.
Using perl Syntax Highlighting
- sub parsearfichero {
- my @archivo = @_;
- my $dna;
- my $linea;
- for $linea (@archivo) {
- if ( $linea =~ /^SQ/ .. /^\/\// ) {
- next if $linea =~ m {^(?:SQ|//)};
- $dna .= $linea;
- }
- }
- $dna =~ s/[^actg]//gi;
- return $dna;
- }
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¿Podrían ayudarme?
Gracias.
